В ноябре 2000 года Генпрокуратура затребовала это уголовное дело на проверку и закрыла. Генпрокуратура возбудила дело против следователя СК Павла Зайцева, обвинив его в превышении полномочий и незаконном задержании двух подозреваемых, кроме того, было возбуждено уголовное по статье «Превышение должностных полномочий» против сотрудников ГТК Марата Файзулина и Александра Волкова. В свою очередь, руководство ГТК провело пресс-конференцию, на которой рассказало о раскрытии сети контрабандистов, организатором которой был назван Сергей Зуев. Центральной оперативной таможней на него было заведено дело об уклонении от уплаты таможенных платежей.

Многие эксперты усмотрели, что дело «Трех китов» приобрело политическую окраску в начале 2002 года и рассматривалось в контексте борьбы за сферы влияния между старой, ельцинской командой, сохранившей свои позиции при Владимире Путине, и пришедшей вместе с новым президентом группой силовиков.

Но решительный удар по остаткам ельцинской команды был нанесен в ходе дела ЮКОСа, когда президентскую администрацию был вынужден покинуть Александр Волошин.

В марте 2002 года на основании депутатского запроса Генпрокуратура возобновила дело о контрабанде. Расследовать его поручили прокурору из Ленинградской области Владимиру Лоскутову, которого Владимир Путин лично привлек для разрешения конфликта между Генпрокуратурой и ГТК.

5 сентября 2002 года Мосгорсуд вынес оправдательный приговор Павлу Зайцеву, но впоследствии он был отменен Верховным судом. В 2003 года Дорогомиловский суд Москвы полностью оправдал Александра Волкова и Марата Файзулина. В ноябре 2003 года Мосгорсуд приговорил Павла Зайцева к двум годам условно.

Со скандалом вокруг дела «Трех китов» связывают проведенную в мае 2006 года чистку в силовых ведомствах. Тогда должности потеряли руководитель ФТС Александр Жерихов и его замы, три генерала ФСБ, сотрудники МВД и прокуратуры.

В июне 2006 года Генпрокуратура в рамках расследования дела о контрабанде арестовала Сергея Зуева, гендиректора фирмы «Альянс-96» Андрея Латушкина и еще трех человек.

Один из сподвижников президента Черкесов направил Владимиру Путину докладную записку, в которой якобы привел новые факты по этому делу. В ней, в частности, были перечислены имена госчиновников из ближайшего окружения самого президента Путина, ряд высокопоставленных сотрудников ФСБ и других силовых структур.

Большинство из упомянутых в записке чекистов в разные годы возглавляли управление собственной безопасности (УСБ) ФСБ РФ.

В Москве совершено покушение на председателя совета Международной ассоциации дилеров АвтоВАЗа, гендиректора компании «Элекс-Полюс» Игоря Лисютина. Глава крупнейшего дилера тольяттинского автозавода оказался в тяжелом состоянии в реанимации больницы.

Киллеры расстреляли иномарку, пассажир которой получил тяжелое ранение.

На месте преступления оперативники обнаружили 11 гильз, а свидетели рассказали, что преступники скрылись на ВАЗ-2115 серебристого цвета с тонированными стеклами. Прокуратура Западного округа возбудила уголовное дело по статье «Покушение на убийство».

Основная версия расследования – это месть со стороны недовольных конкурентов «Элекс-Полюса».

Мосгорсуд приговорил к 22 годам заключения одного из лидеров орехово-медведковской преступной группировки – Андрея Пылева (Карлик). Суд признал его виновным в организации трех заказных убийств, в том числе известного киллера Александра Солоника, который был убит в Греции в 1997 г.

Андрей и его брат Олег Пылевы (приговорены судом в 2005 году) возглавляли ОПГ.

