Через девять месяцев после возобновления деятельности в Кремоне, а затем в Милане Петр навел такой ужас, что враги решили убить его. Возвращавшихся из Вомо в Милан на пасхальной неделе, 7 апреля 1252 г., Петра и его спутника монаха Доминика заговорщики подкараулили в глухом месте недалеко от Барлассины и убили. Убийцы изувера-инквизитора, Манфред и Томасо, были арестованы и сознались. Манфред сознался также в том, что принимал участие в убийстве в Ломбардии двух других инквизиторов францисканцев. Ему было только приказано явиться на суд папы, но он бежал. Народная молва утверждала, что убийцы нашли убежище у вальденцев в альпийских долинах.
Церковь смогла убедить народ в том, что убитый инквизитор – святой мученик. Уже в мае 1252 г. Иннокентий послал генеральному капитулу ордена доминиканцев в Болонью грамоту, в которой призвал доминиканцев с новой энергией искоренять ересь. 31 августа он приказал начать дело о канонизации Петра, а 25 марта 1253 г. была обнародована булла о канонизации, в которой заявлялось, что мученическая смерть и чудеса Петра вызвали обращение многих еретиков.
В большинстве итальянских городов были образованы отряды из лучших рыцарей, называвшиеся кроцессинати, рыцари приносили присягу защищать инквизиторов и помогать им, не щадя своей жизни, и своим имуществом служить уничтожению ереси; они получали полное прощение грехов. Эти общества существовали еще в XVIII в. На место Петра был назначен Райнерио Сакконе из Виченцы, занимавший раньше видное положение в церкви катаров, но он покаялся и вступил в доминиканский орден. Иннокентий IV разрешил в 1246 г. доминиканскому приору Милана принимать в орден раскаявшихся еретиков, не требуя от них года послушанья, обязательного для католиков. Назначенный вскоре инквизитором в Павию, зная прекрасно все тайны еретиков, Райнерио преследовал их с неумолимостью вероотступника.
До смерти Фридриха II Ломбардия считалась верным убежищем еретиков, и даже после окончательного устройства ломбардской инквизиции еще в течение целого столетия гонимые искали там себе приют. В Тревизской Марке продолжал оказывать покровительство еретикам Эццелицо да Романо, влияние которого сказывалось далеко на Западе. Конрад IV в 1253 г. назначил вице-генералом Ломбардии Гумберта Паллавичино, который вскоре сделался для Церкви столь же опасным, как и Эццелино. Граждане Милана из гвельфов превратились в индифферентных, так как Иннокентий поссорился с городом, предоставив некоторым духовным лицам права, отобранные у них гражданами. Одним из первых действий Райнерио в Милане был вызов в 1253 г. на суд сторонника и защитника ереси Эгидия да Кортенуова. Замок графа около Бергамо был срыт, как гнездо еретиков, и было запрещено возобновлять его. Но граф занял замок Монгано, где еретики под его защитой пользовались полной неприкосновенностью. 23 марта 1254 г. Иннокентий IV приказал властям Милана взять замок силою и доставить его жителей в трибунал инквизиторов. Между тем граф заключил тесный союз с Паллавичино, «этим врагом Бога и Церкви», и жители Милана не проявили особого желания повиноваться приказанию Иннокентия. Монгано служил убежищем для преследуемых до 1269 г., когда жители Милана согласились осадить замок и, взяв его, передали доминиканцам.
Знатный миланец Роберт Патта да Гиссано в течение двадцати лет был одним из самых видных защитников ереси в Ломбардии. В своем замке он открыто принимал еретических епископов; он позволял еретикам строить дома и открывать школы. Роберт был вызван архиепископом и отрекся от ереси, но продолжал покровительствовать еретикам в Гатге. В 1254 г. Райнерио послал Роберту новый вызов. Так как он не явился, то инквизитор осудил его за ересь, конфисковал его земли и объявил его потомков лишенными прав. Роберт был вынужден заранее принять все условия, которые предложит ему папа. Иннокентий 19 августа 1254 г. приказал предать пламени замок Гатта и все жилища еретиков и вырыть и сжечь кости похороненных на кладбище, а графу приказал подчиниться тому духовному наказанию, которое наложит на него Райнерио. Папство достигло тогда высшего могущества. Все его старания были направлены к тому, чтобы усовершенствовать инквизицию и сделать из нее орудие своей политики и средство достигнуть единства веры. 8 марта Иннокентий приказал францисканскому министру Рима послать в качестве инквизиторов монахов во все южные провинции Ломбардии. 20 мая он снова обнародовал буллу «Об истреблении», а 22 мая послал всем итальянским владетелям конституции Фридриха II с приказанием внести эти законы в местные статуты. В случае неповиновения нищенствующим было поручено заставить владетелей слушаться. 29 мая папа приступил к реорганизации ломбардской инквизиции и приказал провинциалу назначить четырех инквизиторов, которым были подсудны все области от Болоньи и Феррары до Генуи. Благодаря этим мерам, а также деятельности Райнерио, инквизиция быстро распространилась на всей местности, за исключением тех, где властители гибеллины, вроде Эццелино и Гумберта, мешали ее введению.
