В 90-е гг. Т. пытается теоретически обосновать свои взгляды на искусство. Искусство содержательное, посвящённое высоким нравственно-религиозным целям, Т. противопоставляет искусству упадочному, декадентскому. В трактате «Что такое искусство?» (1897—98) он выдвигает теорию «заражения» искусством (то есть закрепления и передачи раз испытанного чувства посредством линий, красок, звуков, образов) и в этом видит основу эмоционального переживания читателя, зрителя, слушателя. «Главное значение искусства», — по Т., — «значение объединения» (Полн. собр. соч., т. 57, 1952, с. 132).
Т. деятельно поддерживает возникшее в 1884 издательство «Посредник», руководимое его последователями и друзьями В. Г. Чертковым и И. И. Горбуновым-Посадовым и ставившее своей целью распространение в народе книг, служащих делу просвещения и близких толстовскому учению. Многие произведения Т. по цензурным условиям печатались сначала в Женеве, затем в Лондоне, где по инициативе Черткова было основано издательство «Свободное слово». В 1891, 1893 и 1898 Т. участвует в помощи крестьянам голодающих губерний, выступает с воззваниями и статьями о мерах борьбы с голодом; во 2-й половине 90-х гг. он много сил отдаёт защите религиозных сектантов — молокан и духоборов, содействует переезду духоборов в Канаду. В письмах к Александру III и позднее к Николаю II он протестует против репрессий, произвола самодержавия. Ясная Поляна (в особенности в 1890-е гг.) становится местом паломничества людей из самых дальних уголков России и из др. стран, одним из крупнейших центров притяжения живых сил мировой культуры.
Главной художественной работой Т. 90-х гг. явился роман «Воскресение» (1889—99), сюжет которого возник на основе подлинного судебного дела. В поразительном стечении обстоятельств (молодой аристократ, виновный некогда в соблазнении девушки-крестьянки, воспитанной в барском доме, должен теперь как присяжный заседатель решать в суде её судьбу) выразился для Т. весь алогизм жизни, построенной на социальной несправедливости. Художественно значительна и принципиально нова для Т. история «воскресения», духовного пробуждения Катюши Масловой. Нравственное возрождение переживает и князь Нехлюдов. Новый тип романа — социальной панорамы — давал возможность писателю провести перед читателем вереницу лиц, принадлежащих к различным социальным сферам, — от петербургских придворных покоев и роскошных особняков до нищих деревень и пересыльных тюрем. Всю силу своего обличения Т. направляет против общественных узаконений и институтов — государственной власти, суда, церкви, привилегий дворянства, земельной собственности, денег, тюрем, проституции. Горячий протест вылился в романе в прямую проповедь, сатирическое изображение людей богатых и властвующих соединилось с симпатией к трудовым низам. Художественно исследуя судьбы людей из народной среды — ссыльных, крестьян, революционеров, Т. подчёркивал общее для всех них положение бесправия и угнетения, сковывающее духовные силы народа. Резкая критика церковных обрядов в «Воскресении» была одной из причин отлучения Т. святейшим Синодом от православной церкви (1901).
В этот период отчуждение, наблюдаемое Т. в современном ему обществе, делает необычайно важной для него проблему личной нравственной ответственности с неизбежными при этом муками совести, просветлением, моральным переворотом и, наконец, разрывом со своей средой. В художественной структуре его произведений возникает тенденция к жанру обозрения, цепочке событий, соединяющей разнородные области жизни, захватывающей всё новых и новых героев. Крепкая причинная взаимосвязь людей и событий даже при слабой сюжетной связи позволяет рассматривать все последствия действия или поступка. Так построены «Воскресение», «Хаджи-Мурат» (1896—1904, опубликован 1912), «Фальшивый купон» (1902—04, опубликован 1911), неоконченная повесть «Нет в мире виноватых» (опубликована 1911). Типичным становится сюжет «ухода», резкого и коренного перелома в жизни, обращения к новой жизненной вере («Отец Сергий», 1890—98, опубликован 1912; «Живой труп», 1900, опубликован 1911; «После бала», 1903, опубликован 1911; «Посмертные записки старца Федора Кузмича...», 1905, опубликован 1912). На склоне лет Т. проявляет интерес к жанру рассказа. Наивысшими достижениями этого периода деятельности Т. были повесть «Хаджи-Мурат» и драма «Живой труп». Обличая в «Хаджи-Мурате» в равной мере деспотизм Шамиля и Николая I, Т., словно бы вернувшись к воспоминаниям молодости поры «Казаков», воспел чистоту естественного, цельного человека и, вопреки непротивленческой философии, прославил мужество борьбы, силу сопротивления и любви к жизни. В пьесе «Живой труп» внимание писателя приковано к проблеме «ухода» от семьи и от среды, в которой «стыдно» жить Феде Протасову. Пьеса — свидетельство новых художественных исканий Т., объективно близких чеховской драме (психологический «второй план», многоголосие диалога и т.п.).
