Дёниц уже ранее говорил Келли, что он был выбран Гитлером как преемник из-за того, что все другие кандидаты либо умерли, либо попали в опалу, и потому, что он был единственным, к кому бы прислушались люфтваффе, армия и флот; также было ощущение, что он легче других сможет устроить мир, что он и сделал как смог быстро, однако теперь американцы хотят повесить его как преемника Гитлера. «Кажется, это пример американского юмора». На листке Гилберта он записал: «Ни одно из этих обвинений не касается меня — это типичный американский юмор».
Суд открылся 20 ноября. Заключенных вывели под охраной одного за другим из их камер и привели наверх в зал суда, где рассадили в два ряда на лавках напротив судей. За ними стояли вооруженные американские военные полицейские с белыми ремнями и шлемами.
Судьями в черных мантиях были: главный судья — глава Апелляционного суда Великобритании сэр Джеффри Лоуренс, судья Суда королевской скамьи сэр Норман Беркетт, генеральный атторней США Френсис Биддл, член Апелляционном суда США Джон Паркер, профессор уголовного права Парижского университета Анри Доннедье де Вабр, его соотечественник Робер Фалько и двое советских судей — генерал-майор Иона Никитченко и подполковник Александр Волочков — в форме и с медалями.
Против Дёница были выдвинуты следующие обвинения: участие в заговоре и подготовке к агрессивной войне (в первых двух пунктах) и в третьем пункте то, что он санкционировал, руководил и участвовал в военных преступлениях, особенно в преступлениях против личности и собственности, совершенных в открытом море. Британские представители, выдвинувшие эти обвинения, полагали, что они практически недоказуемы, особенно третий пункт: не было обнаружено ни одного официального приказа убивать выживших. С другой стороны, у них был один подводник, готовый свидетельствовать, что Дёниц публично поощрял такие действия против выживших, и один старший офицер, который был готов засвидетельствовать его трактовку опасно двусмысленных приказов сентября 1942 года как лицензии на убийство выживших.
Также имелись записи в журнале BdU, подробно излагающие эти приказы, и запинающиеся и неудовлетворительные объяснения Дёница на допросе. В записях Адмиралтейства, касающихся сентябрьских приказов, Дёниц объяснял, что случай с «Лаконией» был особым и показательным: мол, даже в тех очень редких случаях, когда были возможны спасательные работы, подлодки становились жертвами нападения с воздуха. Поэтому и был отдан приказ никого не спасать. Дёницу напоминали о Годте и Хесслере, которые говорили, что этот приказ можно было понять неправильно. Дёниц соглашался: таково было время, неправильная интерпретация была вызвана политикой и давлением национал-социалистической идеологии.
Его решимость защитить своего бывшего начальника штаба и зятя зеркально отражалась в их усилиях и всего высшего офицерского корпуса флота, который сомкнул ряды на его защиту. Была организована изощренная тайная сеть передачи информации в помощь ему и Редеру; люди в ней занимались поисками документов и свидетельств под прикрытием работ по разминированию, которые союзники поручили немецким морякам, и каждую неделю между штабом в Гамбурге и Нюрнбергом ездил курьер, молодой офицер-подводник, под видом служащего, обслуживающего автоматические стиральные машины!
На второй день суда главный обвинитель от США, судья Роберт Джексон, произнес речь, представив ужасающую картину преступлений, а 29 ноября был показан фильм, снятый армией США в концлагере. Фильм начался со сцен, показывающих заключенных, заживо сожженных в сарае. Гилберт записывал реакции: «...Франк тяжело глотал, в глазах его стояли слезы... Фриче смотрел не отрываясь, сведя брови, вцепившись в край сиденья, явно страдая... Геринг опирался на поручни и большую часть времени не смотрел, ссутулившись и опустив глаза... Функ весь в слезах, у него распух нос, он опустил взгляд... Шпеер выглядел очень грустным и тяжело сглатывал... Теперь Функ разрыдался... Дёниц опустил голову и больше не смотрит...»
Зрелище наваленных тел в лагере сменило изображение печей крематория, абажура, сделанного из человеческой кожи, женщины-доктора, описывающей опыты на женщинах-заключенных в Бельзене... К этому времени Дёниц сидел, обхватив голову руками.
