Этот протест, очевидно, имел в виду подготовить почву к тому, чтобы подорвать доверие к свидетелям обвинения; четверо уполномоченных просили также сообщить им имена всех свидетелей. До 9 мая продолжали собирать враждебные ордену свидетельские показания тщательно выбранных свидетелей. В воскресенье 10 мая комиссары были собраны по просьбе уполномоченных тамплиеров, сообщивших им, что Санский собор, поспешно собранный в Париже, постановил преследовать всех тамплиеров, выступивших на защиту ордена. Многие из этих защитников раньше уже сознались и подвергли смертельной опасности свою жизнь, когда, заявив категорически о чистоте ордена, отреклись от своих показаний. Поэтому четыре тамплиера обратились к комиссарам с просьбой оказать этим людям покровительство, так как решение собора обрекало их на смерть. Они просили, чтобы их личности, их права и их орден были переданы контролю Св. Престола и чтобы им даны были время и деньги, необходимые для поддержки апелляции. Кроме того, они просили комиссаров предложить санскому архиепископу не предпринимать никаких мер, пока не будет окончено производимое расследование. Они выражали также желание, чтобы их отправили с одним или двумя нотариусами заявить свой протест прелату, так как они не могут найти ни одного легиста (знатока права), который написал бы им подобное заявление. Комиссары, однако, сообщили тамплиерам, что епископ и собор действуют в силу полномочий, данных папой. Буллой «Творя милосердие» предписывалось, чтобы немедленно по окончании епископских расследований были созваны провинциальные соборы для суда над братьями. Король, благодаря своим архиепископам, был хозяином положения. Провинциальные соборы были сразу созваны и навсегда прекратили всякие попытки идти против воли короля. Так как по каноническому закону еретики-рецидивисты осуждались, не будучи выслушанными, 11 мая Санский собор открылся в Париже, а уже 12 мая комиссары, когда они еще были заняты сбором свидетельских показаний, получили приказание сжечь в тот же день пятьдесят четыре человека из числа тех, кто выступил на защиту ордена. Они были осуждены как еретики- рецидивисты за то, что отреклись от своих первоначальных признаний. Пятьдесят четыре тамплиера были преданы мучительной смерти на медленном огне. Собор через несколько дней сжег еще четырех тамплиеров; велел вырыть и сжечь кости бывшего казначея ордена; сознавшиеся и подтвердившие свои признания были воссоединены с Церковью и выпущены на свободу, а те, кто упорно отказывался сознаться, были осуждены на пожизненное тюремное заключение. Через несколько дней после этого Реймсский собор в Санлисе сжег девять других жертв, в Пон де л'Арк сожгли троих. Эти жестокие меры дали ожидаемый результат. Когда 13 мая комиссия открыла свое заседание, то первый свидетель заявил, что обвинения, возведенные на орден, ложны, хотя под пыткой он и признал часть их истинными. Но он готов сознаться перед комиссарами или перед всяким другим во всем, что только потребуют от него, даже и в том, что он убил Господа Иисуса Христа. Он заклинал комиссаров и нотариусов не сообщать только что сказанного тюремщикам или королевским чиновникам, так как тогда его сожгут. Затем другой свидетель, допрошенный раньше, умолял комиссию сохранить в тайне его показания ввиду опасности, угрожавшей ему. Комиссия собралась снова только 18 мая для того, чтобы напрасно потребовать от санского архиепископа освобождения одного из четырех представителей тамплиеров, выступившего пред судом собора. Другой из этих четырех был также схвачен по приказанию собора, и комиссия больше не видела его. Много тамплиеров, пожелавших выступить защитниками ордена, поторопились отступить; была оставлена всякая попытка заставить Вьеннский собор выслушать тамплиеров. Климент не сделал ничего, чтобы вернуть своим комиссарам их власть, и выдал на ужасную смерть храмовников, взятых им же под свою защиту.