Осенью резко ухудшились российско-грузинские отношения. Грузинская сторона обвинила власти Россию во вмешательстве во внутренние дела Грузии и поддержке сепаратистов. Сотрудники МВД РФ начали проводить широкомасштабные проверки грузинского бизнеса в Москве и криминалитета. (В Москве проживают 60 грузинских воров в законе). Милиционеры посещали казино, рестораны, автосервисы, рынки и магазины, выявляли нелегально находящихся в России грузин. У милиции появились добровольные помощники – российские националисты из Движения против нелегальной миграции, которые объявили о начале своей охоты на грузин.

День начался с проверки Черемушкинского рынка, около 11 часов утра бойцы милицейского спецназа в масках и с автоматами, блокировав все входы, ворвались в здание рынка. Оперативники проверили документы у всех торговцев, а тех, у кого не было регистрации, доставили в ближайшее ОВД.

Одновременно проводился налоговый учет игровых столов и автоматов, в барах и ресторанах. Во многих местах нашли сигареты, сигары и алкоголь без акцизных марок, а в подсобках кухни —рыбу и икру без документов. Уже ближе к вечеру стало известно о начале проверки в казино «Космос», «Кристалл» и других игорных заведениях.

Одновременно были проведены задержания некоторых грузинских криминальных авторитетов. Так, в Москве оперативники взяли «смотрящего» за Санкт-Петербургом от грузинских воров в законе, неоднократно судимого Алексея Гудыну (Леха Питерский). У него в кармане нашли 7 г. героина.

Между тем, кампания о выческе столицы от грузинского криминала вскоре закончилась, и в город снова вернулись домушники, карманники и барсеточники.

Генпрокуратура РФ закончила расследование уголовного дела о покушении в 2001 году на депутата Госдумы Башира Кодзоева и убийстве его охранника. Раскрыть его удалось благодаря тому, что один из участников покушения стал сотрудничать со следствием, назвав имена сообщников. Но заказчик покушения так и не был установлен.

Обвинения в покушении на депутата предъявлены четырем жителям Санкт-Петербурга – Олегу Маковозу, Александру Авдееву, Николаю Середину и Денису Долгушину.

Вице-президента Фонда поддержки гуманитарных программ, авторитетного предпринимателя Маковоза Генпрокуратура считает организатором преступления, а остальных —исполнителями. Денис Долгушин разрабатывал операцию по устранению депутата и принял в ней участие.

Депутата Кодзоева обстреляли 15 марта 2001 года в Москве у Сандуновских бань, когда он направлялся к своему джипу. Его охранник, капитан милиции Юрий Сазонов, успел закрыть шефа, когда по нему открыли огонь из автомата. Телохранитель был убит, депутат тяжело ранен.

Прошло время. Шувалов продолжал сидеть в следственном изоляторе, я время от времени его навещал. Но однажды, когда я пришел к нему, был удивлен. Шувалов был грустный и поздоровался со мной достаточно холодно. Я сразу же спросил, что случилось.

– Ничего особенного, – ответил он и продолжал молчать. Я чувствовал: что-то произошло.

– Нет уж, давай-ка рассказывай, что произошло. У тебя что, проблемы возникли?

– Просто оперативники перед вами приходили.

– И что?

– Они про вас говорили.

– Хвалили или ругали? – улыбнулся я.

Игорь покачал головой:

– Нет, они просто сказали, что у вас было десять клиентов, которых вы освободили из следственного изолятора, и их дела до суда не дошли. А потом этих десятерых убили. Это так?

Я сделал паузу.

– В общем, это так. Только оперативники ошиблись – не десять, а девять, включая Солоника. Так что, мне тебя не освобождать до суда?

– Нет-нет, – встрепенувшись, торопливо проговорил Игорь, – конечно, надо освобождать!

– А чтобы ты не унывал, я хочу сказать тебе, что через неделю будет очередное заседание Москворецкого суда о продлении срока содержания тебя под стражей. Мы кое-какие бумаги получили, – я наклонился к Игорю и понизил голос, – может быть, у нас будет шанс тебя освободить.

Шувалов внимательно посмотрел на меня и улыбнулся, словно не веря в информацию.