Венецианская республика всегда сохраняла свою автономию. Хотя она и составляла часть Тревизской Марки до ХIII в., крупной континентальной державой Венеция стала только в 1339 г. после приобретения Тревизо. В 1406 г. к ней присоединилась Падуя, затем Верона, Виченца, Фельтре, Беллуна и Брешия; в 1448 г. республика отняла Бергамо у миланских герцогов. Поэтому в отношении инквизиции венецианская политика имела влияние на всю Тревизскую Марку и даже на значительную часть Ломбардии. Эта политика подозрительно относилась ко всему, что могло дать папству предлог вмешаться во внутренние и во внешние дела синьории. Венеция не приняла участия в борьбе гвельфов и гибеллинов, и на нее не распространилось действие анафемы, произнесенной против Эццелино. Она была базою для крестового похода, предпринятого против этого подестата. Тем не менее республика не выразила готовности принять участие в уничтожении ереси, начатом Григорием IX и его преемниками. Статуты Фридриха II никогда не были внесены в кодекс синьории. В присяге на верность республике дожа (пожизненно избираемого главы Венеции) Джакопо Тиеполи в 1219 г. и в уголовном кодексе, изданном этим же дожем в 1232 г., нет упоминания о ереси и об уничтожении еретиков.
Правда, и здесь признали необходимым наказывать за ересь, но светские власти желали иметь в своих руках как светский, так и духовный суд. В присяге, принесенной в 1249 г. дожем Марино Морозини, имеется обещание назначить для розыска еретиков нескольких католиков, слывших людьми почтенными и рассудительными. Но все еретики должны быть выдаваемы архиепископу Градо или епископам венецианской области и не быть присуждаемы к костру без согласия Совета или большинства его членов. Это совсем не удовлетворяло пап. Буллою от 2 июня 1251 г. Иннокентий IV приказал двум инквизиторам отправиться в Венецию и начать там преследование еретиков. Но известно, что монахи не достигли ничего. В документе, помеченном 1256 г., сохранилась присяга преследовать еретиков и выдавать их не духовным судам, а дожу и магистратам; эта присяга была потребована от инквизиторов из белого духовенства, назначенных в 1249 г. В этом же документе есть оговорка, что смертная казнь, предусмотренная в 1249 г., уже отменена. Катары и ростовщики судились одинаково; наказание не было смертным, осужденный иностранец изгоняется из Венеции, но гражданин не должен быть изгнан. Смертная казнь была установлена позднее, около 1275 г.
Так как инквизиция становилась все более настойчивой по всей Ломбардии и в Марках, то преследуемые еретики искали себе убежища на венецианской территории, где надзор был менее строг. Напрасно около 1286 г. Гонорий IV посылал тревизского инквизитора потребовать от Республики внесения в ее законы постановления Фридриха II и пап против еретиков. Республика упорно отказывалась повиноваться. Наконец в 1288 г. папа Николай IV послал синьории приказ принять императорские и папские законы и потребовать от дожа присяги в том, что он будет содействовать тревизскому инквизитору. В случае неповиновения папа грозил городу духовными и светскими карами.
Республика решительно отказалась внести в свои статуты законы пап и императора, но 4 августа 1289 г. она приказала дожу Джованни Дандоло оказывать содействие инквизитору по первому его требованию, не испрашивая на то особого разрешения Совета. Было оговорено, что все штрафы и конфискации будут поступать в пользу Республики, которая взамен этого принимает на себя все расходы святого трибунала. Кроме издержек по аресту и содержанию еретиков, инквизитор еще получал ежемесячное жалование. Этот компромисс был принят 28 августа 1288 г. Николаем IV и включен в формулу присяги, которую принес следующий дож, Петр Градениго. Благодаря этому порядку инквизитору представлялась полная свобода уничтожать ересь, но в то же время он не мог злоупотреблять своей властью для вымогательства денег, а государство, оставляя за собою всю финансовую сторону дела, могло иметь за ним наблюдение.
