Около 1209 г. страсбургский епископ Генрих Веринген в результате беглого расследования обнаружил, что Германия полна неверующих. Приступили к розыску, результатом которого был арест пятисот человек, принадлежавших ко всем слоям общества. Генрих устроил богословские диспуты, чтобы обратить своих пленников на путь истины, но его духовенство гораздо хуже знало Священное Писание, чем еретики. Тогда епископ объявил, что все упорствующие в своих заблуждениях, будут сожжены. Еретики выдали свои книги и отреклись; однако около ста из них, в том числе двенадцать священников, двадцать три женщины и много знатных, отказались отречься. Все отрицавшие свое еретичество были подвергнуты старинному испытанию раскаленным железом. В Страсбурге подобное испытание обнаружило виновность восьмидесяти не раскаявшихся еретиков, которые все были сожжены. Имущество осужденных было конфисковано и разделено между магистратами и всеми, кто принимал участие в «разоблачении» еретиков. Документы тех лет упоминают об открытии и наказании еретиков и в других местах Германии. Катары в Германии никогда не основывались прочно и полностью исчезли там. Зато были многочисленны вальденцы и еретики секты «Правильно живущие». Еще в 1199 г. Иннокентий III пытался заставить вальденцев Меца выдать переводы Священного Писания и послал аббата из Сито вместе с двумя другими аббатами обуздать этих еретиков. Аббаты обратились к заблудшим со словом убеждения и сожгли все экземпляры запрещенных книг, какие им удалось захватить; но, по-видимому, тогда не был сожжен ни один еретик. Почти все еретики, сожженные в 1212 г. в Страсбурге, принадлежали к вальденцам. На основании их сочинений и признаний был составлен список из трехсот заблуждений, затем соединенных в семнадцать положений. Они отрицали посвящение в духовный сан и поэтому не признавали целибата священников; отрицая чистилище, они не признавали молитвы и обедни за умерших. Вальденцы гораздо раньше св. Франциска и его учеников возвели в догмат совершенную нищету Иисуса Христа и Его учеников. Среди сожженных в Страсбурге были также правильноживущие. Секта эта, несмотря на небольшое число последователей, является первым проявлением стремления к свободе мысли. Благодаря своей почти несокрушимой стойкости она явилась одним из самых опасных врагов, против которых пришлось бороться инквизиции. В начале XIII в. учение этой секты было создано парижским схоластиком, магистром Давидом де Динан, его товарищем по кафедре богословия, Амори де Беном, и их учениками, которые тайно распространяли его учение. Почти все они были высоко образованные богословы университета и священники. Это учение производило неотразимое впечатление на людей, склонных к мистической экзальтации.

Учение Амори было осуждено Сорбонной еще в 1204 г., сам он вынужден был отречься и умер в 1207 г. В 1210 г. в секту проник шпион – Рауль де Немур. Ознакомившись хорошо с ересью, он донес обо всем, что знал, светским властям; были произведены аресты, и виновные были осуждены собором епископов. Четверо из вождей были приговорены к пожизненному тюремному заключению, а десять еретиков сожжены. Бедные люди обоего пола, давшие совратить себя, были милостиво прощены. Несколько казней состоялось в других городах. Останки Амори были вырыты и даны собакам, после чего кости его разбросали по полям. Чтение сочинений Амори и де Динана запретили, а изучение естественных наук в Парижском университете прекратили на три года. Сочинения Аристотеля, породившие эту ересь, были публично сожжены.

Народное прозвище сектантов папелярдами показывает, что они внешне проявляли набожность и скрывали свои теории о бесполезности таинств и внешнего культа. Ересь была уничтожена и о ней с этого времени ничего не слышно; однако некоторые наставники поучали ей в Дофинэ, где они смешались с вальденцами.

Парижский университет привлекал со всех концов Европы искателей знания, и среди последователей Амори были иностранцы, распространявшие его учение. Учеником Амори был Ортлиб из Страсбурга. Большой Латеранский собор 1215 г. осудил учение Амори скорее как безумное, чем еретическое.

