Ересь, лишенная всякого покровительства, была постепенно совершенно уничтожена, и инквизиция прочно основала свое могущество во всей стране. В областях, бывших некогда гибеллинскими, ни один человек, как бы ни было чисто его католичество, не мог считать себя безопасным от преследования; достаточно было дурно отозваться о деятельности инквизиторов или иметь состояние, которое обратило бы на себя их внимание. В захваченных владениях Эццелино инквизиция преследовала еретиков и конфисковала их имущество. Когда современники Эццелина перемерли, стали возбуждать дела против мертвых и лишать наследников состояния.
В 1277 г. брат Коррадо Пагано предпринял поход против еретиков Вальтелино. Однако один из самых могущественных вельмож области Коррадо да Веноста быстро прекратил поход, убив 26 декабря инквизитора и перерезав всех его спутников. Пагано был одним из самых ревностных преследователей ереси. В ноябре 1279 г. подестату Бергамо удалось захватить Коррадо и его сторонников. Он тотчас же приказал препроводить их под усиленным конвоем к инквизиторам, которым было приказано наказать преступников так, чтобы навести страх на всякого, кто захотел бы им подражать, а всем владетельным лицам Ломбардии было предписано озаботиться, чтобы арестованные были доставлены в целости.
В Парме брат Флорио сжег много еретиков. В 1279 г. он осудил одну женщину рецидивистку; она была выдана светским властям и сожжена. Жители Пармы осадили доминиканский монастырь, уничтожили дела инквизиции и так грубо обошлись с монахами, что один из них через несколько дней умер. Кардинал-легат Остии отлучил город от Церкви. Этот интердикт был снят только в 1282 г., но и тогда виновные не были наказаны. В 1285 г. Гонорий IV потребовал, чтобы жители Пармы выслали к нему в месячный срок делегатов, уполномоченных выслушать папское решение. В 1287 г. граждане, восстановленные в своих правах, подали просьбу о возвращении к ним доминиканцев. В других местностях инквизиция и инквизиционный процесс также вызывали настолько серьезную оппозицию, что провинциальный собор в Милане в 1287 г. постановил, чтобы всякий член городского управления в разных городах провинций, который будет открыто оказывать покровительство ереси, был причислен к подозреваемым в ереси и лишен всех средств и бенефиций, исходящих от Церкви. Даже в самой папской области сопротивление не было совершенно подавлено: в 1254 г. Иннокентий IV побуждал инквизиторов городов Орвието и Ананьи действовать более энергично. В 1258 г. Александр IV обеспокоился ростом ереси в самом Риме и требовал усиления деятельности от инквизиторов и более энергичной помощи от епископов. Но даже спустя двадцать лет один рыцарь в своем замке близ Ананьи скрывал еретиков. Инквизитор римской провинции неоднократно, но безуспешно пытался начать преследование мятежников. В 1278 г. Николай III послал своего нотариуса с полномочием дать прощение в случае изъявления покорности. Но еретики держались твердо, и папа приказал маршалу Церкви в Тоскане оказать инквизитору вооруженную помощь. В 1265 г. население Витербо поднялось против инквизиции и было приведено к покорности после кровопролитного сражения. В 1279 г. Николай, в свое время в качестве генерал-инквизитора уничтожавший здесь ересь, жаловался, что еретики постоянно находили убежище в городе и все население было заражено; поэтому инквизитору было приказано отправиться в Витербо и произвести там широкое расследование.
Открытые проявления ереси были подавлены легко после того, как не стало вождей-гибеллинов, покровительствовавших еретикам, но все же ересь продолжала существовать тайно и даже процветала. Следствие против памяти Арманно Понджилупо Феррарского свидетельствует не только о деятельности и успехах инквизиции в Ферраре, но и об упорстве еретиков в Виченце, Бергамо, Римини. В Вероне была сожжена в 1270 г. статс-дама маркизы д'Эсте и открыты два катарских епископа. Дело Арманно Понджилупо показывает, какие затруднения встречали инквизиторы при раскрытии ереси, скрывавшейся под маской католичества. В Ферраре в 1254 г. он был схвачен и заключен в тюрьму; после сознания и отречения он был выпущен на свободу, получил от своего катарского епископа разрешение за свое отречение и снова был принят в секту. С этого времени до самой своей смерти (в 1269 г.) он распространял катарское учение. Между тем, он вел себя как самый строгий католик. Умер он, окруженный ореолом святости и был погребен в кафедральном соборе. Народ почитал его как святого. Город деятельно хлопотал о его канонизации, но инквизиция выступила против. В собранных святым трибуналом сознаниях имя Арманно встречалось постоянно как одного из самых деятельных и убежденных еретиков. Спор о том, еретик он или святой, продолжался до 1301 г. Тогда назначенная в 1300 г. папой Бонифацием VIII комиссия вынесла окончательное решение: Арманно умер еретиком-рецидивистом; кости его должны быть вырыты и сожжены; все движимое и недвижимое имущество Арманно должно быть конфисковано в пользу инквизиции, причем были признаны не имеющими значения все продажи и уступки этого имущества, происшедшие в течение тридцати двух лет, протекших со дня его смерти. Это дело не было единственным: в Брешии долгое время почитался в народе святым ересиарх, но инквизиция доказала ошибку и приказала вырыть и сжечь его кости.
