28 июня 1347 г. папа приказал снять интердикт, оговорив, что, если деньги не будут уплачены вовремя, интердикт снова войдет в силу. Сумма, подлежащая уплате, была значительна. Доход Флоренции в эту эпоху не превышал трехсот тысяч флоринов, а Флоренция была одним из самых богатых государств Европы. Только одна Франция имела больший доход. Доход Неаполя был меньше, а эти три государства были самыми богатыми во всем христианском мире в XIV в.
В 1346 г. за растрату денег, причитающихся римской курии, делегат папского нунция во Флоренции аббат Николо возбудил дело против инквизитора брата Петра. Синьория тотчас же обвинила его и представила доказательства того, что брат Петр вымогал у некоторых граждан деньги, возбуждая против них ложные преследования по обвинению в ереси. Петр бежал, не желая подвергнуться неприятностям процесса. По истечении законного срока аббат Никколо, имевший полномочие от папы, объявил в 1347 г. брата Петра уклоняющимся от суда и мятежником и отлучил его от Церкви. В то время как Никколо тщетно вызывал Петра на суд, он был назначен 12 февраля 1347 г. епископом С.-Анджели де Ломбарди, а в ответ на отлучение был переведен 29 июня 1348 г. на лучшую кафедру в Тривенто.
Флорентийцы посылали одну за другой просьбы о выборе инквизиторов из числа граждан в надежде, что они будут вести себя скромнее иностранцев; в 1354 г. инквизитором Тосканы был назначен флорентиец. Но этого было, очевидно, недостаточно, и синьория в целях самозащиты обнародовала законы, чтобы сократить злоупотребления инквизиторов. Их обязали ограничить число своих вооруженных слуг шестью. Затем постановили, что ни один гражданин не может быть арестован без согласия подестата, который был обязан арестовывать всякого, указанного ему епископом. Эти мероприятия существенно ограничивали права инквизитора, у него отобрали его особую тюрьму и приказали заключать арестованных в общественную тюрьму; ему было запрещено накладывать денежные наказания; все осужденные, признанные им еретиками, должны быть сжигаемы. Все возраставшее неповиновение инквизиции выразилось еще в 1340 г. в Сиенне тем, что были приняты законы против некоторых злоупотреблений святого трибунала. Инквизитор обратился с жалобой к Бенедикту XI, который тотчас объявил эти законы недействительными и приказал вычеркнуть их из книги статутов. Еще в 1355 г. Иннокентий VI тщетно потребовал пересмотра статутов Флоренции. В 1372 г. была сделана попытка смещения крайне непопулярного тосканского инквизитора. Но Григорий XI заявил, что он ему полностью доверяет. В 1373 г. инквизитором Тосканы был вновь назначен брат Петр Липпо, занимавший этот пост в 1371 г. Служебная карьера Петра, неоднократно прерывавшаяся, продолжалась, по крайней мере, до 1384 г. Как и его предшественники, он не отступал перед сопротивлением, вызванным в свободных городах Италии процессами инквизиции. Пистойя последовала примеру Флоренции и попыталась оградить своих граждан муниципальными статутами. За это в 1375 г. на нее был наложен интердикт, и ее жители были отлучены от Церкви. Брат Петр также жаловался на Флоренцию, которая мешала свободе действий инквизиции. Григорий приказал в том же 1375 г. синьории отменить статуты, противоречащие инквизиции. Флоренция не обратила на этот указ никакого внимания; городские жители разрушили инквизиторскую тюрьму и изгнали инквизитора из города. В ответ Григорий 31 марта 1376 г. не только наложил на город интердикт и отлучил его от Церкви, но исключил также граждан из числа христиан; имущество их, где бы оно ни было, подлежало конфискации, а они сами – отдаче в рабство. По всему христианскому миру хватали флорентийские товары, и купцы могли считать себя счастливыми, если им удавалось добраться домой живыми, питаясь дорогой Христовым именем. Некоторые монархи, подобные должнику флорентийских банкиров – английскому королю Эдуарду III, обратили их в рабство. Флоренция была вынуждена смириться. В силу условий мирного договора, заключенного с папой 28 июля 1378 г., Республика соглашалась отменить все законы, ограничивавшие власть инквизиции и стеснявшие свободу Церкви. Но запрещенное законодательство почти целиком вошло в кодекс, пересмотренный в 1415 г., во время Великого Раскола.
