В Речи Посполитой имелись все предпосылки к тому, чтобы Православная Церковь, восстановив свою структуру, продолжила свое существование. Помимо декларированной в Польше религиозной свободы, православные могли опереться на четкие канонические основания. Экзарх КПлского пха в Западной Руси св. Никифор Кантакузин, чьими трудами главным образом и был проведен православный Брестский Собор, продолжал свои решительные действия.

Прежде всего, он оповестил всех православных об измене мта и епов, призвав впредь им не повиноваться. Экзарх также сообщил обо всем происшедшем в Стамбул, где в это время КПлской кафедрой управлял в качестве местоблюстителя Мелетий Пигас, Александрийский пх. Мелетий признал и одобрил деяния Брестского православного Собора, о чем уведомил в апреле 1597 князя Острожского.

В августе того же года пх Мелетий писал Гедеону Балобану о необходимости созвать Собор и избрать на нем новых мта и епов — взамен отпадших в унию.

До того времени, когда это будет совершено, Мелетий назначал для православных Речи Посполитой трех экзархов — епа Львовского Гедеона, архмта-грека Кирилла Лукариса и князя Константина Острожского.

Мелетий также подчеркивал ту исключительную роль, которую сыграл Никифор Кантакузин в деле организации православных для отпора проискам униатов. Пх Александрийский выражал свою озабоченность дальнейшей судьбой Экзарха Никифора и других греков и просил православных Речи Посполитой принять все меры, чтобы уберечь их от репрессий со стороны короля.

У пха Мелетия были все основания опасаться за судьбу Никифора, так как король Сигизмунд в целях обеспечения беспрепятственного распространения унии в Речи Посполитой издал указ, которым повелевал всем православным грекам, не являющимся его подданными, покинуть территорию Польского королевства. Опасаясь гонений, Западную Русь вскоре покинули экзарх Кирилл Лукарис, мт Лука Белградский и афонские архмты — участники православного Брестского Собора 1596 Один лишь бесстрашный Никифор Кантакузин, не убоявшись угроз короля, остался среди православных русинов Речи Посполитой.

К сожалению, несмотря на все имеющиеся правовые основания, воплотить в жизнь начертанную пхом Мелетием программу было невозможно. Король принял сторону униатов, а потому, невзирая на юридическую сторону дела, решительными административными мерами стремился водворить Брестскую унию в пределах Речи Посполитой.

Сигизмунд III воздвиг яростное гонение на православных, целью которого было не допустить восстановления полноценной церковной организационной структуры в Западной Руси. На стороне православных было право, однако они были практически бессильны против католического государственно-административного аппарата.

В феврале-марте 1597 в Варшаве собрался Генеральный сейм Речи Посполитой, на котором православные выразили решительный протест против Брестского униатского беззакония.

Православные послы сейма заявили, что не приступят к обсуждению каких-либо вопросов до тех пор, пока не будут гарантированы свобода исповедания православной веры и права не подчинившихся Риму священнослужителей. Особенно решительно выступили на сейме православные магнаты — князь Острожский и Гулевич.

Однако в ответ на их протестации канцлер Сапега заявил, что унии желали все, а смуту учинил один только Никифор Кантакузин. В связи с этим от Острожского, во владениях которого находился Экзарх, потребовали представить его на сейм, дабы учинить над ним королевский суд. Католики, вполне справедливо полагавшие, что одним из главнейших препятствий на пути к триумфу унии является именно Никифор, горели желанием отомстить ему. Устранив столь опасного противника, можно было надеяться на больший успех в деле насаждения унии.

Однако Никифор не видел за собой никакой вины и потому спокойно явился на сейм 10 марта 1597. Но католики нашли зацепку для того, чтобы привлечь Никифора к суду и погубить его. Повод к судебному преследованию экзарха дали следующие обстоятельства.

