Поражение в этой новой сфере деятельности инквизиция потерпела в Венеции. Между синьорией и Святым Престолом возник спор по поводу колдуний Брешии; республика категорически отказалась привести в исполнение приговоры, вынесенные инквизиторами. И это притом, что в течение двух поколений Церковь по всей Ломбардии постоянно поддерживала преследование и уничтожала всякое сопротивление со стороны просвещенных мирян, так что в конце концов она сделала из Верхней Италии настоящий очаг ереси. В 1457 г. Каликст III предписал своему нунцию энергично подавить распространение колдовства в Брешии, Бергамо и их окрестностях. Тридцать лет спустя брат Джироламо Висконти нашел широкое поле деятельности в Комо. В 1494 г. Александр VI предписал ломбардскому инквизитору усилить деятельность, так как колдуньи в Ломбардии были очень многочисленны и причиняли большие бедствия людям, скоту и урожаям. В первых годах XVI в. инквизитор, старавшийся уничтожить в Кремоне бесчисленное множество процветавших там колдуний, встретил препятствие со стороны некоторых духовных и мирян, думавших, что он превышает свои судебные полномочия; тогда Юлий II определил права инквизитора и предложил всякому, кто будет содействовать святому делу, индульгенции, как за крестовый поход; в 1523 г. Адриан VI распространил эти постановления на инквизитора Комо. Церковь говорила, что демоны обладают безграничным могуществом; верные без всякого колебания должны верить тому, чему учит Церковь. Просвещенные люди скептически относились к утверждениям инквизиторов об опасностях, вызываемых колдуньями.

Конфликт между Церковью и рационализмом просвещенных людей сказался в Венеции. Республика всегда сохраняла за светским судом преступления чародейства. В 1410 г. решение Великого Совета позволяет инквизиции действовать в подобном случае только тогда, когда преступление заключает в себе ересь или святотатство; но если преступление чародейства наносит вред частным лицам, оно подлежит ведению светского суда. Когда в 1422 г. несколько францисканцев были обвинены в жертвоприношении демонам, Совет Десяти поручил дело комиссии, в которой участвовали член Совета, капитан, инквизитор и адвокат. Брешия была особенно заражена колдовством. Уже в 1465 г. инквизитор требовал содействия сената для подавления заразы; ему была дана эта помощь; но когда в 1486 г. вспыхнуло новое преследование, подестат отказался привести в исполнение вынесенные инквизитором приговоры; синьория поддержала это сопротивление, что вызвало энергичные протесты Иннокентия VIII.

В 1510 г. в Брешии было сожжено семьдесят женщин и столько же мужчин, в 1514 г. — триста в Комо. В подобной эпидемии всякая новая жертва была новым источником заразы, стране грозило полное уничтожение населения. Распространился слух, что в долине Тонале близ Брешии на шабаш собралось больше двадцати пяти тысяч колдуний и колдунов. В 1518 г. сенату было официально сообщено, что инквизитор сжег семьдесят колдуний в Валькамонике, столько же находится в тюрьмах, и общее число подозреваемых или обвиняемых достигает пяти тысяч — четверти всего населения долин. Синьория энергично вмешалась, но Рим по этому поводу резко протестовал. 15 февраля 1521 г. Лев X выпустил буллу «Достойным уважения образом», в которой приказывал инквизиторам широко применять отлучение и интердикт, если не будут приводиться в исполнение приговоры, вынесенные ими против колдуний. Совет Десяти 21 марта ответил на эту меру регламентацией всех процессов, в том числе и дел, бывших в производстве; приговоры, вынесенные по ним, были признаны недействительными, залоги подлежали возврату. Допросы должны вестись без применения пытки одним или двумя епископами, инквизитором и двумя докторами Брешии, причем все эти лица должны быть выбраны среди людей, известных своей честностью и просвещенным умом. Легата просили обратить внимание, что преследуемые в Валькамонике были простыми и невежественными людьми, которые нуждаются в хороших проповедниках, а не в преследователях. В эпоху разнузданных суеверий это заявление Совета Десяти явилось редким образцом обдуманной мудрости и здравого смысла.

