В течение двух лет выходили одна за другой буллы, приказывавшие всем прелатам и инквизиторам Проповедовать святую войну против еретиков Ломбардии, раздавая всевозможные индульгенции. Одной из этих булл обещалось прощение владельцам когда-либо раньше незаконно приобретенных земель, при условии, что цена за них будет внесена как контрибуция на покрытие расходов крестового похода. Другая булла предписывала, что всякий отдельный человек или всякая община, которые не придут на помощь крестовому походу, будут преследуемы инквизиторами как соумышленники ереси. 9 апреля 1254 г. Эццелино вновь был вызван явиться лично в день Вознесения (21 мая). Если же он не явится и по этому вызову, то будет объявлен открытым еретиком, и с ним поступят как с таковым. Завоевание Неаполя и смерть Иннокентия IV задержали крестовый поход. Только в июле 1266 г. войска выступили из Венеции. Была взята Падуя, оплот Эццелино; город в течение семи дней был отдан на разграбление. Но крестовый поход тянулся медленно, несмотря на все буллы, дававшие вечное спасение его участникам. Наконец, в 1258 г. легат потерпел окончательное поражение в Брешии и был взят в плен. Брешия перешла в руки Эццелино. Вожди ломбардских гибеллинов, Гумберт Паллавичино и Буозо ди Довара, сеньоры Кремоны, были союзниками Эццелино; они помогали ему при взятии Брешии. Не поделив с ним добычу, 11 июня 1259 г. они заключили против Эццелино союз с миланцами и с Аццо д'Эсте, вождем ломбардских гвельфов. Эццелино располагал значительной армией и рассчитывал захватить Милан, где у него было много сильных сторонников; но Гумберт, Буозо и Аццо напали на него по дороге в Милан, искусной атакой обратили в бегство его армию и взяли тяжело раненого Эццелино в плен. Через несколько дней он умер. Брат Эццелино, Альберико, со всей семьей попал в плен. У него на глазах сожгли живыми его жену и дочерей, убили его сыновей. Затем его самого разрубили на части.
После тридцатилетних бесплодных усилий Тревизская Марка открылась для инквизиции. Но Гумберт, Буозо, кремонцы, изменив Эццелино, преследовали свои цели, не устраивавшие папу. Гумберт добился в 1260 г. избрания подестатом Милана. Тщетно Райнерио Сакконе старался помешать этому, заявляя, что на Гумберта падает сильное подозрение в ереси, Но миланцы изгнали инквизитора из города.
Гумберт был в это время самым сильным лицом в Ломбардии; повсюду, где распространялось его влияние, он запрещал инквизиторам выполнять их обязанности. Под его защитой еретики чувствовали себя в безопасности и толпами стекались со всех других местностей Ломбардии, из Лангедока и Прованса. Одним из доверенных подестата был некто Беренже, осужденный за ересь. Папа Александр 9 декабря 1260 г. приказал инквизиторам Ломбардии вызвать Гумберта явиться в двухмесячный срок на папский суд, причем ему должны были выдать охранный лист только на дорогу в Рим, а не на оба конца пути; если Гумберт докажет свою невинность, то ему будет разрешено принести присягу в том, что он обещает повиноваться приказаниям папы. Если же он не явится, то против него будет возбужден инквизиционный процесс.
Гумберт, однако, продолжал укреплять свое положение и присоединял новые города к своим владениям, несмотря на грозные распоряжения папы Райнерио и инквизиторам действовать энергичнее и проповедовать крестовый поход. Инквизиторы не могли более безопасно разъезжать даже в пределах Римской провинции. С целью оградить себя от произвола инквизиторского суда в 1264 г. граждане Бергамо постановили, что всякий, вызванный на суд или отлученный от Церкви по обвинению в ереси или по обвинению в поддержке ереси, имеет право в присутствии обвинителя или епископа клятвенно заявить о своей верности всем учениям католической Церкви; затем другою присягой, принесенной в присутствии подестата, он обязывался уплачивать сто су всякий раз, когда отступит от католической веры. После этого никто не имел права вызывать этого человека на суд за пределы города, а также устранять его от исполнения какой-либо должности по городскому самоуправлению. Все городские чиновники должны были (за счет города) защищать его от. всякого вызова в суд или от отлучения от Церкви.
