Вера, что единственным путем к спасению является отречение от всякого имущества, была настолько широко распространена, что ее нельзя было уничтожить давлением. Францисканцы, наиболее стремившиеся к аскетизму, были недовольны новым направлением ордена, и наиболее ревностные из них искали средств, как бы выйти из этого положения, не впадая в ересь. В 1350 г. Джентиле Сполетский получил от Климента VI признание нескольких монастырей с более строгим образом жизни. На генеральном капитуле в 1353 г. генералу Фариньяно было предложено уничтожить мятежных братьев. Он отказался применить насилие, но вскоре ему удалось обвинить учеников Джентиле в том, что они давали убежище фратичелли. На этом основании Фариньяно убедил Иннокентия VI в опасности этого новшества, и добился отмены папского разрешения. Джентиле и двое из его товарищей были заключены в тюрьму в Орвието, остальные братья были приведены к повиновению.

Благодаря Великому Расколу фратичелли процветали, никем не теснимые; но когда Церковь возродила свое единство в Констанце, она вновь принялась за искоренение заблуждения. Мартин V выпустил 14 ноября 1418 г. в Мантуе буллу, в которой отметил рост этой секты. Поэтому папа приглашает епископов и инквизиторов энергично преследовать фратичелли, не обращая внимания на границы их юрисдикции, и выступать также против покровителей этих еретиков, хотя бы они были епископами или князьями. В 1421 г. Мартин в другой булле упоминает о постоянном росте ереси и предоставляет специальные полномочия кардиналам Альбано и Порто. В 1423 г. Сиенский собор подтвердил, что в Пенисколе открыт был еретический папа с коллегией кардиналов. Уполномоченные галликанской Церкви тщетно пытались заставить собор принять меры против светских властей, не склонных преследовать фратичелли. Дело трех еретиков из Лукки и Пизы, открытых в это время во Флоренции, Мартин V, не доверяя францисканской инквизиции Флоренции, специально поручил своим легатам, председательствовавшим в то время на Сиенском соборе. После внезапного роспуска собора легаты вернулись в Рим. Во Флоренцию отправился только доминиканский генерал; и 24 апреля 1424 г. Мартин приказал ему окончить дело, причем запретил инквизитору Флоренции вмешиваться. В сентябре того же года Мартин уполномочил аббата из Розачьо, папского ректора Анконской Марки, уничтожить фратичелли в этой стране; папа уполномочивал аббата воссоединить с Церковью даже этих еретиков-рецидивистов.

В 1426 г., пренебрегая инквизицией, Мартин назначил инквизиторами двух монахов обсервантинов, не ограничив их известною территорией, и предоставил им право выбрать себе делегатов, что давало им высшую власть над всею Италией. Он доверил это дело непримиримым врагам ереси: Иоанну де Капистрано и Джакомо да Монтепрандоне, более известному под именем делла Марка. Инквизиторы начали преследование в Анконской Марке, в епархиях Фабриано и Иези. В 1428 г. деревня Маньялата, старинное пристанище еретиков, была разрушена и срыта навсегда; много закоренелых еретиков сожгли. Раскаивающихся папа разрешил воссоединить с Церковью. Главарей секты было приказано подвергнуть пожизненному тюремному заключению и пытке, чтобы вырвать у них имена соумышленников. Простых людей, совращенных этими сектантами, папа повелел расселить по соседним деревням, где они должны заняться земледелием; в возмещение расходов по переселению между ними должны быть разделены имущества, конфискованные у других. Дети еретиков должны быть отобраны у родителей и отосланы кудалибо далеко, где их воспитали бы в истинной вере. Сочинения еретиков должны быть тщательно разысканы по всей провинции. Магистраты и общины должны быть предупреждены, что малейшее покровительство, оказанное ими еретикам, повлечет за собой потерю муниципальных прав. Капистрано, изгнав фратичелли из Масаччьо и Палестрины, основал в этих городах обсервантинские монастыри как цитадели веры. Евгений IV в 1432 г. возобновил полномочия Капистрано как главного инквизитора против фратичелли. Джакомо в 1441 г. опять был послан в Анконскую Марку в качестве инквизитора специально для уничтожения фратичелли. В 1447 г. Николай V возобновил мандат Капистрано, и в 1449 г. против еретиков Марки было начато новое преследование. Николай лично явился в Фабриано, Капистрано и Джакомо действовали в стране. Маньялата, вопреки папскому запрещению, возникла из развалин; она, равно как селения Мильоротта, Поджио и Меруло, была возвращена к истинной вере жестокими срелствами. Узники, приведенные к Николаю в Фабриано, были сожжены.

