Основывая новую испанскую инквизицию, Фердинанд Католик получил для своего великого инквизитора право назначать делегатов во все страны, зависевшие от Кастилии и Арагона. Такой делегат был послан в Сицилию около 1487 г.; 18 августа того же года состоялось первое аутодафе, на котором была сожжена еретичка, бежавшая в Сицилию из Арагона. Затем идет период борьбы между папской инквизицией и инквизицией испанской, которую Фердинанд старался установить на острове под своим контролем. В конце XV в. Фердинанд насадил в Сицилии вполне испанскую инквизицию. Когда в 1503 г. Гонзальво де Кордова вел переговоры о передаче Неаполя Фердинанду, то одним из условий было, чтобы в городе не вводилась испанская инквизиция, уже получившая печальную известность. Условие было принято. Но Фердинанд, получив королевство тайными указами от 30 июня 1504 г. вопреки всем условиям договора, распространил на Неаполь юрисдикцию сицилийской инквизиции, предписав Гонзальво и всем королевским чиновникам оказывать ей поддержку и следить за тем, чтобы ни один подозрительный не мог уйти из королевства. Королевские указы побуждали доминиканских инквизиторов действовать энергичнее; происходили аресты и аутодафе. В 1510г. Фердинанд подумал, что население уже достаточно привыкло подчиняться желаниям короны, и один испанец был послан в качестве инквизитора. В ответ все королевство выразило готовность встать на защиту своих прав. Под давлением этих обстоятельств вице-король объявил, что проект введения испанской инквизиции оставлен. Доминиканская инквизиция продолжала действовать до 1547 г., пока более энергичная попытка ввести испанскую инквизицию с целью уничтожения протестантизма не вызвала беспорядков.

Истинный очаг ереси катаров находился к востоку от Адриатического моря, в славянских землях.

В землях к югу от Венгрии Рим упорно в течение столетий боролся с еретиками.

Обширные области, лежавшие к востоку от Адриатического моря, только теоретически находились в духовной зависимости от Рима. Население, покоренное в конце IX в. мадьярами и постоянно стремившееся свергнуть их иго, было христианским только по имени, притом не католическим. Несмотря на запрещение Григория VII, богослужебным языком был славянский, и к католическим обрядам относились с ненавистью как к символу рабства. Несколько прелатов, священников и монахов, не знавших языка и обычаев враждебного населения, благодаря своей распущенной жизни не могли приобрести нравственного влияния. При таких условиях катаризм мог развиваться беспрепятственно. Если опустошительные войны мадьяр именовались крестовыми походами для уничтожения ереси, то ересь могла отожествлять себя с патриотизмом. На всем протяжении от Дуная до Македонии и от Адриатического моря до Черного, катарская Церковь имела прекрасную организацию, была разделена на епархии, имевшие своих епископов, и энергично занималась обращением. Наиболее цветущей из этих провинций являлась Босния, в которой в конце XII в. насчитывали до десяти тысяч горячих последователей ереси. Катарами были даже сам бан Кулин, правивший Боснией в качестве вассала Венгрии, его жена и вся его семья.

Первое столкновение с ересью произошло в конце XII в., когда архиепископ Спалатро по приказанию Иннокентия изгнал из Спалатро и Триеста большое число катаров; они нашли себе убежище в Боснии у бана Кулина. В 1199 г. король Далмации Вукан, претендовавший на Боснию, советовал Иннокентию приказать королю Венгрии Эмерику изгнать из нее еретиков. Иннокентий приказал Эмерику очистить свои земли от ереси и конфисковать имущество еретиков. Но Кулин упредил Эмерика и напал первым на мадьяр. В то же время он старался заключить мир с Римом, утверждая, что обвинение его подданных в ереси ложно; он послал нескольких из них с двумя своими епископами к Иннокентию, чтобы тот мог лично убедиться в их правоверии, и просил папу прислать двух легатов для расследования этого вопроса на месте. Папа послал в 1202 г. в Боснию своего капеллана и архиепископа Спалатро, приказав им, если они найдут там еретиков, то будь это сам бан, преследовать их согласно канонам. Вернувшись в 1203 г., капеллан вручил Иннокентию обязательство катаров принять католичество и советовал папе основать в землях бана три или четыре новых епископии. Король Эмерик свидетельствовал папе об обращении еретиков в католичество. Сын Кулина также явился к Эмерику и обязался уплатить тысячу марок в случае дальнейшего покровительства еретикам. В 1203 г. болгарский император Кало-Иоанн обратился к Иннокентию с просьбой прислать кардиналов короновать его и выразил полное повиновение Святому Престолу.

