Но наиболее важными трудами Иоахима были комментарии на Св. Писание, которые он составил по просьбе Люция III, Урбана III и Климента III. Всех этих книг было три; в каждом событии Ветхого Завета Иоахим видит символическое предзнаменование соответствующего факта Нового Завета; это позволяло ему предсказывать будущее. Так, например, согласно его толкованию, человечество должно пройти три фазы: период закона Бога Отца до рождения Христа, затем период закона Сына Божия и, наконец, период закона Святого Духа. Он пришел к заключению, что Царство Сына, или Царство Нового Завета, продлится сорок два поколения, т. е. 1260 лет, а в 1260 г. Царство Святого Духа наследует Царству Сына. В сорок втором поколений произойдет очищение, но это будут такие бедствия, какие человек никогда еще не испытывал. После этого возродится религия; человек будет жить в мире, справедливости и радости. Вся вселенная узнает Бога, и слава Святого Духа будет сиять. Соблюдение обрядов религии не будет более необходимо. Возникнет новый монашеский орден и обратит мир. Так как созерцательная жизнь монаха сделается высшим выражением человечества, то весь мир обратится как бы в обширный монастырь.
Строя планы будущего величия человека, Иоахим выставляет Церковь глубоко предавшейся скупости и алчности; она не обращает внимания на своих детей, которых у нее похищают еретики. Он излагает прогрессивный характер отношений между Богом и человеком в течение последовательных фаз человечества. Первое Царство — Закон Бога Отца; второе, Закон Бога Сына, — Царство распятия на кресте; третье, Закон Святого Духа, будет Царством мира. В первом Царстве человек подчинен закону; во втором — любви к ближнему, в третьем он будет полностью одарен этой любовью. Первое Царство было царством рабства и наказания; второе — сыновнего повиновения и дела; третье будет Царством свободы и созерцания.
В то время как метафизические тонкости Иоахима по вопросу о Троице были осуждены, никто в эту эпоху не сознавал гораздо большей опасности его апокалиптических мечтаний; его сочинения не только не были сожжены как еретические, их высоко почитали папы; Иоахима считали пророком до того времени, пока его смелые подражатели не довели до крайностей выводов, естественно вытекавших из его теорий. Люди, подобные Иоахиму, не могли допустить, чтобы преступление и несчастье были последним уделом в условиях человеческого существования; отсюда вывод, что божеская жертва до этого времени мало содействовала приближению этой жизни к идеалу; а следовательно, христианство не должно было быть концом земного существования; это было только переходным состоянием, за которым последует новая эра; в Царстве Святого Духа закон любви, который тщетно проповедовало Евангелие, сделается наконец действительностью; люди, освободившись от плотских страстей, увидят наконец исполнение обещаний, которыми их так долго манили. Не было ничего опаснее этого для установившегося строя духовной и мирской Церкви. Тем не менее некоторое время эти умозрения Иоахима иногда привлекали к себе внимание, но не порицались. Первый отголосок этих писаний можно обнаружить у еретиков-аморийцев, которых уничтожили в Париже в 1210 г. Среди заблуждений, исповедуемых ими, указывали на верование в три эры. Происшедшие от них секты Ортлибентов и Братьев Свободного Духа не разделяли этой частности ереси аморийской.
Особенно горячо учения Иоахима приняли в Провансе и Лангедоке. Эти страны, изнуренные крестоносцами и инквизицией и далеко еще не примиренные с Церковью, искали в мечтаниях Иоахима утешение в бедствиях. Появился даже апостол, католичество которого было вне всякого сомнения, — Гуго из Дин, отшельник из Гийера, весьма известный своим образованием, красноречием и святостью жизни. Он был раньше францисканским провинциалом в Провансе, но отказался от этой должности ради удовлетворения своего стремления к аскетизму. Среди его близких друзей были самые известные францисканцы и генерал ордена Иоанн Пармский; они были горячими иоахитами, Гуго считал пророчества Иоахима откровениями Бога, распространял их в массах, и сам он считался пророком. Духовная фракция францисканцев, спиритуалы, быстро прониклась этими идеями: святые поучения Франциска и новое откровение были в целях честолюбия и обогащения ниспровергнуты людьми мирского направления; орден, долженствовавший быть зародышем человеческого искупления, с каждым днем все больше погружался в плотские заботы, а его святых мучили свои же товарищи. Так как Евангелие Христа и устав Франциска не могли спасти человечество, то необходимо было новое Евангелие. Иоахим предсказал рождение нового монашеского ордена, предназначенного руководить миром и Церковью во время блаженной эры Святого Духа. Францисканцы-спиритуалы, старавшиеся в то время сохранить во всей его строгости устав основателя, не сомневались, что под этим предсказанием подразумевались они.