Но и после этого нашли фратичелли в Марке в 1466 г. Павел II послал туда инквизитора, который вернулся в Рим с большим числом пленников, которых судила особая комиссия из пяти епископов. Из всех этих еретиков один только проявил упорство, но повторное применение пытки обратило и его. Во время этих процессов пытка применялась очень широко. Воссоединение сектантов с Церковью было совершено публично и весьма торжественно. Их присудили к тюремному заключению и к ношению длинной одежды с белым крестом на спине и груди. Кости их умерших собратьев были вырыты и сожжены; дом в Поли, где происходили их тайные собрания, был срыт. Но этим не кончилось преследование, так как есть помеченный 6 июля 1467 г. счет расходов по покупке одежды, дров и т. п. для двенадцати еретиков. В 1471 г. инквизитор был послан в Пиомбино и на побережье Тосканы, чтобы изгнать открытых в этих местностях фратичелли. И это последнее известное упоминание о фратичелли. Когда в 1487 г. испанская инквизиция преследовала различных обсервантинов, Иннокентий VIII издал общий указ, предписывавший выдать францисканцев, заключенных в тюрьму доминиканскими инквизиторами, их старшинам, на обязанности которых лежало судить их и впредь не поднимать подобных преследований.

Истребление фратичелли удалось обсервантинскому движению, потому что обсервантины дали удовлетворение аскетическим стремлениям и привлекли к себе народное почитание, столь долгое время охранявшее еретиков. Обсервантины дали убежище экзальтированным людям, стремившимся к сверхчеловеческому аскетизму. Церковь признала наконец необходимость найти выход для подобных людей, а когда старые фратичелли умерли или были сожжены, то не нашлось никого, кто занял бы их место; секта исчезла, не оставив следа.

Гораздо раньше, чем были выработаны законы против ереси и организована инквизиция для уничтожения инакомыслия, начали объявлять еретиком всякого, кто откажется повиноваться требованиям прелатов или пап. Латеранский собор 1102 г. объявил ересью непризнание папской анафемы. Около 1112 г. от немецких прелатов перед посвящением требовали отречения от всякой ереси, и в частности от генрихианской, допускавшей вмешательство Св. Престола в светскую власть.

Когда применение индульгенций дало Церкви почти бесплатное войско, готовое выступить в поход, лишь только папа объявит веру в опасности, — Св. Престол обратился к фанатизму христианского мира, чтобы он защитил его мирские интересы или помог им. Одним из самых первых дел этого рода было преследование штедингов, живущих по нижнему течению Везера почти до Бремена. Они были пастухами и рыболовами. Штединги управлялись своими выборными судьями по своим собственным законам. Около 1187 г. графы Ольденбургские пытались распространить свои владения на их земли, но встретили отпор. Одним из своих основных прав штединги считали право не платить десятинного налога. Они укрепили свои оборонительные сооружения и, освободившись от всякой феодальной и духовной тирании, стали принимать к себе беглецов со всех окрестных стран.

Независимость крестьян Везера представляла серьезную неприятность для соседних феодальных сеньоров. Феодалы выступили в поход в декабре 1229 г. под предводительством архиепископа. В день Рождества Христова произошло сражение; крестоносцы обратились в бегство. Чтобы сломить этих непокорных крестьян, на синоде в Бремене в 1230 г. штединги были обвинены как еретики; их обвиняли в разных святотатственных действиях. Архиепископ Бременский попросил поддержки у папы, и в октябре 1232 г. Григорий IX приказал епископам Миндена, Любека и Вердена проповедовать крестовый поход против мятежников. Штединги представляются папой худшими еретиками, отрицающими существование Бога, поклоняющимися демонам, вопрошающими колдуний и т. п. В январе 1233 г. он приказал епископам Падерборна, Гильдесгейма, Вердена, Мюнстера и Оснабрюка присоединиться к епископам Рацебурга, Миндена и Любека с обещанием полной индульгенции участникам крестового похода против еретиков, называемых штедингами. Собрали войско, которому в течение зимы не удалось сломить упорства крестьян и которое рассеялось, лишь только кончился срок службы. Папа 17 июня 1233 г. вновь предписал епископам Миндена, Любека и Рацебурга проповедовать крестовый поход, если штединги не покорятся своему архиепископу и не оставят своих ересей. Новая армия крестоносцев в конце июня 1233 г. проникла в восточную часть Штединга, на правый берег Везера. Крестоносцы разорили землю огнем и мечом, убивая людей без различия пола и возраста, сжигали живыми всех пленных. Воодушевленный этим легким успехом, глава крестоносцев граф Бургард Ольденбург напал на укрепленную область на левом берегу реки и был убит с двумястами своих воинов. Остальные с трудом спаслись бегством.