Чтобы сломить упорство некоторых городов, выказывавших недостаточную готовность к арестам и выдаче граждан, указанных инквизиторами, новый папа Александр IV последним дал право карать это преступление тяжелым штрафом в двести серебряных марок. Получив этот папский указ, Райнерио 1 августа 1255 г. объявил его всему населению Милана и заявил, что тот, кто будет хулить инквизицию и мешать ее деятельности, будет отлучен от Церкви как соумышленник ереси и наказан сообразно своим дерзким поступкам.
20 марта 1256 г. Александр IV дает приказ провинциалу увеличить число инквизиторов в два раза – до восьми. Райнерио в январе 1257 г. был назначен верховным инквизитором всей Ломбардии и Генуэзской и Тревизской Марок. Получив теперь право назначать своих делегатов, он был освобожден от контроля провинциала; если он найдет число работников недостаточным, то может набрать новых помощников среди людей, исключительно зависящих от него. В марте 1256 г. настоятельно было предложено прелатам оказывать инквизиторам всякую посильную помощь. В январе 1257 г. это было вновь подтверждено.
Между тем во владениях Гумберта и Эццелино не мог показываться ни один инквизитор. Все средства были пущены в ход, чтобы заставить смириться самого опасного врага, Эццелино. Еще в 1221 г. Григорий IX, бывший тогда легатом Ломбардии, добился от него изъявления ненависти к ереси. В 1231 г. сыновья мятежника, Эццелино и Альберико, явились к папе и обещали ему выдать отца, чтобы его судили как еретика, если он не согласится исправиться. Они рассчитывали таким путем сохранить за собой наследство, которого они, как дети еретика, лишались по законам Фридриха. Они вызвались передать своему отцу послание Григория, датированное 1 сентября. Папа угрожал Эццелино: если он не отречется от заблуждений и не изгонит из своих земель всех катаров, его владения будут конфискованы, а он сам будет предан вечному позору.
Но уже 4 сентября 1231г. папа приказал епископам Реджио, Модены, Брешии и Мантуи отдать земли Эццелино на разграбление и проповедовать против этого еретика крестовый поход, обещая участникам похода отпущение грехов, как за поход в Св. Землю. Но эта попытка не имела успеха. В 1233 г. общий мир в Италии дал разрешение грехов и Эццелино, хотя он не отказался покровительствовать еретикам. Пока между Церковью и Фридрихом было согласие, на Эццелино, по-видимому, не обращали внимания. Эццелино был отлучен от Церкви 20 ноября 1239 г. На этот раз его не обвиняли в покровительстве еретикам, а только в насилиях над тревизской Церковью и в том, что в течение трех лет он находился под отлучением. Ему был дан месячный срок, чтобы изъявить покорность и предстать перед судом по обвинению в ереси. Это не произвело никакого действия. В 1244 г. папа поручил инквизитору брату Роландо Кремонскому произвести расследование об Эццелино как о подозреваемом в ереси и публично считаемом за еретика в силу его сношений с еретиками. Результатом этого был заочный процесс. Узнали, что отец Эццелино и все его ближние родственники – еретики и что ересь благодаря его покровительству наводнила всю Тревизскую Марку; отсюда вывели заключение, что он сам склонен к ереси. В марте 1248 г. Иннокентий вынес приговор. Как открытый еретик, Эццелино должен быть осужден наравне со всеми другими еретиками; но, если он явится в день Вознесения (28 мая), Церковь проявит милосердие. Срок, данный ему, истек, и Эццелино был отлучен от Церкви. В июне 1251 г. епископу Тревизскому и доминиканскому приору Мантуи было приказано передать ему вызов о явке в назначенный день и гарантировать ему безопасность. Если же он ослушается, то гражданам Тревизо, его подданным, было приказано заставить его повиноваться папе; а если он не подчинится, то против него будут проповедовать крестовый поход.