В 1254 г. в Париже неожиданно появилась книга, озаглавленная Вечное Евангелие, состоявшая из трех подлинных сочинений Иоахима, снабженных объяснениями и введением, в котором автор развивал идеи пророка. Книга сразу же получила большой успех среди всех классов народа. Автор утверждал, что в 1260 г. окончится Царство Христа и начнется Царство Святого Духа. Уже с 1200 г. Ветхий и Новый Заветы потеряли свой жизненный дух, чтобы дать место Вечному Евангелию (причем под этим подразумевались «Согласие», «Словословие» и «Изложение» Иоахима). Иоахим заявил, что будет бесполезно соблюдать таинства; автор смотрел на них как на символы и загадки, от которых человек освободится в наступающей эре, ибо любовь заменит все обряды, основанные на втором откровении. Подобная теория разрушала всю церковную систему. Смелый вызов непогрешимой Церкви почти достоверно был произведением Герардо. Генерал францисканцев Иоанн Парижский благосклонно смотрел на это произведение, не подвергая автора наказанию, несмотря на шум, вызванный в ордене изданием этой книги. Благоразумие и уважение, которым пользовался францисканский орден, требовало сделать так, чтобы эта книга исчезла по возможности без всякого шума, хотя сотни жертв были сожжены за менее опасные ереси. Это понимала комиссия, заседавшая в июле 1265 г. в Ананьи по делу осуждения этой книги.
Но духовная фракция францисканцев — спиритуалы — была сильно скомпрометирована. Светская партия увидала, что можно теперь одержать верх. Были поданы Александру IV формально составленные пункты обвинения против генерала. Его упрекали в том, что он не допускает никакого спора относительно Устава и Завещания Франциска, так что, по-видимому, папские права и решения не имеют, по его мнению, никакого значения в сравнении с наставлениями Франциска. Его не обвиняли в том, что он замешан в издании Вечного Евангелия, но указывали, что он считал себя одаренным пророческим духом: он предсказывал, что внутри ордена произойдет раскол между братьями, принявшими внесенные папами смягчения Устава и строго державшимися его. Верность Иоанна Пармского католической вере была поставлена под сомнение, так как он защищал заблуждения Иоахима по вопросу о Св. Троице: его ближайшие друзья в своих речах и сочинениях чрезмерно хвалили Иоахима и нападали на главных вождей ордена. Вопрос о Вечном Евангелии не упоминался; он был опасен и мог скомпрометировать орден.
Александр 2 февраля 1257 г. собрал общий капитул в замке Св. Ангела в Риме. Иоанну Пармскому посоветовали сложить с себя обязанности генерала, что он и сделал, сославшись на свой возраст и переутомление. Для соблюдения приличий сначала отказались принять его отставку, но затем приняли и просили назначить себе преемника. Он избрал Бонавентуру, который не принадлежал ни к одной из двух партий. Он был избран. Руководители ордена потребовали от него преследования Иоанна и его сторонников.
Сначала Бонавентура колебался, но в конце концов согласился. Герардо отказался отречься, и Бонавентура вызвал его в Париж. Проезжая через Модену, Герардо встретил Салимбена, отрекшегося от учения Иоахима как от безумия. Герардо был осужден только как защитник умозрений Иоахима относительно Троицы. Если бы он не был францисканцем, его сожгли бы; но его заключили в оковах в тюрьму на хлеб и воду, где он томился восемнадцать лет. До самой смерти он ни разу не изменил своей вере.