Болгарский князь Асан перешел на сторону греков; поэтому все население Болгарии было объявлено еретическим и схизматическим, и Беле было предложено предпринять против этого князя крестовый поход. Это затруднение венгерского короля дало катарам Боснии возможность некоторое время жить спокойно. Спасло их от преследования вторжение татар в Венгрию в 1241 г., обратившее ее в пустыню: венгерская армия была уничтожена, король Бела с большим трудом спасся бегством, а сын его Коломан был убит. Однако в 1244 г. Бела снова захватил Боснию. Нинослав, снова ставший баном еще в 1240 г., заключил мир, и еретики подвергались преследованию вплоть до 1246 г.; когда же Венгрия начала войну с Австрией, то боснийцы поднялись и снова их вождем стал Нинослав.
В 1247 г. Иннокентий IV в одном документе упоминает, что для уничтожения ереси католики опустошили большую часть области, тысячи еретиков были уведены в плен, кровь лилась потоком. Иннокентий IV приказал Беле предпринять решительную борьбу против катар. Но Нинослав подал папе жалобу, в которой протестовал против подчинения его Церкви. Он писал, что после обращения прибегал к помощи еретиков только для сохранения независимости банства. Иннокентий IV внял жалобе и предписал епископу Калочи воздержаться от всякого нового преследования, он приказал произвести расследование о вере и поступках Нинослава и разрешил употребление глаголического письма и богослужение на славянском языке, думая этими поступками устранить одно из препятствий к распространению католичества. После смерти Нинослава, около 1250 г., вспыхнули гражданские войны, вызванные враждой между катарами и католиками. Преемником Нинослава был Приезда, обратившийся в 1233 г. и оставшийся с этого времени верным католичеству. Под предлогом поддержать Приезду Бела в 1254 г. снова подчинил себе Боснию. Хотя царствование Белы продолжалось до 1270 г., все его попытки уничтожить ересь кончились ничем.
Положение еще более осложнилось в 1272 г., когда на престол вступил внук Белы, Владислав IV Кумана (его мать, Елизавета, происходила из половцев-куман). Свое презрение к Святому Престолу он выразил тем, что приказал магистратам Буды не впускать в город ни одного прелата, сорвал созванный здесь легатом собор; легату пришлось удалиться. Рудольф Габсбургский и Карл Анжуйский в 1280 г. заставили Владислава принести повинную, принять и опубликовать папские статуты против ереси и принести клятву в том, что он энергично будет преследовать ересь. То же должна была сделать и мать его Елизавета. Большой успех папства стал еще заметнее в 1282 г., когда Владислав назначил правителем Боснии своего зятя, изгнанного сербского короля Стефана Драгутина. Драгутин, хотя и принадлежал к греческой Церкви, энергично преследовал катаров, а около 1290 г. сам перешел в католичество. Он послал в Рим епископа просить помощи для искоренения ереси. Николай IV в ответ послал к венгерскому королю Андрею III легата дли проповеди крестового похода и просил императора Рудольфа оказывать свое содействие. Папа приказал послать в Боснию двух монахов-францисканцев, знающих местный язык, проповедовать против еретиков. Эти миссионеры были одновременно и инквизиторами. В 1299 г. папа уполномочил градского архиепископа преследовать катаров. Двух инквизиторов должны были направить доминиканцы или францисканцы. В 1314 г., когда умер Стефан Драгутин, Босния была завоевана сыном бана Хорватии, Младеном Шубичем, и стала вполне независимой от Венгрии. Так как большинство подданных были катары, в поддержке которых он нуждался, серьезных попыток преследования еретиков не предпринималось. В Боснии не было католических священников, таинства не соблюдались; никто не причащался и во многих местностях не знали даже таинства крещения или понимали его неверно. Папа Иоанн XXII пытался в 1319 г. склонить Младена уничтожить катаризм, так как сам не располагал никакими средствами для водворения там католичества.