Инквизиторы заявляли, что папские и императорские законы не исполняются и что они, ввиду их зависимости в денежном отношении от государства, не могут иметь при розыске и арестах еретиков достаточного числа людей, и поэтому ересь продолжает процветать в землях Венецианской республики. Николай IV просил дожа Петра Градениго изменить порядок. Но дож не внял его просьбе, а синьория не находила нужным уничтожать должность светских инквизиторов, установленную законодательством в 1249 г. В 1301 г. тревизский инквизитор решил положить этому конец. Он объявил трем ассистентам (коллегия из трех должностных лиц, выполнявших обязанности светских инквизиторов), что их начальником является только он один. Так как они не обратили внимания на его слова, то он отправился в Венецию и потребовал от дожа Градениго под угрозой отлучения от Церкви принести присягу на выполнение всех папских законов против ереси. Градениго отказался, заявив, что это было бы нарушением его присяги на верность конституции. Инквизитор взял свою угрозу обратно. Трое ассистентов продолжали по-прежнему отправлять свои обязанности. Их стали избирать из сенаторов, и они вели вместе с инквизитором все дела, подлежащие юрисдикции святого трибунала. По мере того как Венеция расширяла свои владения на континенте, эти обязанности во всех городах, подчиненных республике, исполняли губернаторы. К их помощи во всех делах по преследованию ереси обращался не только инквизитор, но и епископы.
Долгое и неумолимое преследование мало-помалу уничтожило секту катаров, которая в первой половине XIII в. казалась настолько сильной, что почти могла спорить с Римом за обладание Италией. Изгнанные из равнин Ломбардии и Центральной Италии, катары удалились в места менее доступные. В 1340 г. они были на Корсике; генерал францисканского ордена послал туда монахов, которым удалось на некоторое время уничтожить еретиков. В 1369 г. против них вели ожесточенную кампанию францисканцы. Преследуемые укрывались в лесах и горах; чтобы покорить их, устроили целую линию духовных крепостей под видом францисканских монастырей. На континенте катары, несмотря на бдительность инквизиции, продолжали существовать в Пьемонте. В 1388 г. удалось захватить одного из наиболее деятельных членов секты. В присутствии инквизитора и туринского епископа после повторной пытки еретик подтвердил существование в данной местности многочисленных колоний. Среди еретиков было много членов знатных фамилий. Катары поддерживали постоянные сношения с главным центром ереси в Боснии.
В 1388 г. два катара были сожжены в Турине. Катаризм быстро вымирал. Последнее достоверное известие о существовании его к западу от Адриатики относится к 1403 г., когда было открыто и мирно обращено много катаров, живших среди вальденцев. Остатки катаризма сохранялись еще среди вальденцев долины Савойи до 1451 г. Вальденцы Италии жили в мало доступных горах Пьемонта. Оттуда выходили эмигранты и даже целые колонии благодаря преследованию и вследствие недостатка средств к существованию увеличивавшегося населения. Благодаря более мягкому климату Неаполя и сравнительной снисходительности неаполитанской инквизиции, южные колонии сделались для секты главным центром, с которым еретики, поддерживали постоянные сношения. В 1387 г. их высшее духовное лицо жило в Апулии, и вождями вальденской общины в Пьемонте были два апулийца; и еще столетие после этого общины Коттийских Альп считали Южную Италию центром их Церкви. В 1292 г. были начаты преследования в Валь Пероза, и в 1312 г. много не раскаявшихся еретиков было сожжено в этих долинах. Но и в 1382 г. вальденская церковь Туринской епархии была в расцвете. Туринский инквизитор, попытавшийся ввести репрессии, вызвал вооруженное восстание. В Ангронье жители убили приходского священника, подозреваемого в доносе. Самому инквизитору пришлось выдержать осаду в замке, куда он с трудом скрылся. Однажды в руки провансальского инквизитора попал глава вальденцев. Папа приказал инквизитору выдать пленника туринскому инквизитору, чтобы под пыткой получить от вальденца указания для розыска и захвата других еретиков. Преследование шло своим чередом. По настоянию пьемонтского инквизитора в 1354 г. пьемонтский князь приказал графам Лузерны арестовать вальденцев в Лузерне и в соседних долинах. В 1363 и 1364 гг. Урбан IV сделал новую попытку привести еретиков к послушанию. Марсельский инквизитор напал на мятежников с запада, туринские инквизитор и епископ действовали на востоке. Амедею Савойскому предложили соединиться с сенешалем Прованса. Результатом этого соединенного нападения была масса арестов и процессов. Эти преследования заставили многих вальденцев принять участие в Савойской жакерии 1365 г., которая была жестоко подавлена.