В 1289 г. Николай IV предавал еретиков анафеме и побуждал к более энергичной деятельности Инквизиторов Генуи, Ломбардии, Романии, Неаполя и Сицилии. Не оставляли в покое и мертвых: Герардо Флорентийский умер до 1250 г., а преследование против него было возбуждено только в 1313 г. Его многочисленные дети и внуки все были хорошими католиками, тем не менее они все были лишены наследства и ограничены в правах.
Много преследуемых бежало в Сардинию, но в 1285 г. остров был присоединен к Тосканской инквизиционной области, и инквизиторы явились туда за еретиками. В Неаполе смешанное население – сарацины и норманны – дало много последователей еретических учений. В 1235 г. было совершено нападение на доминиканский монастырь в Неаполе, Григорий IX приписал это друзьям еретиков. Хотя Фридрих II часто бывал вынужден в силу политических соображений издавать жестокие указы о преследовании и иногда применять их, но сам он не был настолько убежденным католиком, чтобы неустанно преследовать еретиков. Походы, предпринимавшиеся периодически, как, например, в 1231 г. под покровительством архиепископа Реджио, или нечто в роде светской инквизиции, учрежденной этим же прелатом в 1233 г., не были продолжительны. Катары, изгнанные из Лангедока, могли найти себе убежище не только в Ломбардии, но и в Калабрии и Абруццо. Наследник Фридриха II Манфред изгнал из своих владений тулузского епископа катаров и его учеников из Апулии, но иных репрессий он не проводил.
Карл Анжуйский, захватив королевство, приступил к введению инквизиции с 1269 г.; он заботился о вознаграждении и о расходах инквизиторов, настойчиво требовал, чтобы гражданские чиновники оказывали им помощь; каждый инквизитор получал указ, предоставлявший в его распоряжение все силы государства, и в Неаполитанской инквизиции не имелось недостатка в инквизиторах. Большинство этих инквизиторов было из доминиканцев; но один являлся францисканцем. В их распоряжение были отданы королевские тюрьмы, было приказано подвергать арестованных пытке по требованию инквизиторов. Подобный порядок существовал до 1305 г. Карл сам предпринимал походы против еретиков. Так 13 декабря 1269 г. он послал в Абруццо, где уже действовал инквизитор, рыцаря разыскивать и хватать еретиков и их соумышленников. Всем чиновникам было приказано оказывать ему всякое содействие. В августе 1269 г. Карл приказал схватить семьдесят восемь еретиков, открытых инквизитором, а 14 марта 1270 г. три еретика были сожжены в Беневенте. С 1269 г. инквизиторы Лангедока посылали в Неаполь своих агентов, уполномоченных преследовать бежавших туда еретиков; Карл приказал оказывать им помощь.
Однако относительная слабость Неаполитанской инквизиции привела к переселению вальденцев из Савойи на юг Италии в 1315 г. под предводительством одного знатного миланца. Им даже были заранее обеспечены некоторые льготы и предоставлены местности для поселения. Возникли деревни в Калабрии и в Апулии, которые регулярно посещались вальденскими священниками-миссионерами. Перейдя в 1282 г. в руки Петра III Арагонского, Сицилия проявляла крайне враждебное отношение к Святому Престолу, и поэтому здесь не было преследования. Папа Мартин V, приказывая в 1285 г. проповедовать крестовый поход против Петра III, ссылается на постоянный рост ереси на острове и на нежелание короля допускать сюда инквизиторов. В 1304 г. Бенедикт XI приказывал королю Фридриху принять инквизиторов, посланных в Сицилию, и оказывать им во всем содействие; однако папа не дал острову самостоятельного трибунала, а распространил на него юрисдикцию святого трибунала материка. Но инквизиция в Сицилии существовала только номинально, кроме времени борьбы с тамплиерами. Долго остров был безопасным убежищем для гонимых фратичелли. Много помог этой терпимости Арнальдо де Вилланова своими характеристиками королю Фридриху современных инквизиторов. Эти монахи, торгующие своим могуществом, были, по его словам, и дьявольским бичом; они в не думают трудиться над укреплением веры, скорее они плодят неверующих, всюду проявляя только злобу, хищность, лихоимство, и никто не думает осуждать или обуздывать их. В 1328 г. архиепископ Палермо арестовал одного фратичелли; сейчас же была послана жалоба Фридриху, а Иоанн XXII писал архиепископу, побуждая его уничтожить ересь, так как в это время инквизиция на острове бездействовала.
