В 1448 г. был разбит после трехдневной битвы Ян Гуниади (Янош Хуньяди) на знаменитом Косовом поле. В 1449 г. он заключил с Мурадом II мир, длившийся семь лет. Босния была включена в мирный договор, а затем его подписала и Сербия. Избавленному теперь от опасности иноземного вторжения Стефану Томашу было предложено торжественно в присутствии представителей папы обещать Яну Гуниади окончательно уничтожить ересь. Николай V приказал лесинскому епископу – легату в Боснии проповедовать крестовый поход. В начале 1451 г. лесинский епископ сообщал, что много вельмож выразило желание обратиться; король помогал францисканцам, которым дал много монастырей. Но один доминиканец из Рагузы утверждал, что в Боснии и Сербии так мало монахов и священников что население совершенно не знает Истинной веры. Николай послал этого доминиканца и несколько других его братьев миссионерами в Боснию в то самое время, когда отправлял в Албанию, Болгарию и Сербию францисканца с двойным титулом нунция и инквизитора.
Лишь только инквизиторы начали преследование, сорок вождей катарской Церкви со множеством людей бежали к Стесрану Вукшичу, который начал помышлять о нападении на католиков Рагузы; много других еретиков бежало в Сербию и к туркам, которых они умоляли о помощи, а оставшиеся дома готовились к упорному сопротивлению. Вспыхнула кровопролитная религиозная война, и Юрий Бранкович воспользовался обстоятельствами, чтобы возобновить воину, прерванную в 1449 г. Стефан Томаш должен был отказаться от преследования и просить помощи. Раздраженный слабостью Стефана, Ян Гуниади приказал ему заключить мир с Сербией. Гуниади обвинял Стефана в том, что он не держит слова и вместо того, чтобы уничтожить еретиков,, к великому соблазну христиан оказывает им поддержку.
Когда в мае 1453 г. Константинополь перешел в руки турок, Стефан Томаш поспешил послать посольство к Мухаммеду II с изъявлением покорности. Ввиду все более и более грозившего вторжения турок невозможно было вести преследования; тем не менее папы дали Стефану Томашу часть денег, собранных на крестовый поход. Катары были унижены и наказаны, насколько это было возможно при данных обстоятельствах; вскоре они образовали в стране опасную партию недовольных. В 1459 г. король подтверждает Пию II, что он энергично преследует еретиков, и просит прислать новых епископов. Одним из последних актов его царствования была отправка к папе епископа Ноны с тремя вельможами катарами – Юрием Кучиничем, Стойсавом Твертковичем и Радованом Виенценичем, выразившими желание обратиться. В 1461г., во время войны с хорватскими вельможами, Стефан был убит своим сыном Стефаном Томашевичем и своим братом Радивоем. Это отцеубийство дало Стефану Томашевичу терновую корону. На севере он имел врага в лице Матвея Корвина; на западе вел войну с Хорватией; на юге у него был врагом Стефан Вукшич; на востоке в Сербии, обращенной в турецкий пашалык, Мухаммед II только ждал удобного случая, чтобы подчинить себе и Боснию. Окруженная со всех сторон врагами, страна и внутри была беспокойна; она была полна явных и тайных катаров, исполненных жажды мщения и готовых позвать на помощь первого встречного. Единственная надежда нового короля была на помощь христианского мира. Чтобы заслужить ее, он деятельно старался укрепить в своих владениях католическую Церковь; но это только ускорило его падение. От Пия II он добился только того, что легату – аббату из Спалатро были даны инструкции собирать деньги и набирать крестоносцев. Он заключил союз с Матвеем Корвином, уплатив ему крупную сумму денег, отдал ему несколько замков, порвал все отношения с турками и прекратил уплату дани Мухаммеду II. Всеми этими поступками он отдалил от себя своих подданных катаров и навлек на себя гнев султана. Много изгнанных из Боснии катаров нашли убежище в землях, занятых мусульманами; другие, особенно вельможи, вынужденные притворяться обращенными, поддерживали постоянные сношения с турками, сообщали им все, что делалось, и готовы были во всякое время оказать им помощь. О заключении договора с Матвеем Корвином было немедленно сообщено Мухаммеду, который, чтобы проверить это известие, отправил посла потребовать дани. Король Стефан свел турецкого посла в свое казнохранилище, показал ему деньги и заявил, что не желает платить требуемой с него суммы, потому что она нужна ему для защиты против врагов или для жизни в изгнании, если судьба лишит его королевства.
В течение 1462 г. разгневанный Мухаммед был поглощен делами в Валахии и отложил мщение до будущего года. Рим не понимал опасности положения и продолжал неизменно настаивать на своем желании ввести единую веру. Во время этой короткой передышки Пий II послал в Боснию ученых монахов, которым как на лучшее средство уничтожения ереси указал на подъем образования. Мухаммед за зиму и весну 1463 г. собрал в Андрианополе сто пятьдесят тысяч человек. Чтобы усыпить бдительность Стефана, он согла-сился на перемирие с ним на пятнадцать лет; когда послы Стефана возвращались с известием, за ними в четырех днях пути шла турецкая армия. Турки нигде не встретили сопротивления, пока не дошли до хорошо укрепленного королевского замка в Бобовце, способного выдержать продолжительную осаду; но начальник замка, граф Радак, катар, которого некогда принудили перейти в католичество, сдался через три дня; когда изменник потребовал себе вознаграждения, то Мухаммед упрекнул его в вероломстве и приказал обезглавить. Сдача Бобовца навела страх на всю страну. Более уже не думали сопротивляться; оставалось выбирать между бегством и подчинением. Король бежал к хорватской границе. Мухаммед-паша следовал за ним по пятам, и Стефану Томашевичу пришлось направиться в Ключ, причем ему обещали сохранить жизнь и свободу; тем не менее он был обезглавлен после того, как дал всем начальникам городов и замков приказ сдаться. В течение недели более семидесяти городов перешли в руки турок, а около середины июля вся Босния находилась в их руках. Тогда Мухаммед направился к югу и захватил земли Стефана Вукшича, но катары мужественно отстояли горы Герцеговины, и в конце июня турецкая армия отступила, уводя с собой сто тысяч пленных и тридцать тысяч молодых людей, обреченных стать янычарами.
Таким образом, без сопротивления была завоевана Босния, покинутая христианским миром, который вмешивался в ее внутреннюю жизнь только для того, чтобы зажигать религиозную борьбу. Герцеговина еще отстаивала свою независимость в течение двадцати лет. Тот факт, что в 1463 г. Матвей Корвин отвоевал большую область, столь легко занятую врагом, показывает, что без большого труда можно было избегнуть этой катастрофы. Эта область оставалась христианской до 1526 г., когда было сломлено в битве под Могачем могущество Венгрии. В землях, перешедших в руки турок, катары почти все приняли ислам, и секта богомилов, более десяти столетий выдерживавшая упорную борьбу за свое существование, угасла. Христиане искали спасения в бегстве; и их выселение продолжалось беспрерывно до XVIII в. Но они бежали скорее от притеснения, чем от преследования, так как турки не мешали им свободно исповедовать свою веру. Когда ученик Джакомо делла Марка, блаженный Анджело из Вербозы, убеждал своих единоверцев покинуть страну, Мухаммед призвал его к себе и грозно спросил, почему они хотят уйти. «Мы хотим в другом месте свободно поклоняться Богу!» – ответил Анджело, и он так хорошо показал положение христиан, что Мухаммед запретил притеснять их и даже разрешил Анджело продолжать проповедовать. И с того времени францисканцы оставались там до последнего времени единственными защитниками христианства.
