Покушение святого трибунала на вальденцев Дофинэ на некоторое время прекратилось. В 1483 г. смерть Людовика XI лишила их покровителя. По ходатайству архиепископа Эмбренского, Иннокентий VIII снова приказал начать преследования. Инквизитор-францисканец, действия которого вызвали в 1475 г. жалобу королю, снова принялся за дело и сжег двух консулов Фрейсиньера. Раздраженный упорством еретиков, архиепископ предложил им летом 1486 г. или покинуть страну, или покориться. Так как они не исполнили ни того, ни другого, то он их отлучил от Церкви. В 1488 г. был предпринят крестовый поход против Дофинэ и Савойи. Делегат папы получил помощь от парламента Гренобля; была собрана армия. В марте 1489 г. крестоносцы двинулись в поход на долину Пражелато, и в течение нескольких дней жителям оставался только выбор между отречением от ереси и смертью, пятнадцать закоренелых еретиков было сожжено. В Валь-Клюзоне и Фрейсиньере сопротивление было более упорное; там началась такая резня, что напуганные жители Аржантьера покорились без сопротивления. В Валь-Пюте население укрылось в пещере Эгю-Фред, но крестоносцы зажгли огонь у входа в пещеру, там задохнулось три тысячи человек, в том числе четыреста детей. Этот поход и конфискации, которые разделили между собой Карл VIII и эмбренский архиепископ, нанесли смертельный удар вальденской ереси. Чтобы ересь не воскресла, инквизитор Прованса продолжал вызывать на суд, произносил обвинения против не явившихся, конфисковал имущество еретиков-рецидивистов и закоренелых.

Вступление на престол Людовика XII дало новое направление делам вальденцев. Королевский канцлер провел в Париже совещание, на котором депутаты Фрейнсиньера встретились с новым эмбренским архиепископом и с уполномоченными Гренобльского парламента. Было постановлено отправить на место папских и королевских комиссаров для изучения вопроса о мнимых еретиках. Комиссары явились в Фрейсиньер и допросили свидетелей, которые убедили их в том, что все население, вопреки настойчивым заявлениям архиепископа, строго католическое. Были сняты все отлучения и положен конец преследованиям. 12 октября 1502 г. Людовик XII утвердил это решение. Папа Александр VI, сын которого Цезарь Борджиа получил от Людовика XII эту область, не имел никакого желания ссориться с королем. Однако вальденцам не удалось вырвать из рук эмбренского архиепископа конфискованные земли, несмотря на распоряжение короля об их возвращении прежним владельцам. В провинции Безансон, несмотря на то, что время от времени возжигались костры, ересь продолжала распространяться до 1514 г., пока не был послан туда епископ Ангулема. Принятые им меры и энергичное содействие, оказанное ему светской властью, в несколько лет искоренили ересь.

Во время Реформации последние вальденцы слились с кальвинистами.

Арагонское королевство, простиравшееся к западу и востоку от Пиренеев, имело население, родственное по происхождению и языку жителям Южной Франции. Еретическая миссионерская деятельность основывалась в Барселоне; изгнанные еретики нашли убежища в горах Урхеля и Серданья. Однако к западу от Пиренеев ересь никогда не была так сильна, как к востоку, и уничтожение ее не потребовало больших усилий. Около 1250 г. наиболее многочисленными еретиками в Арагоне были вальденцы. В конце XII в. Альфонс II и Петр II издали против них жестокие эдикты.

Во время альбигойских войн сочувствие арагонцев было скорее на стороне еретиков, чем католиков. Единственное преследование за это время было предпринято в 1215 г. архиепископом Таррагоны: он поручил изгнать еретиков из своей епархии монастыря Скала Деи. В документе от 1220 г. архиепископ восхваляет ревность приора и монахов и в награду дает им несколько аллодов. В 1226 г. король Иаков запретил еретикам въезд в свое государство. Другой указ, лишавший «общественного мира» еретиков, их защитников, сторонников и укрывателей, был издан в 1228 г. по настоянию доминиканца Раймунда де Пеннафорте, духовника молодого короля. Этот монах убедил короля просить Григория IX прислать инквизиторов, чтобы очистить страну от еретиков: булла от 26 мая 1232 г. архиепископу Эспараго де Барка и его представителям предписывает им произвести в своих епархиях розыск еретиков или лично, или при помощи доминиканцев. Все еретики, которых удастся обнаружить, должны быть наказаны согласно статутам, изданным папой и римским сенатором Аннибальдо. Но здесь еще нет и речи о папской или доминиканской инквизиции.

