В Германии не было национальной Церкви; духовенство было подчинено Риму, и это подчинение с каждым днем становилось все более тяжелым благодаря финансовым условиям; но не было ничего, что могло бы занять место инквизиции. Известная свобода слова стала обычным явлением, и на нее смотрели с некоторою терпимостью, если только не страдали от этого доходы св. Петра. Подобное положение дела, объясняет, возможно, тот факт, что значение восстания Лютера было лучше понято в Риме, чем на месте. Когда генеральный аудитор папской канцелярии объявил Лютера официально еретиком, то легат в Германии, кардинал Каэтано, написал в Рим, что сумеет сам окончить дело, что нечего представлять папе этот ничтожный вопрос. Легат не исполнил данного ему приказания арестовать Лютера. Через год Лев X отправил Каэтано новое послание с приказанием вызвать доктора Мартина и после тщательного допроса или оправдать его, или осудить. Раньше, чем Каэтано получил эти новые предписания, Лютер явился к нему согласно прежнему вызову; но, объявив себя во всем покорным сыном Церкви, он проявил грозную независимость и остался безнаказанным. Легат, если бы и захотел прибегнуть к силе, то не имел бы никакой возможности нарушить указы аугсбургских магистратов о покровительстве Лютеру. Преследование было парализовано, и неизбежная Реформация пошла своим путем.

Чехия составляла часть большой майнцской архиепископии, которая плохо наблюдала за столь удаленным округом. В такой сравнительно независимой Церкви, естественно, было открытое поле для деятельности еретических миссионеров. Вальденская ересь уже сравнительно рано распространилась среди чехов.

Пассауский инквизитор около середины XIII в. описывает цветущее положение вальденских церквей в Австрии, вдоль чешской и моравской границы. На западе еретики были в ратисбонской епархии. Иннокентий IV пригласил в 1245 г. венгерских прелатов помочь искоренять ересь, так как не рассчитывал на духовенство Чехии, и так как там не было еще инквизиции. Иннокентий утверждает, что ересь распространилась здесь широко не только среди простого народа, но также среди князей и вельмож. Всех последователей ереси папа отлучил от Церкви; земли их были конфискованы в пользу первого пришельца; всякий, кто после отречения снова впадет в ересь, строго, согласно с канонами, будет выдан без суда в руки светской власти. В 1257 г. король Пржемысл Отокар II просил Александра IV помочь ему подавить ересь, которая все продолжала распространяться; ответом на эту просьбу было введение инквизиции в Чехии. Полномочия инквизиторов на Чехию и Моравию получили от папы два францисканца. Следов их деятельности не сохранилось. В 1301 г. пражский синод отметил быстрое распространение ереси и всем приказывал доносить обо всем, им известном, епископским инквизиторам. Так что до этого времени, очевидно, применявшиеся в других местах законы о розыске и наказании еретиков в Чехии не применяли.

В 1318 г. пражский епископ был вызван Иоанном XXII в Авиньон по поводу обвинений, возведенных на него вышеградским каноником в соумышлении ереси. Каноник утверждал, что еретики были многочисленны и хорошо организованы. На основании того, что каноник доносил об их верованиях, можно заключить, что они были одновременно вальденцами и луциферианами. В это время луциферианизм процветал в Австрии, откуда проник в Чехию. Две эти ереси вполне уживались в стране. Епископ разрешил своим инквизиторам применять к этим еретикам строгие меры только по настоятельному требованию короля Иоанна Люксембургского. Четырнадцать из обвиняемых были признаны виновными и выданы светской власти; но вмешался епископ и велел выпустить их на свободу, за исключением врача Ричарда, оставшегося в тюрьме. Епископ лишил милости инквизиторов, которые были его личными агентами, а не папскими делегатами. Все это было со стороны прелата огромным преступлением; и он поплатился за это многими годами плена в Авиньоне. Возможно, одной из причин нападок на него было его враждебное отношение к францисканцам.