Во время Великого Раскола в Центральной Италии служители папского престола не имели никакой власти, чтобы заставить повиноваться, хотя Пизанская инквизиция, ободренная собравшимся в этом городе в 1409 г. собором приговорила одного человека к костру за постоянные открытые хулы и оскорбления святого трибунала. Когда на Констанцском соборе был положен конец Расколу, Мартин V в булле от 14 ноября 1418 г. заявляет, что еретики-фратичелли, когда инквизиторы пытаются применить к ним свою власть, требуют суда какого-нибудь светского сеньора, грозят своим преследователям, так что инквизиторы не смеют более исполнять своих обязанностей. Для устранения этого зла Мартин стал заменять официальных инквизиторов лицами, специально уполномоченными, например, в 1424 г. Мартин послал во Флоренцию профессора богословия и одного доминиканца судить трех фратичелли.
В Риме, когда появился настоящий ересиарх, не оказалось инквизиции, которая могла бы вести дело. В процессе Лютера не видно участия инквизиции. В булле от 15 июня 1520 г. не говорится ни слова о том, что учение Лютера было рассмотрено святым трибуналом; когда 21 июня 1521 г. это учение было публично осуждено, то церемонию совершал епископ Асколи; приговор, осуждавший на сожжение изображения и книги еретика, был произнесен профессором богословского коллегиума. Это было, возможно, самое важное из всех аутодафе, но инквизиция не приняла в нем участия.
В Неаполитанском королевстве инквизиция влачила печальное существование. Из грамот короля Роберта от 1334 и 1335 гг. и Иоанны от 1342 и 1343 гг. видно, что назначение инквизиторов еще продолжалось. Но никто из них не мог произвести более пятидесяти арестов, и приговоры объявлялись королевскими судами. У инквизиторов не было тюрем, и арестованные передавались королевским чиновникам, которые, по требованию святого трибунала подвергали их пытке. Деятельность инквизиции была главным образом направлена против евреев; впрочем, эта деятельность была слабая, так как в 1344 г. Климент VI приказывает своему легату в Неаполе строго карать всех евреев-вероотступников, как будто в этом городе не было инквизиции. Когда началось преследование фратичелли, Урбан V послал в Неаполь в 1368 г. специального инквизитора. Юрисдикция его простиралась и на Сицилию. Однако Григорий IX в 1372 г. приказал положить там конец этой ереси прелатам, как будто не было инквизитора. Но уже в 1373 г. Фридрих III приказал всем королевским чиновникам оказывать содействие инквизитору и его служителям. В 1375 г. Григорий потребовал у короля выдачи конфискованных имуществ на уничтожение ереси. Королевские грамоты 1415-1446 гг. показывают, что инквизиция продолжала еще существовать, но все приговоры должны были передаваться вице-королю, который раньше, чем утвердить арест, должен был представить дело королевскому судье.
Однако существовало еще некоторое подобие инквизиции: в следующем, 1428 г., Мартин V утвердил полномочия монаха, назначенного инквизитором в Беневент, Бари и Капитанате. Те немногие жизненные силы, которые остались у инквизиции, были еще более ослаблены в 1442 г., когда корона Неаполя перешла к Арагонскому дому. Арагонские короли редко допускали инквизиторов; когда же они разрешали святому трибуналу действовать, то всегда требовали, чтобы инквизиторы давали им подробные отчеты обо всяком своем шаге и чтобы решение выносилось совместно с гражданскими судьями и утверждалось королем.
В Сицилии инквизиция возродилась в 1451 г. с новой силой. Инквизитор Палермо сделал подлог, составив подробный указ от имени давно умершего императора Фридриха II. Этот акт, помеченный 1224 г., приказывал всем своим сицилийским подданным оказывать помощь и поддержку инквизиторам и предписывал конфискации, которые распределялись равномерно между фиском, инквизицией и Святым Престолом. Кроме того, евреи и неверные обязывались доставлять раз в год инквизиторам и их слугам все необходимое для содержания людей и вьючных животных. Подложность этого документа бросалась в глаза, не говоря уже о крупной ошибке в годе царствования, которым он был помечен; но Энрико удалось получить от короля Альфонса подтверждение этого документа, который был вторично подтвержден в 1477 г. Фердинандом Католиком и Изабеллой. Права, предоставляемые инквизитору, были очень широки и давали инквизиции полную силу, хотя приговоры ее и подлежали по-старому утверждению светской власти.