4 апреля буллой «Альма Матер» Климент отложил Вьеннский собор с октября 1310 г. на октябрь 1311 г., так как дело о тамплиерах потребовало больше времени, чем рассчитывали. Комиссия возобновила свои заседания только 17 декабря. Тогда оставшиеся два из четырех представителей тамплиеров заявили, что они не могут действовать от имени ордена без помощи двоих схваченных. Комиссия сообщила им, что оба их товарища отказались защищать орден, вернулись к своим первоначальным признаниям и осуждены Санским собором на пожизненное тюремное заключение. Комиссия предложила тогда этим двум рыцарям, что она разрешит им присутствовать при принесении свидетелями присяги и делать возражения; но они заявили, что не имеют права на это и удалились. Таким образом, ордену было отказано во всякой защите; дальнейшие действия комиссии по этому делу состояли в сборе свидетельских показаний обвинения. Комиссары заседали до июня, выслушивая свидетелей, которых выбирали королевские чиновники. Большинство свидетелей было воссоединено с Церковью после сознания, отречения и отпущения грехов, так что они не принадлежали более к ордену. Из большого числа тамплиеров, отказавшихся сознаться, весьма немногие случайно были допущены в комиссию. Некоторые обвиняемые также имели мужество отказаться от показаний, данных перед епископами; но кроме этих редких исключений все показания были враждебны ордену. 6 июня комиссия закончила работы и переслала свои протоколы Клименту как документы для решения собора в Вьенне.
Меры против тамплиеров принимали и за пределами Франции. На уведомление об аресте храмовников, посланное Филиппом 16 октября 1307 г., английский король Эдуард II ответил 30 октября: король и его совет крайне удивлены. Эдуард, желая оказать поддержку ордену, писал 4 декабря королям Португалии, Кастилии, Арагона и Неаполя, что источником обвинений были алчность и зависть; он просил этих монархов не слушать клеветы и не предпринимать ничего, чтобы орден, известный своею чистотою и благородством, не подвергся притеснениям раньше, чем законным порядком не будет доказана его виновность. Король писал 10 декабря 1307 г. Клименту, что слава чистоты и верности учению Церкви, которою пользовались английские тамплиеры, не позволяет ему без новых доказательств поверить враждебным им слухам; он советовал папе выступить против клеветы, распространяемой людьми завистливыми и злыми. Однако через несколько дней после этого он получил буллу, изданную Климентом 22 ноября, и не смея более сомневаться в фактах, подтвержденных папой, повиновался предписаниям буллы. Уже 15 декабря были разосланы всем шерифам Англии подробные приказания об аресте всех тамплиеров. 10 января 1308 г. была дана инструкция об управлении конфискованных имений. 20 января такие же указы были посланы всем английским властям в Ирландии, Шотландии и Уэльсе.
Согласно распоряжению короля аресты были произведены, но тамплиеры не были заключены в тюрьмы, а сделаны пленниками на честное слово в ожидании вмешательства Св. Престола. Папские инквизиторы прибыли в Англию 13 сентября 1309 г. Король приказал арестовать еще не арестованных тамплиеров и собрать их в Лондон, Линкольн и Йорк, где они будут допрошены в присутствии епископов. Подобные же указы были посланы в Ирландию и Шотландию, куда инквизиторы назначили своих делегатов.
20 октября 1309 г. папские инквизиторы и лондонский епископ начали допрос тамплиеров, собранных в Лондоне. Все подсудимые подтвердили невиновность ордена; свидетели, не принадлежащие к ордену, в огромном большинстве заявили, что они также убеждены в невиновности ордена; некоторые, впрочем, повторили местные слухи и сплетни об ордене, которые были распространены в народе. Инквизиторы находились в стране, где закон не допускал применения пытки, а без ее помощи они были не в состоянии довести до конца свое дело. Они добились от короля позволения инквизиторам и епископским судьям обращаться с заключенными, как они найдут нужным. Указ об этом был повторен 1 марта 1310 г., а затем 8 марта. Однако до 24 мая не было получено ни одного серьезного показания, хотя допросы продолжались всю зиму и всю весну, 24 мая трое арестованных беглецов были доведены до признания во всем, чего от них хотели. Климент 6 августа написал Эдуарду, что инквизиторы, лишенные права пытки, не могут добиться признаний; никакой закон и обычай не должны ограничивать их. После этого Эдуард снова 26 августа подтвердил указом, что епископам и инквизиторам предоставляется право применять церковный закон; это распоряжение подтверждалось 6 и 23 октября, 22 ноября и 28 апреля 1311 г. В последних предписаниях короля слово пытка было уже прямо произнесено из уважения к Святому Престолу. 18 августа 1311 г. такие же предписания были посланы шерифу Йорка.