Некий слуга Константина Острожского — Ян Волошанин — был отправлен князем в Валахию для покупки турецких коней. В имении польского гетмана Яна Замойского Шаргороде посланец Острожского, будучи пьяным, обронил свою сумку, в которой оказались четыре написанных по-гречески письма некоего монаха к своим родным и знакомым, проживавшим в Османской империи. Письма доставили Замойскому, которого весьма заинтересовало содержание писем. В одном из них говорилось: «Хищные волки, то есть псы ляхи, принуждают наших христиан на свою папежскую веру и бьются между собой, уже их до двадцати тысяч полегло». В ином письме грек отмечал: «Але наш цесарь, Бог дай, был здоров, если бы он хоте на Польшу, теперь бы самое время».

Гетман Замойский, несмотря на то, что Никифор когда-то спас ему жизнь, проявил по отношению к нему черную неблагодарность. Симпатизируя делу Брестской унии, Замойский, к тому же находившийся в личной вражде с Острожским, решает использовать анонимные письма как повод для репрессий против Никифора, объявленного без всяких на то оснований автором этих посланий.

С помощью обвинений экзарха в шпионаже в пользу Турции можно было представить перед королем в весьма невыгодном свете и самого князя Константина.

Св. Никифор прибыл в Варшаву, где начались судебные слушания. Экзарх и его защитники на суде категорически отвергли обвинение в шпионаже. Тогда Никифору были предъявлены еще более обширные обвинения, изложенные по пунктам. К шпионажу в пользу турок добавили нелепые, но крайне опасные обвинения в убийстве, чернокнижии и даже прелюбодеянии с матерью султана. Впрочем, все это выглядело столь неубедительно, что было очевидно: никаких серьезных улик против Никифора у короля нет.

Экзарх подробнейшим образом рассмотрел все пункты возводимых на него обвинений и дал на них опровержение. Судьи так и не смогли найти в действиях Никифора ничего, за что его можно было бы привлечь к ответственности. После триумфальной речи Никифора в свою защиту участники судебных слушаний покинули зал заседаний и собрались в помещении, где ожидал исхода королевского суда и князь Острожский. Сюда же вышел король Сигизмунд III. И тогда у старого князя, очевидно, произошел нервный срыв, причиной которого стали все пережитые православными горести и жестокое унижение, которому Острожский подвергся лично во время суда над св. Никифором.

Князь Константин в своей гневной речи обрушился на короля-утеснителя православных, «отца Брестской унии». Но, к сожалению, чувство оскорбленного самолюбия магната в душе Острожского затмило все. Взорвавшись яростной речью, обращенной против короля, Острожский в приступе гнева произнес слова, которые по сути обрекали Никифора на смерть: «Оставляю вам эту духовную особу, а крови его на Страшном суде Божием искать буду».

Князь покинул королевский дворец. Сигизмунд послал за Острожским вдогонку его зятя — виленского воеводу Радзивилла — с приказом во что бы то ни стало вернуть разъяренного старца. Радзивилл от имени короля даже обещал Острожскому, что Никифор будет освобожден. Но в запале из уст князя Константина вырвалось: «Пусть себе и Никифора съест». Вслед за этим Острожский выехал из Варшавы в свои владения.

Теперь защитники унии могли бессрочно держать Никифора в заточении, не смущаясь отсутствием доказательств его вины — бунт Острожского против Сигизмунда и его фактический отказ от защиты Никифора давали королю и судьям-католикам возможность действовать без оглядки на могущественного православного магната. Теперь, чтобы тихо и без огласки погубить Никифора, достаточно было лишь объявить, что его будут содержать под стражей до тех пор, пока не будут найдены новые улики.

Вскоре Никифора перевели в одну из самых надежных тюрем Польши — бывший замок Тевтонского Ордена в Мариенбурге (ныне — Мальборк): бежать отсюда шансов практически не было. В крупнейшем памятнике духовной литературы Западной Руси времени Брестской унии — «Перестороге» — говорится о его гибели в заточении: «А так з сейму ни з чим ся розъехали, а Никифора за вязня в невинности до Мальборку отослали и скилько лет у вязенью держали, наконец аж уморили голодом».