Артемий недолго пребывал в соловецком заточении. Игумен монастыря — Филипп (Колычев), будущий митрополит-священномученик, — вероятно, узнав Артемия поближе, понял, что он отнюдь не еретик, а потому, как можно полагать, не был строг к заключенному. Артемию удалось бежать в Литву, где он вскоре стал близок к другому московскому беглецу — князю Андрею Курбскому. В Западной Руси вместе с князем Артемий стал одним из наиболее активных защитников Православия против протестантского и католического прозелитизма. Заслуги Артемия в этой области несомненны. Но едва ли это давало повод Курбскому, называвшему его «неповинным и святым мужем», говорить о том, что Артемий осужден лишь по злобе и клевете. Разумеется, он не был еретиком, но все же отцы Собора имели основания опасаться либерализма его мысли, крайне соблазнительного в условиях, когда в заволжских монастырях процветали подлинные еретики. В Литве Артемий увидел воочию, что собой представляет то западное христианство, которое его прежде так интересовало, и каковы подлинные плоды рационалистического вольномыслия в лице протестантских течений. Здесь он быстро излечился от своего либерального образа мыслей и стал последовательным защитником Православия.

Вместе с Башкиным и Артемием Собор в конце 1553 — начале 1554 гг. осудил и ряд других лиц. В монастырь на покаяние были отправлены инок Савва Шах и архимандрит Феодорит, который прежде прославился в качестве миссионера — просветителя лопарей. Феодорит был какое-то время духовником будущего митрополита Макария, в Новгородской епархии которого и проходило его миссионерское служение. Но даже это обстоятельство не избавило Феодорита от подозрений и ссылки в Кирилло-Белозерский монастырь. Как и Артемий, Феодорит еретиком не был. Осужден он был по сути лишь за близость к Артемию. Заключение Феодорита продлилось недолго: через два года по ходатайству бывших его духовными чадами бояр он был освобожден. Св. Макарий, хотя и не сразу, но также хлопотал за Феодорита перед царем.

Как еретики были изобличены и некие братья Борисовы. Они также были осуждены на пожизненное заключение в различных монастырях. Правда, Иван Борисов скоро убежал с Валаама в протестантскую Швецию. Но участники Собора все-таки чувствовали, что наказанные суть не более, чем мелкая сошка в еретическом сообществе. Стали продолжать розыск о еретиках, и в результате обнаружилась куда более важная фигура — Феодосий Косой. Это был беглый холоп одного московского боярина, скрывшийся на Белом Озере, в заволжских скитах. Там, у добрых старцев-нестяжателей, которые со времен Нила Сорского никого не преследовали и всех призывали к веротерпимости, Феодосий Косой, ставший монахом, легко усвоил азы духовного коктейля, родившегося из смешения «жидовства» и протестантских идей. Правда, свои истинные убеждения, он, вероятно, умел до поры скрывать под маской православной духовности. Известно, что его хозяин-боярин позднее переписывался со своим беглым холопом, коего почитал большим духовным авторитетом среди монашествующих.

Феодосий был оговорен Башкиным и взят под стражу в конце 1553 — начале 1554 гг. Вместе со своим единомышленником Игнатием он был привезен в Москву. Оба были здесь осуждены. К сожалению, соборное дело об осуждении Косого до нас не дошло. Но, можно думать, что Феодосия наказали также весьма мягко, отправив и его, и Игнатия в монастырь на покаяние. Однако будучи посаженными в монастырскую тюрьму, они опять-таки каким-то странным образом (как не вспомнить подобные эпизоды времени борьбы с «жидовствующими»!) вскоре сумели бежать в Литву, где Феодосий «прославился» как настоящий ересиарх. О нем инок Зиновий Отенский позднее писал, что дьявол развратил Запад Лютером, Восток Магометом, а Литву Феодосием.