После того как заключенных вернули в камеры, психиатры посетили их одного за другим. Реакции разительно отличались: Фриче разрыдался сразу же, как закрылась дверь, также поступил Функ. Шпеер сказал, что он теперь еще более настроен признать коллективную ответственность и освободить от вины немецкий народ. Геринг делал вид, что ему все безразлично. Франк разразился яростными криками: «Только подумать, мы жили как короли и верили этой скотине! Не верьте никому, кто скажет, что не имел об этом понятия... Они просто не хотели ничего знать». Редер сказал, что он почти ничего не слышал о концлагерях раньше. Кейтель заявил, что ему стыдно, что он немец. «Это были эти грязные свиньи из СС».
Дёница трясло от эмоций, он запинался, путая немецкие и английские слова. «Как они смеют обвинять меня, что я об этом знал? Они спрашивают, почему я не пошел к Гиммлеру и не выяснил все про концлагеря? Потому что это было нелепо! Он вышвырнул бы меня точно так же, как я вышвырнул бы его, если он стал бы расспрашивать про флот! Какое, боже правый, я имею отношение к этим делам? Я поднялся так высоко только случайно, и я никогда не имел отношения к партии».
В декабре он и другие военные под судом получили защиту с неожиданной стороны: американский «Военный и морской журнал», явно игнорируя все военные преступления и преступления против человечества в списке обвинений, обвинил судью Джексона в том, что тот пытается дискредитировать профессию военного. «Чикаго трибюн» обрушилась даже более рьяно на саму идею такого суда. Дёниц, конечно, знал об этой поддержке от своего адвоката и заметно усилил попытки представить себя простым моряком.
С того момента, как выжившие нацистские лидеры были собраны вместе в «Палас-отеле» Бад-Мондорфа, Дёниц как преемник фюрера, назначенный им самим, и Геринг как бывший наследник явно с осторожностью обходили в отношениях друг с другом все вопросы первенства. Это прекратилось в период, когда всех рассадили по одиночкам; а когда их снова свели вместе на скамье подсудимых, Геринг показал всей мощью своей личности и с несдерживаемым вызовом по отношению к обвинению, что он — природный вожак, и к середине февраля Дёниц, по записям Гилберта, тоже стал следовать его образцу недостойного поведения в зале суда.
Так как было очевидно, что «жирдяй» пытается терроризировать остальных, чтобы они поддерживали Гитлера и нацистский миф, вплоть до того, что угрожал обвинить в своей защитной речи тех, кто откажется занять линию партии, тюремные власти решили вмешаться, запретили общение в тюрьме и разделили заключенных по пяти помещениям на время приема пищи. Состав групп за столами был тщательно рассчитан: Дёница поместили с тремя пожилыми консерваторами, фон Папеном, фон Нейратом и Шахтом. чтобы их очевидное разочарование в Гитлере и партии передалось и ему, в надежде, что это отучит его заботиться лишь о поддержании своей солдатской чести. Другие были также распределены по влияниям. Геринг ел в одиночестве.
Обсуждая это нововведение со Шпеером несколько дней спустя, Гилберт заметил, что подумывал посадить Дёница с ним рядом. Шпеер ответил, что то, как сейчас, лучше, потому что даже он чувствует себя немного скованным в присутствии Дёница.
Советский фильм об ужасах концлагерей был показан 19 сентября, и он оказался даже страшнее, чем американский, а в последующие дни давали показания выжившие узники лагерей смерти. Адвокат Дёница спросил его: «Неужели никто ничего не знал ни об одной из этих вещей?» Дёниц покачал головой и грустно пожал плечами.
Гилберт услышал, как за завтраком в «старшей» столовой в конце месяца Дёниц принял идею, что немецкий народ обманули, и решил, что нововведения действуют во благо. Но на самом деле Дёниц продолжал играть в ту же игру, которую он начал с Руксом, и в обращении к офицерам, которое он намеренно оставил в своем письменном столе во Фленсбурге и целью которой было убедить всех, что он верный «человек Запада»: немцы, сказал он, должны ощущать, что с ними обращаются по справедливости, если они хотят добиться сотрудничества с Западом.