Целые поколения жили мирно, так что казалось, никогда более не вспыхнет борьба. Конечная судьба этих несчастных относится к эпохе Возрождения и к началу XVII в. Жестокая борьба против вальденцев в Савойе поддерживала деятельность святого трибунала. В Ломбардии инквизиция в 1318 г. проявила большую энергию в преследовании еретиков-лоллардов. Весьма возможно, что это были вальденцы, так как они, когда не могли более скрываться, бежали в Чехию, бросив жен с грудными детьми. Женщины были сожжены, а детей раздали добрым католикам, чтобы они воспитали их в истинной вере. В 1344 г. в Ломбардии было большое народное волнение. Современники утверждали, что много невинных пало жертвой инквизиции; даже императорский наместник просил Климента VI назначить расследование злоупотреблений инквизиторов. Эти случаи вызвали в 1346 г. убийство в Миланской провинции францисканца-инквизитора, известного своими преследованиями. В статутах миланских герцогов с 1343 по 1495 г. не упоминается ни об инквизиции, ни о наказании еретиков; но герцогский указ от 1388 г. предоставляет гражданских чиновников в распоряжение святого трибунала, однако для применения пытки, строгого тюремного заключения и вынесения окончательного приговора требовалось согласие епископа. Этот указ грозит наказанием инквизиторам, если они будут пользоваться своей властью для вымогательства денег и удовлетворения личной ненависти; инквизиторам строго предписывалось не злоупотреблять правом иметь вооруженных слуг и не увеличивать их числа без особой нужды. В эту эпоху политические страсти мешали работе инквизиции: например, один францисканец, около 1360 г. обвиненный в ереси инквизитором Пьяченцы, объявил, что единственной причиной его преследования было то, что он – гибеллин, и вызвал таким образом восстание в этом городе, где отношения партий были обострены, а сам, воспользовавшись этим, ускользнул от преследования.
Назначение инквизиторов продолжалось, и они, насколько могли, исполняли свои обязанности. Мартин V в 1417 г. назначил францисканца-обсервантина специальным инквизитором против еретиков Мантуи. С этого времени, когда необходимо было энергичнее действовать против ереси, уже не рассчитывали на обычный инквизиционный суд и назначали особыми декретами специальных инквизиторов. Вследствие потери инквизицией былого влияния в 1459 г. был публично поднят вопрос о действительности булл Иннокентия IV и Александра IV, разрешавших инквизиторам проповедовать крестовые походы против еретиков и преследовать как еретиков отдельные лица и целые общины по обвинению в обструкции; потребовалось новое подтверждение их со стороны Каликста III.
Доказательством падения авторитета ломбардской инквизиции является сделанное в 1515 г. Львом X заявление при назначении доминиканца инквизитором Брешии о том, что в течение десяти лет этот пост занимали иностранцы, не знающие местных законов и обычаев, и что граждане Брешии просили папу исправить эту ошибку. В эпоху процветания инквизиции инквизитор сам составлял законы для городов; если эти законы мешали его деятельности, то он или не считался с ними, или отменял их. В Венеции инквизиции никогда не удавалось освободиться от надзора и вмешательства светской власти. В 1356 г. тревизский инквизитор подверг тюремному заключению за вероотступничество много евреев, обращенных в христианство. Однако светские власти вмешались, запретили ему разбирать это дело, схватили его слуг и подвергли их пытке, обвиняя в вымогательстве денег у арестованных. Эти действия властей вызвали негодование Иннокентия IV. Но Республика стояла твердо. И раньше светская власть мешала действиям инквизиции, случалось, что синьория не обращала совершенно никакого внимания на инквизицию. Так, например, в 1365 г. Великий Совет рассматривал дело о хуле на Божью Матерь. Совет постановил передать обвиняемого на суд кастельского епископа и изгнать его, если его виновность будет установлена; таким образом, светская власть определяла наказание и признавала только епископскую юрисдикцию.
