После уничтожения катаризма Лангедок сделался нераздельной частью монархии, и роль инквизиции в этой стране отныне сливается с ее историей и остальной частью французской монархии.

После крестовых походов и мира 1229 г. много еретиков бежало с юга Франции в земли, где они надеялись избежать подозрения. Поэтому при учреждении инквизиции на юге необходимо было тщательно наблюдать за странами, где еретики находили убежище.

В начале 1233 г. доминиканскому приору Безансона было предписано начать преследование ереси. Он поручил это брату Роберту, раскаявшемуся катару, знавшему прекрасно, как и где открывать еретиков; он начал преследование с Шаритэ, в XII в. известном как центр ереси. Новый инквизитор быстро заставил еретиков толпами приходить к нему, сознаваясь в своих заблуждениях; все обвиняли сами себя и друг друга. Роберт отправил отчет папе Григорию IX, в котором утверждал, что весь город представлял гнездо ереси; католическая вера почти изгнана из него; и только осторожные притворно выказывали благочестие. Роберту было приказано действовать энергично совместно с епископами и для окончательного уничтожения ереси в этой стране применять вновь опубликованные Св. Престолом статуты, требуя помощи светских властей применяя к ним, в случае надобности, духовные наказания. Получив папское одобрение, Роберт действовал неумолимо, не отличал невинных от виновных. Архиепископ Санский, в епархии которого находился Шаритэ, пожаловался папе Григорию на вмешательство в его юрисдикцию; то же сделали и другие прелаты, обеспокоенные правом доминиканского провинциала Парижа назначать инквизиторов по всему королевству. Они заявляли папе, что в их провинциях нет никакой ереси и что нет никакой нужды в исключительных мерах. В первых числах февраля 1234 г. Григорий отменил все назначения инквизиторов и поручил наблюдение прелатам при условии, что они будут прибегать к помощи доминиканцев в подавлении ереси. Но даже вмешательство папы не могло сдержать Роберта. Он возобновил свою деятельность на старом месте. В 1234 г. король Людовик дал Роберту вооруженную стражу, чтобы защищать его от народной ненависти; и преследователь в Неровне сжег пять человек; в Эленкуре – четырех, не считая одной беременной женщины, казнь которой была отсрочена по ходатайству королевы. В конце великого поста в Камбрэ он совместно с реймсским архиепископом и тремя епископами сжег до двадцати еретиков и многих присудил к ношению крестов и к тюрьме; в Дуэ в мае в присутствии графа Фландрского, реймсского архиепископа, нескольких епископов и толпы любопытных сжег десять человек и многих приговорил к тюремному заключению и ношению крестов. Затем он покарал еретиков в Лилле. В августе 1235 г. Григорий IX писал доминиканскому провинциалу, что вся Франция заражена ересью и что необходимо восстановить инквизицию и дать ей свободу действий; он согласился на назначение инквизитором брата Роберта.

Архиепископ Санский получил указ оказывать содействие Роберту, а Роберт получил от самого папы полномочие действовать по всей Франции.

Людовик Святой поддерживал Роберта, епископы были вынуждены оказывать ему помощь и исполнять его приказания. Этот фанатик в течение нескольких лет действовал во Фландрии, Шампани, Бургундии, Иль де Франсе. Он не заботился об особой точности суда и не взвешивал улик. Людям, которых он признавал еретиками, приходилось выбирать между отречением с последующим пожизненным тюремным заключением и костром. Для разнообразия Роберт зарывал свои жертвы живыми в землю; в течение двухтрех месяцев он отправил на тот свет до пятидесяти несчастных обоего пола. Свою миссию он исполнял без всякого контроля в течение многих лет! В конце концов признали, что он в своей жестокости не разбирал виновных и невинных, так что сам Григорий IX повелел в 1238 г. произвести следствие, которое раскрыло злоупотребления Роберта, но в 1239 г. он успел еще сжечь сто восемьдесят три еретика в Мон-Вимере, месте происхождения катаризма в XI в.; и на этом сожжении присутствовали наваррский король, множество прелатов и знати и простых людей до семисот тысяч. Еще ранее Св. Престол, обеспокоенный действиями Роберта, постановил в 1239 г., что приговоры инквизитора должен утверждать Рим. Монах-убийца был заключен пожизненно в тюрьму. Но в течение трех или четырех лет после падения Роберта преследование свирепствовало от Рейна до Луары по всем провинциям, которые, по мнению инквизиторов, кишели тайными еретиками. С этого времени доминиканская инквизиция навсегда установилась во всей Франции. Король Людовик Святой принял на себя все расходы инквизиторов, даже в землях его крупных вассалов. Деятельность инквизиторов охватила всю страну; они преследовали еретиков повсюду, не обращая внимания на границы инквизиторских округов.