Но вынужденные обращения славян оказались непродолжительными. Архиепископ Рагузы, Аррингер, считавшийся митрополитом всей страны, назначил на вакантную кафедру одного катара; сам он скоро умер, а его епархия превратилась в гнездо ереси. Немногочисленные католические священники страны покинули свои приходы, и католичество почти совершенно исчезло. В 1221 г., говорят, во всей Боснии не было ни одного католического проповедника. Коронованный легатом, прибывшим из Рима, Кало-Иоанн вскоре поссорился с латинскими императорами Константинополя и порвал с Римом; катары получили полную свободу и в Болгарии.

В 1221 г. Гонорий III послал в качестве легата в Венгрию своего капеллана, чтобы заставить короля и прелатов уничтожить ересь. Легат безуспешно приказал всем далматинцам и хорватам принять участие в крестовом походе. Архиепископ Калочи Уголин, который желал увеличить свою провинцию, предложил Андрею II Венгерскому предпринять за его счет крестовый поход. Король и папа обещали отдать ему все земли, которые он очистит от еретиков. Уголин нанял за двести серебряных марок правителя Сирмии, князя Иоанна, который не сдержал обещания изгнать еретиков, несмотря на напоминание Гонория III в 1227 г. Тем временем боснийцы сместили своего бана Стефана и выбрали на его место катара Нинослава, который правил страною с 1232 по 1250 г. и оставил по себе память как о наиболее выдающемся историческом лице Боснии.

Для борьбы с ересью папа Григорий IX направил в Боснию нищенствующие ордены. Уже с 1221 г. доминиканский орден начал основывать в Венгрии монастыри. Инквизиция в Венгрии была основана св. Гиацинтом, одним из первых членов ордена, умершим в 1257 г. И уже скоро с брата Николая живого содрали кожу, а брата Иоанна еретики забили до смерти камнями. Под 1233 г. упоминается об убийстве девяноста доминиканцев у куман, а еще раньше этого тридцать два монаха были потоплены боснийцами-еретиками.

В 1232 г. Григорий приказал своему легату в Венгрии обратить боснийцев. Король Андрей отдал банство своему сыну Коломану, герцогу Кроации (Хорватии) и Далмации, приказав ему помогать обращению еретиков. В то время даже сам католический епископ Боснии был заражен ересью и в свое оправдание ссылался на то, что по невежеству считал катаров католиками. Рагузанский архиепископ знал об этом, но не обращал на это внимания; поэтому легат присоединил Боснию к архиепископии Калочи. Но более важным было обращение Нинослава, который отрекся от катаризма, чтобы примириться с Коломаном, разорявшим его владения. Многие из его вельмож последовали его примеру. Один из его родственников, Убан Приезда, дал даже своего сына в заложники доминиканцам, как ручательство в искренности своего обращения. В 1233 г. папа Григорий велел вернуть ребенка отцу, принял Боснию под особое покровительство Святого Престола и приказал Коломану защищать Нинослава от враждебных ему еретиков. Он устранил от должности епископа-еретика. Епископом всей Боснии был назначен доминиканец.

Однако в 1234 г. Григорий снова утверждал, что ересь беспрерывно растет, и Босния обращается «в пустыню для веры». Условившись с королем Андреем, папа приказал начать крестовый поход, обещая участникам прощение грехов. В конце 1234 г. Коломан залил Боснию кровью и огнем. Нинослав вновь предался катарам.

В 1235 г. крестоносцы терпели неудачи. Но 1236 г. стал для них более благоприятным. Бела IV сменил Андрея на венгерском престоле и клятвенно обещал легату уничтожить еретиков во всех землях, зависимых от Венгрии. Сын бана Стефана Себислав, желая вернуть себе родовое наследие, энергично помогал крестоносцам. Григорий называл его «лилией среди терний» и единственным католиком среди боснийских вождей еретиков. Наконец, в 1237 г. Коломан одержал победу; но несмотря на все его последующие усилия, ему не удалось уничтожить ересь. По ходатайству Коломана Григорий посвятил епископом в Боснию доминиканца, а немного позднее назначил его на три года легатом и поручил уничтожение остатков ереси. Папа в то же время обещал покровительство Св. Престола всякому, кто поднимет крест на ее уничтожение. Около конца 1239 г. ересь, казалось, была уничтожена. Но едва Коломан и крестоносцы покинули страну, как все дело их потерпело крах, и ересь стала столь же сильна, как и прежде.