В 1373 г. Венеция получила особого инквизитора. Значение венецианского инквизитора было, однако, сведено до минимума; на него смотрели как на простого чиновника гражданской администрации. 17 апреля 1412 г. Великий Совет приказал изгнать греческого священника Михаила, богослужения которого привлекали массу богомольцев, но вести это дело так, чтобы никто не подозревал вмешательства Совета. Спустя месяц, 26 мая, приказ об изгнании был отменен, и сохранило силу только распоряжение об отстранении от должности священника. Во всем, что касалось личного его ведения, с инквизитором не считались. В 1422 г. Совет Десяти назначил особую комиссию для исследования виновности нескольких францисканцев, обвиненных в жертвоприношениях демонам. Месяцем позднее эта светская власть просила у Мартина V полномочия начать процесс по вопросу о неприкосновенности, которой пользовались нищенствующие. В следующем (1423) году Сенат выключил из государственной сметы статью на покрытие расходов инквизиции, так как считал ее бесполезной. Возможно, поэтому на Венецианскую и Тревизскую области в 1433 г. был назначен один инквизитор.
В 1450 г. Советом Десяти было установлено определенное число вооруженных слуг инквизитора. Сначала их было четыре, но в 1451 г. – двенадцать. То, что столь ограниченное число слуг оказывалось достаточным на обширный и густо населенный округ, показывает, что обязанности инквизитора были весьма ограничены и государство следило за ним; тем не менее продолжали назначать инквизиторов, хотя они и не могли действовать самостоятельно; в деле о колдуньях 1521 г. даже вмешательство самого Льва X не могло заставить синьорию отказаться от вынесения окончательного решения.
В 1494 г. один инквизитор Мантуи за неимением еретиков направил свою энергию против ссудных касс и всех граждан, заинтересованных в них. Ссудные кассы были основаны для поддержки бедных, находившихся до того во власти у еретиков и евреев.
В Тоскане торжество католичества было полное. В 1304 г. один из монахов в проповеди заявил, что ересь здесь полностью уничтожена; осталось только несколько отдельных еретиков, вынужденных скрываться. Но инквизиция была ценным орудием для римской курии при преследовании ею своих целей, не имевших ничего общего с вопросом о чистоте веры.
Кардинал де Санта Сабина во время своих посещений различных европейских дворов в качестве папского легата собрал большие суммы денег, которые были внесены на имя кардинала в крупный флорентийский банк братьев Аччьяюоли. Принимая деньги, администраторы банка обязались уплатить их, предоставляя решение всякого спора суду папской курии. В 1343 г. на счету кардинала было около двенадцати тысяч флоринов, которые банк не был в состоянии уплатить ему; город переживал торговый и финансовый кризис. Ломбардская война истощила государственное казначейство, и банкротство было общее. 9 октября 1343 г. Климент VI потребовал, чтобы синьория Флоренции заставила Аччьяюоли выдать кардиналу его деньги; при данных обстоятельствах это было невозможно, но курия приказала подвергнуть должников аресту. Инквизитору было приказано вынести приговор, причем ему разрешалось прибегнуть к помощи светской власти и наложить интердикт на город. 23 ноября 1345 г. инквизитор брат Петр ди Аквила приказал высшим сановникам города заключить должников в тюрьму и держать их там до тех пор, пока они не уплатят все полностью, и пригрозил в случае неповиновения отлучением от Церкви и интердиктом. Магистрат ответил, что он готов оказать помощь. У Аччьяюоли взяли все, что могли, и передали брату Петру, поручившись в уплате остальной суммы; но инквизитор хотел сделать весь город ответственным за долги отдельных граждан и нарушил закон Республики, приказав арестовать одного из директоров несостоятельного банка. Трое слуг инквизитора, исполнивших его приказание, были изгнаны согласно закону из города, причем им отрезали правые руки. Несмотря на все это, несостоятельные должники не платили денег. Тогда брат Петр наложил на город интердикт, но местное духовенство и население отказались повиноваться, так как Бонифаций VIII официально запретил прибегать к этой незаконной мере с целью взыскания долгов, и это папское распоряжение не было отменено. Церкви были по-прежнему открыты, и в них совершались службы, что вызвало новые преследования уже против епископа и священников. Интердикт ставил их вне закона флорентийских купцов. Ввиду этого приоры города 14 июня 1346 г. послали к папе комиссаров, уполномоченных дать от имени Республики обязательство уплатить кардиналу в восьмимесячный срок долги банка в размере семи тысяч флоринов.