В Провансе доминиканский приор предпринял сначала розыск еретиков по собственной инициативе; только в 1245 г. инквизитор был назначен официально. Эта провинция, включавшая весь юго-восток современной Франции, в том числе и Савойю, была поручена францисканцам. В 1288 г. инквизиция Прованса была распространена на Авиньон и графство Венессен, правитель которого получил приказание уплатить расходы инквизиторов.

В 1292 г. вошел также в район действий инквизиции и Дофинэ; было закончено установление инквизиции в землях к востоку от Роны. В 1253 г. Иннокентий IV предоставил парижскому провинциалу доминиканцев высшую власть над всей Францией, кроме Прованса, включая земли Альфонса Тулузского. В последующие годы появились новые буллы, в которых отмечалось распространение ереси и которые призывали к усиленной борьбе с ней и упоминали о заботах короля Людовика об инквизиции. Тщательно выработанные инструкции были присланы из Рима для руководства святого трибунала, В Риме внимательно следили за работой инквизиции во Франции и стремились укрепить ее. Папское бреве 1255 г. устанавливает, что в это время инквизиция Лангедока не зависела от парижского провинциала; в 1257 г. она снова была отдана в его ведение; в 1261 г. ее снова освободили, в 1264 г. опять подчинили ему, и на этот раз навсегда. Таким образом, парижский провинциал стал теперь великим инквизитором всей Франции. В 1255 г. к доминиканскому провинциалу был прибавлен францисканский провинциал; и, таким образом, оба ордена разделили между собою деятельность. Но в 1256 г. власть снова сосредоточилась в руках доминиканцев. Число назначаемых инквизиторов всегда строго определялось папой. В 1256 г. были утверждены только два инквизитора; в 1258 г. провинциалу было поручено назначить еще четырех. Когда в 1261 г. Лангедок был отделен, число инквизиторов было опять сведено к двум, но в 1266 г. их число снова было увеличено до четырех, не считая Лангедока и Прованса, куда в 1267 г. были назначены два помощника инквизиторов. В 1273 г. число инквизиторов было доведено до шести, причем был выделен только один Прованс. Север королевства не был разделен, подобно югу, на строго разграниченные округа.

В 1290 г. Николай IV приказал парижскому провинциалу избрать трех инквизиторов для епархии Безансона, Женевы, Лозанны, Сиона, Меца, Туля и Вердена. Лотарингия, французские кантоны Швейцарии и Франш-Контэ были подчинены французской инквизиции, и такой порядок сохранялся более столетия.

Несколько документов, относящихся к 1277 и 1278 гг., позволяют узнать о делопроизводстве инквизитора и оценить его деятельность. Полномочия инквизитора Франции распространялись на все королевство к северу от Лангедока; он действовал от имени папы и короля и в случае надобности прибегал к помощи светских властей. В Нормандии близ Эврё он открыл целое гнездо еретиков и 21 июля вызвал на суд тринадцать жителей небольшой соседней деревни. В феврале 1285 г. Филипп Красивый предписывает своим представителям в Шампани и Бри оказывать содействие инквизитору.

Инквизиторы Франции жаловались, что их делу много мешало право убежища: всякого преступника, которому удавалось скрыться в церкви, ни одно должностное лицо не смело ни преследовать, ни арестовывать внутри священной ограды. Нарушение права убежища влекло отлучение от Церкви, которое могло быть снято только ценою примерного наказания. Еретики воспользовались подобной защитой. Поэтому Мартин IV в 1281 г. обратился ко всем прелатам Франции об отмене права убежища; инквизиторам давалась полная возможность отомстить за веру; им следует оказывать всякое содействие. Много евреев-вероотступников и неискренне обратившихся еретиков было сожжено или наказано другими способами в Париже за 1307-1310 гг.