Учение Феодосия известно нам, главным образом, по направленному против него полемическому трактату Зиновия Отенского «Истины показание». Феодосий проповедовал, что Бог строго един, отвергая догмат о Пресвятой Троице вполне в иудейском духе. Он также отрицал Божественное естество во Христе и догматы о Боговоплощении и Искуплении. Отрицал он Таинства и иерархию Церкви. Не почитал Богородицу и святых, не признавал икон, святых мощей, богослужения. Судя по трактату Зиновия, Косой призывал не участвовать в церковной жизни, не почитал святых мощей и икон, полагая их идолами. Феодосий отвергал также и все святоотеческие творения. Отрицая Церковь, Косой учил, что нужно не участвовать в ее внешнем культе, но лишь только жить по заповеди любви к ближнему. Однако как именно он трактовал эту заповедь, можно составить представление на основании требования Феодосия не подавать милостыни нищим, которых он называл «псами» по аналогии с евангельскими словами о том, что не подобает отнять хлеб у детей и отдать псам. Феодосий призывал не повиноваться властям. Он отрицал монашество и посты. Сам он, кстати, в Литве расстригся и женился на польской протестантке, тогда как Игнатий взял себе в жены иудейку. В своем учении Феодосий идет намного дальше протестантов своего времени. Это, бесспорно, в большей степени выученик «жидовствующих». Многое в учении Феодосия сближает его и с Социном. Кстати, даже брак Игнатия показывает, что, вопреки утверждению Голубинского, учение Феодосия Косого вовсе не было очистившимся от «жидовства» христианским рационализмом — от учения «жидовствующих» здесь по-прежнему присутствовало слишком много. В частности, Феодосий называл «столповыми книгами вероучения» Пятикнижие Моисеево. И наоборот, он считал подложным Послание апостола Павла к евреям, где ясно говорится о Божественном достоинстве Христа. На основании ряда источников можно полагать, что Феодосий отнюдь не был еретиком-одиночкой, а среди заволжского монашества существовала весьма многочисленная секта его единомышленников. В частности, Зиновий Отенский писал об учении Косого со слов его учеников — двух иноков Спасского монастыря в Старой Руссе и мирянина-иконописца.

Собор 1553-1554 гг. помимо вопроса о еретиках должен был также заняться рассмотрением еще одного неожиданно возникшего вопроса. Среди обличителей еретиков на Соборе присутствовал думный государев дьяк Иван Михайлович Висковатый, занимавший один из высших постов в государственном аппарате. Висковатый, которого давно уже смущали некоторые нововведения в иконописании, поднял этот вопрос на Соборе в ответ на высказанное царем пожелание, чтобы иконы писались с добрых образцов. Дьяк решил использовать процесс над еретиками, чтобы выступить перед Собором и царем со своими сомнениями. Висковатый протестовал против изображения на иконах невидимого Бога и Бесплотных Сил, приведя в пример неканоническую, на его взгляд, икону, написанную на текст Символа Веры. Висковатый считал, что Бог Отец не изобразим, но митрополит Макарий возражал ему, утверждая, что Отца изображают «по видению пророческому и по древним образцам». Вероятно, будучи утомленным борьбой с еретиками, Макарий грозно предупредил дьяка: «Ты стал на еретиков, смотри не попадись и сам в еретики». Однако Висковатый не успокоился, а подал Макарию подробное письменное изложение своих мыслей относительно проблем иконописания.

Поводом к недоумению дьяка послужили новые иконы, писанные мастерами из Пскова и Новгорода для московского Благовещенского собора и царской палаты, пострадавших от пожара 1547 г. На место погибших икон нужно было написать новые, и тогда митрополит и бывший настоятелем собора Сильвестр вызвали мастеров из пределов родной Новгородской епархии — из Пскова. Но написанные псковичами иконы были настолько необычны, что стали вызывать у некоторых, в том числе и у Висковатого, сомнения в их Православии. Иконы эти были в большинстве своем написаны в виде сложных аллегорических композиций, нередко — на богослужебные тексты. Это были такие образы, как «Символ веры», «Троица в деяниях», «Предвечный Совет». Особенно необычно выглядела четырехчастная икона, в состав которой вошли композиции «Почи Бог в день седьмый», «Единородный Сыне», «Приидите, людие, Триипостасному Божеству поклонимся» и «Во гробе плотски». Поскольку протопопом Благовещенского собора был Сильвестр, а другой соборный клирик Симеон обнаружил еретичество Башкина на исповеди, то Висковатый, вероятно, провел какую-то параллель между ересью и появлением этих столь необычных икон, заказанных Сильвестром. Поэтому дьяк и направил свои размышления на суд Собора.