Но вне владений Гумберта и вне области, на которую распространялось его влияние, инквизиция в Ломбардии действовала; в 1265 и 1266 гг. Климент IV издавал распоряжения и назначал инквизиторов. Вскоре, пообещав Сицилийское королевство Карлу Анжуйскому, папа сломил сопротивление своих противников. Судьба Италии и судьба папства была решена 26 февраля 1266 г. в долине Беневента, где встретились все гвельфы и гибеллины полуострова. Крестоносцы, собравшиеся по призыву папы со всей Европы под командованием Карла, одержали решительную победу над сыном Фридриха II Манфредом и его сторонниками – гибеллинами. Манфред погиб. После битвы Анконская Марка, Флоренция, Сиенна, Пистойя и Пиза, Пьяченца, Генуя и Кремона изъявили покорность папе.
Поражение и пленение внука Фридриха И, молодого Конрадина в августе 1268 г. в Тальякоцце, а затем жестокая казнь побежденного в октябре окончательно погубили одновременно Швабский дом и гибеллинов. Инквизиция отныне всюду могла свободно отправлять свои обязанности. В это время права, обязанности и делопроизводство святого трибунала были окончательно выработаны и повсеместно признаны; не было ни одного препата, ни одного владетеля, которые осмелились бы подвергнуть их сомнению.
Еще Иннокентий IV разделил в 1254 г. полуостров между двумя орденами, предоставив Геную и Ломбардию доминиканцам, а Центральную и Южную Италию францисканцам. В Римскую и Тосканскую провинции было назначено по два инквизитора; в Сполето, или провинцию св. Франциска, один; но в 1261 г. каждому инквизитору было дано по два помощника, а провинциальным было предоставлено право назначать сверх этого столько, сколько понадобится. В Ломбардии было восемь инквизиторов, а когда в 1304 г. доминиканцы разделили эту провинцию, то в Верхней Ломбардии стало семь инквизиторов, в Нижней – три. Тревизская Марка и Романья были поручены францисканцам. Их вымогательства были настолько невыносимы, что в 1302 г. Бонифаций VIII передал эти округа доминиканцам, что не принесло населению особого облегчения. Победители сейчас же стали вводить в землях, завоеванных у гибеллинов, единство веры. Уже в феврале 1259 г. францисканскому министру Болоньи было приказано назначить двух монахов-инквизиторов в Римскую провинцию. Как только Виченца успокоилась после смерти Эццелино, туда явился брат Джованни Скио, чтобы снять с населения отлучение от Церкви, тяготевшее над ним за послушание Эццелино. В Павии был открыт и сожжен еретический епископ; два дьякона и восемь других совершенных еретиков упорствовали в своих заблуждениях и были сожжены. В Пьяченце инквизиция сожгла двадцать восемь повозок еретиков. В Сермионе жители в течение шестнадцати лет не допускали у себя преследования и, будучи сами хорошими католиками, оказывали покровительство еретикам. Возмущенный этой нечестивой веротерпимостью, епископ Веронский обратился к тиранам Вероны и Мантуи с просьбой «образумить» Сермионе. В 1276 г. мятежный город был вынужден покориться, выдал больше сотни совершенных, смиренно умолял восстановить католичество и обещал выполнить все требования Церкви. Инквизитор Тревизо запросил папу Иоанна XXI о том, какую епитимью следует наложить на город. Папа предписал инквизитору снять отлучение, если город назначит синдика (поверенного), который от имени всех граждан отречется от ереси и принесет присягу, что в будущем будет арестовывать и выдавать инквизиции всех еретиков. Всякое нарушение этой клятвы влекло за собой новое отлучение. Затем всякий гражданин должен был лично явиться к инквизитору, сознаться во всем, что касалось ереси, отречься и выполнить епитимью, которая будет наложена на него. Таким путем граждане избежали всех позорных наказаний, тюрьмы, конфискаций и лишения права на занятие общественных должностей. О каждом должен быть составлен подробный протокол, и если кто утаит правду или снова впадет в заблуждения, то с ним поступят по всем строгостям законов. Что же касается закоренелых еретиков, следовало судить строго согласно с канонами: семьдесят еретиков были осуждены инквизитором и сожжены. В 1278 г., чтобы обеспечить чистоту веры, в Сермионе был основан францисканский монастырь, причем на его постройку пошло четыре тысячи лир штрафа, уплаченного Вероною; этот штраф являлся одним из условий, на которых был снят с города интердикт, наложенный за его помощь несчастному Конрадину. В 1289 г. замок Эццелино в Иллазио был отдан нескольким знатным лицам, отличившимся в борьбе против Сермионе; это было одновременно и наградою им и поощрением в дальнейшей поддержке инквизиции.