Таким образом, внимание папства было привлечено существованием ереси в Восточной Европе и неудовлетворительностью местной организации, предназначенной бороться с ересью. Были приняты меры к введению святого трибунала. В 1318 г. Иоанн ХХII назначил доминиканца и францисканца инквизиторами краковской и бреславльской епархий; одновременно с этим в Чехию и Польшу были назначены инквизиторы доминиканец и францисканец. Духовным и светским властям было приказано помогать им по их первому требованию. Польша, несомненно, не менее Чехии нуждалась в надзоре инквизиторов, так как краковский епископ был так же нерадив, как и его пражский коллега, и в 1319 г. он получил от Иоанна XXII строгий выговор за мягкость и небрежность, благодаря которым еретики сделались дерзкими в его епархии. В 1327 г. Иоанн приказал доминиканскому провинциалу Польши назначить инквизиторов, чтобы остановить волну ереси, шедшую с Запада. Германия и Чехия высылали монаховмиссионеров. Король Владислав приказал правителям своих городов всемерно помогать инквизиции.

Энергичная деятельность преследователей увенчалась успехом. Среди еретиков были и Братья Свободного Духа, но большинство их составляли вальденцы, у которых была в Чехии прекрасно организованная Церковь, высылавшая проповедников в Моравию, Саксонию, Силезию и Польшу. Инквизиторы, назначенные Иоанном XXII, приняли энергичные меры к подавлению ереси. В 1330 г. городами, наиболее зараженными ересью, были Сааз и Лон. Еретиков было много в Праге и ее окрестностях. Поэтому в 1335 г. Бенедикт XII назначил францисканца инквизитором в Ольмюцскую епархию, а доминиканца – в Пражскую. Всем прелатам было приказано оказывать им содействие, а королю Иоанну и его сыну, будущему императору Карлу IV, управлявшему королевством, папа предложил обнажить меч против врагов веры. Инквизитор в Праге был деятелен: в 1344 г. в его руках находилось несколько конфискованных домов.

В польской провинции Силезии ересь и преследование развились широко. Епископ Бреславльский назначил инквизиторами доминиканцев и францисканцев, усилиями которых в 1315 г. в Швейднице было сожжено пятьдесят человек; также были аутодафе в Бреславле, Нейссе и в других местах. Это преследование не прекратило враждебного отношения народа к Церкви; немного позднее там появился ересиарх Иоанн Пирна, который открыто учил, что папа – антихрист, а Рим – вавилонская блудница и синагога сатаны. Городские власти и народ приняли в Бреславле его учение. В 1341 г. в Бреславль был назначен из Кракова инквизитор, которому было поручено уничтожить эту ересь. Еретики подняли население против инквизитора; последний был убит. За это преступление на жителей наложили унизительную епитимью, а кости Иоанна Пирны были вырыты и сожжены. Силезия осталась центром ереси, которую сменявшие друг друга инквизиторы, епископские и папские, не могли уничтожить.

В 1344 г. Прага была отделена от далекого Майнца и образовала самостоятельную архиепископию; Карл, в то время маркграф Богемский, назначил архиепископом Арнеста из Пардубиц. Через два года Карл был избран избирателями Трира и Кельна императором Священной Римской империи в противовес Людовику Баварскому, как опора папства; месяц спустя Карл вступил на чешский трон. В 1347 г. в Праге был основан университет. Расположение папы и императора немедленно придало этому учреждению особый блеск. Архиепископ Арнест занял пост канцлера, кафедры были заняты учеными схоластиками; студенты стекались со всех концов Европы, и вскоре этот университет соперничал по числу студентов и по своей известности с более старыми университетами Оксфорда, Парижа и Болоньи.

Чехия во вторую половину XIV в. была одним из самых свободных, просвещенных и богатых королевств Европы. Но и нигде духовенство не было так испорчено и не отличалось более светским характером; процветали все злоупотребления, которые только были возможны при неприкосновенности лиц духовного звания. В 1344 г. Климент VI обратился к Арнесту, в то время еще только пражскому епископу, с посланием, в котором обращал внимание прелата на чересчур частые злоупотребления и скандалы в его епархии. В те же годы и в Германии, и в Чехии Церковь постоянно подвергалась поборам со стороны курии для восполнения ее собственных расходов. И папам в этих условиях приходилось считаться с неудовольствием, порожденным поборами, а также с общим усилившимся убеждением, что именно продажная и испорченная римская курия стала очагом заразы для всей Европы.