В последнее десятилетие жизни Т. — признанный глава русской литературы, защитник реалистического направления от модных декадентских влияний. Он поддерживает личные отношения и сочувственно относится к таким писателям, как В. Г. Короленко, А. П. Чехов, М. Горький. Продолжается и общественно-публицистическая деятельность Т. (воззвания, статьи, работа над книгой «Круг чтения»). Однако как раз в то время, когда толстовство получает широкую известность в качестве идейной доктрины, сам Т. испытывает колебания и сомнения в правоте своего учения. Ход событий в преддверии Революции 1905—07 ставит перед серьёзным испытанием его патриархальные идеалы. Всемирно известными выступлениями Т. стали его горячие протесты против смертной казни (статья «Не могу молчать», 1908).
Последние годы жизни Т. провёл в Ясной Поляне в непрестанных душевных страданиях, в атмосфере интриг и раздоров между толстовцами, с одной стороны, и С. А. Толстой — с другой. Пытаясь привести свой образ жизни в согласие с убеждениями и тяготясь бытом помещичьей усадьбы, 28 октября (10 ноября) 1910 Т. тайно ушёл из Ясной Поляны, по дороге простудился и скончался на станции Астапово. Смерть Т. потрясла Россию. В своём отклике на это событие Ленин отметил, что писатель «¼сумел поставить в своих работах столько великих вопросов, сумел подняться до такой художественной силы, что его произведения заняли одно из первых мест в мировой художественной литературе» (Полн. собр. соч., 5 изд., т. 20, с. 19).
Творчество Т. знаменовало новый этап в развитии русского и мирового реализма, перебросило мост между традициями классического романа 19 в. и литературой 20 в. Реализму Т. свойственны особая откровенность тона, прямота и вследствие этого сокрушит, сила и резкость в обнажении социальных противоречий. Непосредственная эмоциональная заразительность, умение воссоздать саму «плоть жизни» сочетаются в толстовском творчестве с гибкой и острой мыслью, глубоким, предельно искренним психологическим анализом. Здоровый, полнокровный реализм Т. стремится к сочетанию анализа и синтеза, тяготеет к целостному осмыслению мира, осознанию законов, по которым движется жизнь человека. Не доверяя сложившимся мнениям и предрассудкам, Т. на всё хочет взглянуть заново и по-своему; отбрасывая разные виды литературных штампов, он строит своё искусство лишь на том, что сам видел, понял и угадал. Т. захватывают духовное бытие личности, напряжение ищущей мысли, тревоги совести. Но его реализму свойственны и пластическая лепка характеров, яркая словесная живопись в картинах быта, исторических и жанровых сценах.
Реализм Т., тесно связанный с национальной русской традицией, развивший и закрепивший её, несёт в себе и огромное общечеловеческое содержание. Традиции реализма Т. были восприняты и усвоены молодой советской литературой. Они до сих пор остаются для советских писателей одними из наиболее важных и жизнеспособных традиций классического наследия.
Т. оказал огромное влияние на эволюцию европейского гуманизма, на развитие реалистических традиций в мировой литературе. Во Франции Ромен Роллан, Ф. Мориак и Р. Мартен дю Гар, в США Э. Хемингуэй и Т. Вулф, в Англии Дж. Голсуорси и Б. Шоу, в Германии Т. Манн и А. Зегерс, в Швеции А. Стриндберг и А. Лундквист, в Австрии Р. М. Рильке, в Польше Э. Ожешко, Б. Прус, Я. Ивашкевич, в Чехословакии М. Пуйманова, в Китае Лао Шэ, в Японии Токутоми Рока — каждый по-своему испытал на себе влияние творчества Т. Велико было воздействие Т. на культуру Индии и на деятельность М. Ганди. Произведения Т. бесчисленное количество раз экранизировались и инсценировались в СССР и за рубежом. Пьесы Т. многократно ставились на сценах всего мира.