Книга состоит из трех томов:

т.1 «Происхождение и устройство»

т.2 «Инквизиция в различных христианских землях»

т.3 «Частные случаи инквизиционной деятельности»

Нищенствующие монахи принимали деятельное участие в истреблении ереси. Францисканцы, в свою очередь, сделались жертвой преследования, укреплению которого они так много содействовали.

По мере того как орден становился богаче и могущественнее, внутри него начинали возникать разногласия. Развивалась наклонность к мистицизму, вызванная, несомненно, влиянием серафического ордена, на который заявляло права францисканство. Люди, продолжавшие разделять взгляды основателей на необходимость абсолютной нищеты, отвергали софизмы, которыми старались примирить материальное благосостояние ордена с отречением от всякого мирского имущества.

Вторым после св. Франциска в основанном им ордене был Илия. На первом генеральном капитуле 1221 г. он исполнял обязанности оратора, так как Франциск был слаб, чтобы председательствовать. Почувствовав себя неспособным поддерживать дисциплину, Франциск отказался от звания генерала, и Илия стал викарным генералом ордена. В октябре 1226 г. Франциск умер. В феврале 1227 г. был избран генералом Джованни Паренти из Флоренции; но на самом деле Илия оставался главой ордена. Илия отличался светским и честолюбивым характером; он считался одним из самых ловких политиков современной ему Италии. Предвидя, какое огромное влияние будет связано с управлением ордена, и, добиваясь этой власти, Илия был неразборчив в средствах. На капитуле 1232 г. Джованни был смещен, а Илия избран генералом. Почти с самого основания в ордене возникли несогласия по поводу устава абсолютной нищеты. В первой биографии Франциска, написанной его любимым учеником братом Леоном около 1227 г., отмечено, что Франциск не был удовлетворен первым уставом и выработал второй, пропавший; причем св. Бонавентура в исчезновении его обвиняет Илию. Тогда Франциск составил третий устав под диктовку Христа. Многие монахи ордена, боясь строгости устава, вместе с Илией просили Франциска, чтобы он не связывал их своими предписаниями.

«Светская» партия в ордене скоро стала стремиться к освобождению от тяжелого стеснения, налагаемого правилами основателя. В 1231 г. капитул обратился к Григорию IX с вопросом, имеет ли завещание Франциска обязательную силу для ордена? Папа ответил отрицательно, так как Франциск не мог-де связывать своих последователей. Братья спросили также, какое имеет значение запрещение владеть деньгами или землями. Григорий приказал пользоваться для этого терциариями, которые должны хранить деньги и платить долги братьев. Эти поправки, искажавшие смысл устава, были приняты только после ожесточенных споров, грозивших расколом.

В 1237 г. Илия послал в разные провинции визиторов, поведение которых вызвало общее негодование. В 1239 г. был созван генеральный капитул, на котором присутствовали Григорий и девять кардиналов, папа заявил Илии, что готов принять его отставку. Но Илия заручился расположением Фридриха II и нашел себе убежище у императора, близким другом которого стал. Григорий безуспешно попытался захватить Илию и обвинил его в том, что он без разрешения посетил в Кортоне несколько бедных женщин. Так как он не явился по вызову, то его отлучили от Церкви. Илии удалось еще возбудить беспорядки среди францисканцев. Он умер отлученным от Церкви; настоятель францисканского монастыря приказал вырыть и бросить на живодерне его останки. Брат Салимбен дает массу подробностей дурного поведения Илии и той тирании, с которой применял он свою власть.

Таким образом, во францисканском ордене образовались две резко различавшиеся партии, которые сделались известны под именем спиритуалов и конвентуалов. Первые строго придерживались буквы устава; вторые старались смягчать строгость, ссылаясь на требования человеческой природы и условия мирской жизни. После падения Илии главенство перешло к спиритуалам. А в 1244 г. конвентуалы одержали победу избранием Кресченцио Грицци из Иези, который вел дела, как Илия. В 1242 г. спиритуалы попытались примирить устав и заявление Григория, сделанное в 1231 г. Четыре наиболее известных ученых ордена обнародовали «Высказывания четырех Магистров». В 1244 г. на капитуле, несмотря на оппозицию почти всего собрания, спиритуалы добились отмены определения Григория. Но Кресченцио и конвентуалы попросили поддержки у Иннокентия III. В 1245 г. папа повторил решение Григория IX и заявил, что недвижимость и земельная собственность, обладание которыми было запрещено ордену, должны считаться принадлежащими Св. Престолу и отданными последним в распоряжение монахов.