Как ни омерзительны преследования колдовства до XV в., они были только прологом к слепым и безумным убийствам, наложившим позорное пятно на следующее столетие и на половину XVII в. Казалось, что сумасшествие охватило христианский мир и что Сатана мог радоваться поклонению, которое воздавалось его могуществу, видя, как без конца возносился дым жертв, свидетельствовавших о его торжестве над Всемогущим. Протестанты и католики соперничали в смертоносной ярости. Сжигали колдуний десятками и сотнями. Один женевский епископ сжег в три месяца пятьсот колдуний; епископ Бамберга — шестьсот; епископ Вюрцбурга — девятьсот; восемьсот было осуждено за один раз сенатом Савойи. В 1586 г. в Рейнских провинциях запоздало лето и холода держались до мая; трирский епископ сжег сто восемнадцать женщин и двух мужчин, у которых исторгли признание, что это продолжение зимы — следствие их заклинаний. В течение полутора столетий святой трибунал сжег более тридцати тысяч колдуний, «дабы спасти от гибели весь мир».

Два направления способствовали тому, чтобы вызвать конфликт между схоластиками и инквизиторами. С одной стороны, преследование создало правило католической религии, по которому мелочи богословия считались не менее важными, чем основные догматы религии. Стефан Палеч заявлял на Констанцском соборе, что учение, верное католичеству в тысяче пунктов и заблуждающееся только в одном, уже по одному этому должно считаться совершенно еретическим. Христианин должен быть твердым в своей вере, и всякое сомнение было ересью. С другой стороны, схоластики старались точно установить и определить мельчайшие подробности вселенной и мира невидимого. Пока эта любознательность не выходила из границ, определенных для католиков непогрешимой Церковью, она выработала самые выдающиеся памятники богословия: сочинение Петра Ломбардского «Сентенции» и «Своды» Фомы Аквинского. Когда это учение установилось и было принято как католическое, богословие и философия стали самыми опасными науками; и схоластики постоянно спорили о сомнительных пунктах, поднимали новые вопросы и прибавляли новые тонкости к проблемам, которые их первоначальное определение сделало доступными уму среднего человека.

История Роджера Бэкона (ок. 1214 — ок. 1292) проливает свет на направления XIII в. Его работы и мнения были протестом против всей современной ему мысли и учения. По словам Бэкона, изучение «Сентенций» Петра Ломбардского ставили выше изучения Священного Писания. Невозможно, добавляет Бэкон, чтобы слово Божие было понято в то время, когда злоупотребляют «Сентенциями»; если кто-нибудь для освещения вопроса обращался к Св. Писанию, то его никто не слушал. Всякий считает себя вправе исправлять текст Вульгаты, искажая его. Бэкон первый оценил важность этимологии и сравнительного языковедения и беспощадно раскрывал грубые ошибки, обычные у современных ему ученых. Методы Бэкона были строго научны. Он требовал реальных фактов как основания всякого рассуждения, идет ли речь о догме или о наблюдениях физических или нравственных. По его мнению, изучение природы или человека должно быть эмпирическим, знание должно предшествовать рассуждению. В ряду наук первое место занимала математика; второе место принадлежало метафизике; но у него метафизика была дедукциями, основанными на проверенных наблюдениях, так как, согласно Авиценне, «выводы других наук суть основные положения метафизики».

В то время, когда все с увлечением занимались словами, Бэкон изучал факты. Но он был обвинен в умозрениях, несогласных с учениями католической церкви, и в 1280-е гг. на него был сделан донос генералу ордена францисканцев; его мнения были осуждены; братьям было приказано тщательно избегать его заблуждений; сам он был заключен в тюрьму. Среди схоластических пререканий человек, смело боровшийся против общепринятых идей и безжалостно разоблачавший невежество ученых, не мог не возбудить против себя сильной вражды и не дать повода к обвинению его в ереси. Бэкон потерпел за то, что выступил против идей своей эпохи.