Аррибиати, или партия оппозиции, не замедлили воспользоваться реакцией; они нашли себе поддержку у всех граждан, недовольных строгой реформой. Образовалось общество Компаньацци. Среди них были знатные молодые люди; во главе их стоял Доффо Спини, и их поддерживал влиятельный дом Альтовити. Их конечной целью было свержение Савонаролы, и они готовы были решиться на крайние меры. Если бы Савонарола ограничивался только нападками на испорченность Церкви и курии, то его, несомненно, оставили бы в покое высказывать свое негодование. Папа и кардиналы привыкли к поношению и относились к нему весьма снисходительно, лишь бы только не касались прибыльных злоупотреблений. Но Савонарола сделался крупной политической личностью; его влияние во Флоренции было враждебно планам Борджиа. Папа 21 июля 1495 г. пригласил монаха в Рим дать отчет в своих откровениях и пророчествах. Он 31 июля отклонил приглашение под предлогом болезни и утверждал, что республика не позволит ему покинуть флорентийские пределы, опасаясь за его жизнь. Дело Савонаролы было поручено францисканскому викарному генералу провинции Ломбардии. Савонароле было запрещено проповедовать до тех пор, пока он не явится в Рим. 29 сентября он просил папу сообщить ему, какие заблуждения его учения ставятся ему в вину, и заявлял, что готов отречься от них; кроме того, он представлял на суд Св. Престола все, что мог сказать или написать. Александр вновь 16 октября запретил ему проповедь, пока он не явится в Рим.
Друзья Савонаролы, стоявшие у власти, не могли согласиться на его вынужденное молчание. Много усилий было положено на то, чтобы папа разрешил ему проповедовать во время наступающего поста, и Александр уступил этой просьбе. Тогда Савонарола произнес ряд речей, в которых бичевал пороки папского двора и старался доказать, что послушание приказаниям папы должно иметь известные границы/На Пасху, 3 апреля 1496 г., Александр призвал четырнадцать доминиканцев, докторов богословия, и объявил их собрата еретиком схизматиком, непослушным и суеверным. Его сделали ответственным в несчастьях Петра Медичи, и все, кроме одного, подали голос за то, что нужно найти средство заставить его молчать.
В течение поста 1497 г. Савонарола произнес несколько речей, в которых объявлял, что служители Бога должны очистить и реформировать Церковь; те, кто возьмет на себя эту задачу, должны с радостью принять даже отлучение от Церкви. Александр попытался использовать против Савонаролы традиционную вражду францисканцев. Правда, Плаксы избрали 1 января 1497 г. гонфалоньером Франческо Валори, который попытался запретить францисканцам проповедь, но они объявили Савонаролу наглым обманщиком. В это время был страшный голод и угрожала чума. Синьория, состоявшая тогда из Аррабиати, воспользовалась этим предлогом, чтобы положить конец войне проповедей, которая угрожала спокойствию города. 3 мая были запрещены все проповеди начиная с Вознесения (4 мая). Компоньацци криками прервали последнюю проповедь Савонаролы. Александр 13 мая приказал францисканцам объявить, что Савонарола, как подозреваемый в ереси, отлучается от Церкви и что с ним запрещены всякие сношения. После обнародования отлучения Савонарола стал доказывать его недействительность. Плаксы так мало обращали внимания на отлучение, что 17 сентября подали синьории петицию детей Флоренции, просивших, чтобы было разрешено проповедовать их горячо любимому брату Савонароле.
Савонарола, не признавая наложенных папой наказаний, считал себя покорным сыном Церкви. В течение лета он написал книгу, в которой доказывал, что папство есть верховная власть и что всякий, кто отделяется от единства с Римской Церковью и от ее учения, сам отсекает себя от Церкви Христа.
В январе 1498 г. правление перешло в руки синьории, состоявшей из горячих сторонников Савонаролы, которые все были недовольны, что на него было наложено молчание. Выборы новой синьории предстояли в марте; народ начал менее повиноваться Савонароле, и необходимо было, чтобы его красноречие обеспечило ему безопасность и сохранило власть в руках Плакс. Вследствие этого 11 февраля он снова начал проповедовать.