Возраставшее обмирщение ордена вызывало постоянное волнение. Семьдесят два брата приготовили жалобу Иннокентию на Кресченцио; но последний получил от папы распоряжение наказать упорствующих, разослав их по двое по разным провинциям. Получив епископию Иези, Кресченцио сложил с себя сан генерала, и его преемником избрали в 1248 г. Джованни Борелли, более известного под именем Иоанна Пармского, который являлся в это время магистром богословия в Парижском университете. Новый генерал был одушевлен благочестивой ревностью к идеалу св. Франциска. Изгнанные спиритуалы были возвращены, и им предоставили право выбора местожительства. В течение трех первых лет Иоанн пешком посетил все монастыри ордена; часто оставаясь не узнанным, он наблюдал поведение монахов и, открывая свое имя, исправлял злоупотребления. Однако он не мог остановить все возраставшие стремления к ослаблению устава; в результате его усилий обострилось противостояние обеих партий. Несколько влиятельных членов ордена представили Александру IV формальные обвинения против Иоанна и его друзей.

Чтобы понять положение спиритуалов в ту эпоху и положение, которое они заняли позднее, необходимо вспомнить об одном из самых замечательных движений, которое зародилось в XIII в. В первых годах XIII в. умер Иоахим Флорийский; многие считают его основателем современного мистицизма. Происходя из богатой и знатной фамилии, получивший светское образование при дворе герцога Апулийского Иоахим в ранней молодости отправился на Восток и попал в Константинополь, когда там свирепствовала чума. Иоахима поразили бренность и суета этого мира.

С этого времени Иоахим посвятил свою жизнь служению Богу. Вернувшись на родину, он начал проповедовать среди народа. Но проповедь была запрещена мирянам, и он вступил в суровый цистерцианский орден. Назначенный аббатом в Кораццо, он бежал, но его силой вернули и заставили исполнять свои обязанности до 1181 г., когда он получил от Люция III разрешение сложить с себя сан. Он удалился в скит. Несмотря на свою любовь к уединению, он скоро очутился во главе нового ордена, устав которого, предписывающий нищету, был одобрен Целестином III в 1196 г. Вскоре орден распространился за пределы своего первого монастыря св. Джованни и основал несколько новых монастырей. В 1200 г., представляя все свои сочинения Св. Престолу, Иоахим утверждал, что они были вдохновлены свыше. В течение всей своей жизни он пользовался славой пророка. Мистицизм его апокалиптических размышлений только помог росту его славы пророка и ясновидца. Многие его пророчества производили глубокие впечатления не только на современников, но вплоть до XVI в. Однако своей огромной и продолжительной славе пророка Иоахим был менее обязан своим подлинным сочинениям, чем ходившим под его именем апокрифическим. Авторами этих обманов были францисканцы-пуритане.

Апокалипсические пророчества утверждали, что римская курия — продажная и хищническая; что римская Церковь — бесплодная смоковница, проклятая Христом. Авторы многих сочинений считали государство божеским орудием, предназначенным ниспровергнуть Церковь. Автор одного из таких сочинений показывает «скотской» мнимую свободу слова, которая сковывает свободу духа и позволяет проповеднику болтать только о плотских пороках. Мятежные слова возбуждали сильное движение внутри самого ордена. Через тринадцать лет после смерти Иоахима, в 1215 г., Латеранский собор осудил его теорию о Троице как ложную; ее опровержение было внесено в каноническое право, хотя уже в 1200 г. Иоахим представил все свои сочинения на суд Святого Престола и вполне подтвердил свою верность Церкви. Поэтому собор не осудил его и одобрил Флорийский орден. Тем не менее монахов клеймили как последователей еретика, пока они не получили в 1220 г. от Гонория III буллу, в которой Иоахим признавался добрым католиком и запрещалось наносить оскорбления его ученикам.