В 1233 г. король Иаков по настоянию прелатов издал в Таррагоне статут, согласно которому сеньоры за оказание покровительства еретикам в пределах своих владений подлежали ответственности за вероломство; земли их переходили к сюзерену, а если это были аллоды, то к самому королю. Жилища еретиков, если они были аллодиальные, подлежали уничтожению, а если они пользовались ими на ленном праве, подлежали переходу в руки сеньора. Всякий, признанный еретиком или заподозренный в ереси, лишался права избрания на общественные должности. Чтобы невинный не пострадал вместе с виновными, право наказания еретиков предоставлялось исключительно епископу. Епископам предлагалось в местностях, заподозренных в ереси, наделять своей властью священника или какое-либо духовное лицо. Король или его бальи должны были назначить двух или трех мирян для розыска еретиков, для предупреждения побега подсудимых и выдачи их в руки епископа, королевских чиновников или местного сеньора. На этом смешении духовных и светских принципов здесь зарождалась инквизиция, существенно отличавшаяся от образовавшейся в это время в Тулузе. В случае небрежного исполнения дела арагонским инквизиторам начала XII в., если они были лица духовного звания, грозило отнятие бенефиций, а если они были миряне,- штраф.

По просьбе нового архиепископа Гильена Монгриа 30 апреля 1235 г. папа Григорий IX послал ему кодекс всего инквизиционного делопроизводства.

По настоянию Григория инквизиторы-доминиканцы в 1237 г. впервые появляются в Арагоне: виконт Кастельбо, ленник Урхельского епископа в 1237 г. предоставил в своих землях полную свободу действий инквизиции. Кастельбо долго считалось гнездом катаров. В 1225 г. под покровительством прежнего сеньора данной местности совершенные еретики открыто проповедовали там свое учение. Инквизиторы разрушили два дома, вырыли и сожгли кости восемнадцати покойников, осужденных в качестве еретиков, увели до сорока пяти захваченных мужчин и женщин, осудили пятнадцать скрывшихся бегством и не вынесли никакого решения о нескольких других. Однако урхельскому епископу этого показалось мало, и он осудил и отлучил от Церкви давнего своего врага, графа де Фуа Рожера Бернара, как защитника еретиков; и только в 1240 г. благодаря вмешательству таррагонского архиепископа епископ дал ему прощение, но предварительно Рожер покорился, отрекся от ереси и дал присягу перенести всякую епитимью. В 1238 г. была основана в Арагоне инквизиция, и в апреле того же года Григорий IX писал францисканскому министру и доминиканскому приору Арагона о распространении ереси по всему королевству и о том, что еретики открыто нападают на Церковь, которую хотят подавить. Нищенствующим монахам было приказано энергично расследовать ересь и разыскивать еретиков, применяя опубликованные папою статуты и прибегая в случае надобности к светской власти. Григорий принимал подобные же меры и относительно Наварры, также наполненной еретиками. Он назначил туда инквизиторов – францисканского настоятеля из Памплоны и доминиканца.

После 1246 г. страна была присоединена к арагонской инквизиции. В Арагоне епископ Барселонский организовал инквизицию в своей епархии до 1241 г. В 1242 г. собор в Таррагоне, созванный архиепископом, опубликовал кодекс, определяющий отношение Церкви и еретиков и долго применявшийся не только в Испании, но и во Франции. Появление этого кодекса дало толчок к возобновлению преследования в Кастельбо, которое не было полностью очищено от еретиков в 1237 г. Еретики отравили особенно ненавистного уже с давнего времени инквизитора, брата Понса де Бланес или де Эспира. В ответ архиепископ Гильен Монгри собрал войско, осадил и взял замок, сжег огромное число еретиков, а остальных заключил пожизненно в тюрьму. В это же время была сделана попытка распространить инквизицию на все королевство. Приходских священников просили оказывать инквизиции всякую посильную помощь. В Урхеле еретиков жестоко преследовал доминиканский инквизитор Бернардо Травессера, которого они в конце концов убили. В 1248 г. Иннокентий послал епископу Лериды инструкции об отношении к еретикам его епархии, которые добровольно вернутся в лоно Церкви. В том же году доминиканский провинциал Испании и Раймунд де Пеннафорте получили право назначить инквизиторов. В 1254 г. король Иаков просил Иннокентия IV передать инквизицию одним доминиканцам. Выбор инквизиторов был поручен Иннокентием приорам Барселоны, Лериды, Перпиньяна и Эльна, каждый из них должен был действовать в пределах собственной епархии, если там не было инквизиторов, назначенных папой. Позднее Иннокентий предоставил выбор архиепископам Таррагоны и Нарбонны и обязал их оказывать содействие новым инквизиторам. Урхельский епископ Понс при содействии доминиканского инквизитора предпринял поход против вальденцев Пуйсерды и Берга.