В 1323 г. Иоанн XXII сделал новую попытку одолеть ересь, послал инквизитора-францисканца и приказал королю Венгрии Карлу-Роберту и новому правителю Боснии Стефану Костроманичу поддержать его. Из-за раздоров францисканцев и доминиканцев инквизитор-францисканец только в 1330 г., поддерживаемый Карлом-Робертом и Стефаном, начал истребление катаров. Однако даже Далмация все еще оставалась полна еретиков. В 1335 г. папа Бенедикт XII приказал архиепископу Зары и епископам Трогиры и Цегны уничтожать еретиков и оказывать инквизиторам деятельную поддержку. Прелатам Далмации удалось добиться от магистратов Спалатро и Трогиры обнародования законов против ереси. Инквизиция существовала уже целый год, и, несмотря на это, преследование совершенно не было известно на берегах Адриатического моря, где катары множились под покровительством Стефана и его вельмож. Но в 1337 г. смертельный враг Стефана, граф Хорватии Нелинич, предложил свои услуги Бенедикту, который призвал всех баронов Хорватии стать под знамя графа и инквизитора. Между Боснией и Хорватией вспыхнула война. Положение Стефана стало опасным. На востоке Стефан Душан Великий, именовавший себя императором Сербии, Греции и Болгарии, был настроен враждебно ему после присоединения Герцеговины к Боснии. На севере Карл-Роберт готовился к войне. Правда, венецианцы, желая лишить Венгрию ее владений по Адриатическому морю, были готовы соединиться со Стефаном. Но Стефан счел за лучшее покориться. В 1339 г. Стефан объявил папскому легату в Венгрии, что он не против уничтожения катаров, но боится, что еретики в случае преследования признают Стефана Душана своим государем. Стефан готов начать преследования, если его поддержат папа и венгерский король. В 1340 г. Бенедикт обещал ему помощь всего католического мира и убедил его обратиться; многие вельможи последовали примеру бана. Легат послал в Боснию миссионеров и инквизиторов. Стефан честно сдержал свои обещания, и католическая Церковь начала возрождаться. В 1344 г. по просьбе Климента VI Стефан согласился в 1345 г. на возвращение епископа Макарска Валентина, лет двадцать тому назад изгнанного из своей епархии. В следующем году была основана в Дувно третья епископская кафедра. Тем не менее, когда в 1350 г. Душан Великий завоевал Боснию, многие из вельмож-катаров присоединились к нему.
Но в 1351 г. два Стефана заключили мир, а в 1353 г., незадолго до своей смерти, Стефан выдал свою единственную дочь Елизавету за короля-католика Людовика Венгерского, наследовавшего своему отцу Карлу-Роберту. Наследником Стефана Костроманича был его малолетний племянник Стефан Твертко, а регентшей стала мать, молодого бана Елена. При таких условиях недовольные и буйные вельможи-катары подняли волнения; этим воспользовался Людовик Венгерский, когда в 1355 г. смерть Душана Великого освободила его от опасного соперника. В 1350 г. доминиканцы получили от Иннокентия VI подтверждение грамот, которыми в 1327 г. Иоанн XXII уполномочивал их проповедовать крестовый поход против еретиков. Людовик захватил Герцеговину, как наследство своей жены Елизаветы, а затем низвел Стефана Твертко до роли вассала и заставил его принести присягу, что он уничтожит катаров. В 1360 г. Иннокентий VI предоставил епископу Боснии все права папского инквизитора и приказал поднять новый крестовый поход, который послужил для Людовика поводом к новому вторжению. Но в 1365 г. катары, выведенные из себя стараниями Твертко уничтожить их, изгнали из Боснии бана и его мать. Людовик дал изгнаннику войско. После упорной борьбы Твертко вернул себе власть, а его брат, Стефан Вук, стоявший на стороне мятежников, бежал в Рагузу и перешел в католичество. Позднее в 1368 г. этот же самый Вук просил покровительства у Урбана V, утверждая, что брат-еретик лишил его наследства за то, что он преследовал еретиков. Папа просил Людовика поддержать католика Вука и заставить Твертко отказаться от заблуждений. В 1368 г. Людовик Венгерский оружием при помощи монахов вернул в лоно Церкви тысячи еретиков и схизматиков. Но сам Людовик признал в 1372 г., что католицизм упрочился только в немногих местностях; в других местностях он существовал рядом с катаризмом, но большинство жителей были катары. Боснийцы упорно держались своей веры. Твертко подчинил себе большую часть Сербии, Хорватию и Далмацию, в 1376 г. принял титул короля. Он умер в 1391 г., и вельможи стали вполне независимыми при таких бессильных королях, как малолетней сын покойного Стефан Дабиша, а затем Стефан Остоя. Воевода Хрвое Вукшич, правивший северной частью Боснии, и его родственник Сандаль Гранич, повелитель южной части, оба были еретиками; король Стефан Остоя и вся его семья также исповедовали еретическую религию. Катаризм сделался государственной религией. Во главе еретиков стояли Дед и двенадцать Учителей; первый из них. Гость, обыкновенно был представителем и преемником Деда, порой назывался Старцем. Эти лица считались сановниками государства и иногда выступали в качестве официальных представителей власти; так, например, в 1404 г. Дед Радомир послал в Рагузу уполномоченных привести изгнанного воеводу Павла Клесича, катара; многие другие катары, также изгнанные, жили в Рагузе: даже на Адриатическом побережье преследование уже прекратилось. Несмотря на катаризм Хрвоя Вукшича, Владислав Неапольский назначил его герцогом Спалатро и повелителем нескольких далматских островов; благодаря этому катаризм стал господствовать на всем побережье. Во время беспорядков, вызвавших низложение Стефана Остои и избрание Стефана Твертко II, в 1404 г. состоялось «Собрание боснийских вельмож»; среди членов этого собрания упоминаются Дед и несколько Учителей, но не упоминается ни об одном католическом епископе. Отныне в Боснии установилась веротерпимость.