Последние проповеди Савонаролы были более резки, чем все прежние. Он доказывал, что анафема, произнесенная папой, не имеет значения в таких выражениях, которые вызвали в Риме самое сильное негодование. 26 февраля синьории было послано бреве, в котором приказывалось под угрозой интердикта арестовать Савонаролу и выслать его в Рим. Но 1 марта власть перешла к синьории, состоявшей в большинстве из Аррабиати, во главе которых, в качестве гонфалоньера, стоял один из самых ожесточенных врагов Брата, Петр Пополески. 4 марта синьория просила папу извинить ее неповиновение его указам и призывала милость Св. Отца на Савонаролу, труды которого были так полезны и в котором население Флоренции видело высшее существо. Папа ответил, что Флоренция избежит интердикта, если город пошлет в Рим своего чудовищного идола или лишит его всякого сношения с людьми. Но Савонарола не будет осужден на вечное молчанье; когда он смирится как следует, то ему будет разрешено проповедовать. Это послание было получено во Флоренции 13 марта и вызвало горячие споры. Интердикт, наложенный папой, для людей коммерческих грозил полным разорением. Папа угрожал предоставить имущество флорентийских купцов на разграбление. Но влияние Савонаролы было еще настолько сильно, что синьория только 17 марта решила послать к нему ночью пять граждан умолять его перестать проповедовать. Говоря, что он отказывается повиноваться приказаниям папы, Савонарола обещал уважать желание светской власти.
Савонарола 13 марта открыто пригласил Александра получше беречься, так как отныне между ними мир невозможен; после этого он обратился ко всем властителям христианского мира с грамотами, которые, как говорил он, были написаны по особому приказанию и от имени Бога: в них он побуждал князей созвать Вселенский собор, который дал бы Церкви реформу. Александр VI — не папа и не может быть избран в папы, во-первых, ввиду симонии, ценой которой он купил тиару, и ввиду своей испорченности; а во-вторых, потому что он не христианин и не верит в Бога.
Один экземпляр этого письма случайно попал в руки миланского герцога — врага Савонаролы, который переслал его папе. Гнев Александра привел к попытке созвать собор, которого после соборов Констанца и Базеля всегда желали реформаторы и боялось папство. Савонарола совершенно один не мог заставить князей созвать собор, но он направил свой удар в самое чувствительное место папства, и завязалась беспощадная борьба.
Так как брат Савонарола был осужден на молчание, его заменил Доминик да Пешиа. Доминик 27 или 28 марта велел прибить на главных дверях церкви Св. Креста объявление, что он предлагает подтвердить доказательствами или чудом следующие положение: 1) Церковь Господня нуждается в реформе; 2) Церковь должна понести наказание; 3) Церковь будет реформирована; 4) после наказания во Флоренции будут произведены реформы, и она будет благоденствовать; 5) неверные будут обращены; 6) отлучение брата Джироламо не имеет значения; 7) не грешно не обращать внимания на отлучение. Францисканец брат Франческо делла Пулья ответил, что согласен пройти через огонь вместе с братом Домиником; хотя он был уверен, что сгорит, но соглашался на эту жертву, чтобы освободить флорентийцев от их ложного идола. Чтобы помешать кровавой распре партий, синьория вызвала обоих противников и заставила их 30 марта подписать письменное обязательство подвергнуться испытанию, несмотря на то, что Латеранский собор 1215 г. запретил ордалии.
Брат Франческо объявил, что у него нет никакого спора с Домиником, что если Савонарола согласен подвергнуться испытанию, то он готов сопровождать его, но если вопрос идет о ком-либо другом, то он выставит заместителя; им согласился стать знатный флорентиец, монах его ордена. С другой стороны, все монахи монастыря Св. Марка, числом около трехсот, подписались под обязательством принять участие в ордалии, а Савонарола заявил, что в данном случае первый встречный может рискнуть, ничего не боясь.