О первоначальной вере Братьев Свободного Духа, как называли себя ученики Ортлиба, известно мало. Главный документ, освещающий их учение в XIII в., менее касается их принципов, чем последствий отказа признать действительность церковных обрядов. Они утверждали, что несозданный мир вечен, обещали всем вечную жизнь, отрицая воскресение плоти, и мистически представляли Св. Троицу в трех членах секты. Они предписывали самое строгое воздержание даже в браке, деторождение допускалось только духовное: единственные сыновья, которых следовало иметь, должны быть созданы путем обращения. Человекоубийство, ложь и клятва запрещались. Преследования 1212 г. в Страсбурге не уничтожили учеников Ортлиба, они подверглись в 1216 г. новым преследованиям, распространившимся до швейцарского кантона Тургау. Около середины XIII в. они были очень многочисленны в Швабии, особенно около Нордлингена и Эттингена.

Одно из положений их учения было особенно ненавистно католикам: если Бог являлся Творцом всего, то нельзя из числа Его творений исключать сатану. Некоторые последователи Ортлиба обратили главное внимание на теорию, касавшуюся сатаны; их считали особой сектой луцифериан. В их еретическом учении старались, сильно преувеличивая, найти культ сатаны; их подвергали самым диким преследованиям. Впервые это неистовство проявилось в деле Генриха Миннеке, приора женского цистерцианского монастыря в Госларе. В 1222 г. Миннеке был обвинен в некоторых еретических мнениях перед своим епископом, фанатиком Конрадом фон Рейзенбергом из Гильдесгейма. Собрание прелатов, состоявшееся в Госларе, допросило монахинь и признало Миннеке виновным; ему запретили продолжать распространять свое учение. Так как он нарушил это приказание, то епископ Конрад вызвал его к себе и после трех дней допроса присудил его вернуться в свой монастырь. Миннеке проявил непокорность и был заключен в тюрьму. Он обратился к папе Гонорию с требованием справедливого суда. Гонорий в мае 1224 г. приказал епископу Конраду представить узника легату и собранию прелатов для допроса и окончательного решения. Около 1 октября легат созвал в Вардевике епископов Северной Германии; этот трибунал уличил Миннеке в том, что он заставлял монахинь видеть в нем существо выше всех людей, рожденных от женщины; он смягчал строгий цистерцианский устав; в своих проповедях он заявлял, что Св. Дух был отцом Бога Сына и, восхваляя девство, выставлял брак грехом; в одном видении он видел сатану, просящего прощение у Бога, и, наконец, он утверждал, что существует небесная жена, стоящая выше Св. Девы и называющаяся Премудростью. Чтобы окончить это дело, потребовалось еще собрание в Гильдесгейме 22 октября. Миннеке был назван манихеем и луциферианом; его признали виновным, лишили духовного сана; он был выдан светской власти и сожжен в 1225 г. В постановлении окончательного решения по этому делу принял участие человек, ставший известным всей Германии и представляющий самое полное воплощение безумного фанатизма той эпохи, Конрад Марбургский. Он был простым священником и не принадлежал к нищенствующим орденам, тем не менее доминиканцы признали его украшением своего ордена.

Человек твердого характера и ограниченного ума, Конрад считал физическую и нравственную пытку самым действенным путем к спасению; он высокомерно взял на себя роль бога-мстителя, карающего людей за их слабости и грехи. Вина за причиненное им зло падает на тех, которые хладнокровно выбрали его оружием в своих руках и пустили ослепленного яростью и безумием фанатика на беззащитную массу. Конрад уже давно пользовался громкою известностью. Его блестящее красноречие было способно приводить в движение народные страсти, и поэтому уже в. 1214 г. его послали в Германию проповедовать крестовый поход, который был одним из поводов созыва большого Латеранского собора; и с этого времени деятельность его уже не прекращалась. Он принял участие в преследованиях ереси. Его начали называть папским представителем в серьезных делах. В 1220 г. ему было поручено угрозами духовных наказаний склонить императора Фридриха II к выполнению обета совершить крестовый поход в Святую Землю. Конраду было поручено организовать по всей Германии проповедь этого крестового похода.