Более устойчивый доход митрополичий дом получал от собственно митрополичьей области, то есть регионов, где сам митрополит являлся непосредственно епархиальным архиереем. Причем, область эта была весьма значительной. Она разделялась на два домена — Московский и Киевский. В первый входили: собственно Москва и ее область, Владимир, Кострома, Переславль-Залесский, а с середины XIV в. — Нижний Новгород и Городец Поволжский, отобранные у Суздальских епископов (в конце XIV — начале XV вв. на короткое время эти области возвращались Суздальской епархии) и ряд мелких городов с прилегающими землями. В составе западно-русского митрополичьего домена были: Киев, Вильно, Новгородок Литовский (ныне г. Новогрудок в Белоруссии), Гродно и некоторые другие города Литовской Руси. Как правило, если митрополия разделялась, то и обе митрополичьи области отходили соответственно к митрополитам Московскому и Литовско-Русскому. Если же митрополит был один (а резиденция его в таком случае находилась в Москве), то в Литве землями Первосвятительской кафедры управлял митрополичий наместник. Помимо того, что он был управляющим над собственно вотчинами, ему принадлежала в Западной митрополичьей области и вся та власть, которой обладали епархиальные архиереи, кроме права совершать хиротонии. Поскольку наместник был облечен священным саном (по обыкновению это были представители высших кругов монашества — архимандриты и игумены), то он совершал освящения храмов, подбирал кандидатов в клир митрополичьей епархии и посылал их для хиротонии к соседним архиереям, а также совершал от лица митрополита судебное разбирательство над духовенством и мирянами, подлежавшими митрополичьему суду и т. д. Эти наместники Русских Первоиерархов пребывали обычно в Киеве, при кафедральном храме св. Софии. Иногда таких наместников могло быть несколько, по числу крупнейших городов митрополичьей области Западной Руси. Наместники также назначались иногда и в города Московской Руси. Так, в частности, св. Алексий был некоторое время архимандритом-наместником св. митрополита Феогноста во Владимире, где позже стал епископом — викарием Предстоятеля Русской Церкви. Кроме наместников, существовали также митрополичьи десятинники (или иначе «десятильники») и волостели, управлявшие более мелкими округами, в которых они исполняли, как правило, обязанности судей и сборщиков податей и пошлин.
Митрополичья казна пополнялась за счет церковной области Первоиерарха путем взимания пошлин с приходов и клира — т. н. «зборного» или «заезда». Эти средства взимались обычно при объезде митрополитом своей епархии, откуда и происходит их название. Различали по времени взимания «рождественские» и «петровские» сборы. Кроме того, Предстоятель Русской Церкви вершил суд над духовенством своего округа и мирянами своих вотчин и иных церковных земель, за что собиралась судебная пошлина. Однако, наибольший доход приносили Первенствующей кафедре ее непосредственные земельные владения — вотчины. Они были немалыми, особенно после того, как с переездом митрополитов во Владимир, а потом в Москву, Первосвятители присоединили к своим прежним владениям и все земельные уделы Владимирской кафедры. С течением времени Русским митрополитам делались новые подарки и вклады селами и землями от князей и бояр. Многое было целенаправленно приобретаемо самими иерархами. Так, например, св. Алексий купил земли по Оке, где возник город Алексин. К данной категории земельной собственности тесно примыкали и митрополичьи монастыри, за которыми также числились значительные вотчины. К таковым относились Чудов в Московском Кремле, Благовещенский в Нижнем Новгороде, Константиновский и Борисоглебский во Владимире.
В целом же можно полагать, что доходы митрополичьей кафедры были весьма высоки. В рассматриваемую нами эпоху это, бесспорно, была богатейшая митрополия Константинопольской Церкви, за счет которой во многом существовал и сам Вселенский патриарх и император обнищавшей Византии. На Руси же по уровню доходов митрополит вполне мог потягаться со многими удельными князьями.
Еще большее сходство с великокняжеским митрополичий двор получил после того, как при нем были введены такие же придворные должности, какие существовали при дворе великого князя: бояре, стольники, конюший, отроки, слуги. Резиденция митрополита в Кремле обыкновенно именовалась дворцом. Существовал также митрополичий полк, имевший своего воеводу. Все эти установления возникли в XIV в., вероятнее всего после того, как святитель Алексий стал правителем Русского государства при малолетнем великом князе Димитрии Иоанновиче. Помимо этого известно немало эпизодов из истории Руси, когда митрополиты активно выступали и как государственные деятели. Традиционной была их политическая линия, направленная на поддержку московской великокняжеской династии и ее усилий по объединению Руси. Связано это было не с субъективными симпатиями Первоиерархов Русской Церкви, но с твердой убежденностью, что создание могущественного, объединенного православного государства станет бесспорным благом для Церкви Христовой. В свою очередь, и великие князья выказывали Предстоятелям Русской Церкви свою поддержку и уважение, видя в них самых надежных союзников. Нередко митрополиты выступали как душеприказчики московских государей, выполняли важнейшие дипломатические поручения.
Устроение епархий Русской Церкви было во всем подобно тому порядку, который существовал в митрополичьей области. Естественно, что масштаб при этом был значительно меньшим. Однако существовали всюду те же волостели и десятильники, нередкими были и должности наместников в крупнейших городах епархий. А второй по значению после митрополита архиерей Русской Церкви — архиепископ Новгородский — даже имел свой двор, во всем подобный митрополичьему: с боярами, стольниками и даже архиерейским полком. Избирался новгородский владыка вплоть до конца XV в. исключительно самими новгородцами, на вече, иногда с помощью жребия, когда имелось несколько кандидатов. Политическое значение архиепископа в Новгороде было чрезвычайно велико, даже в сравнении с митрополитом всея Руси. Новгородский архиерей считался в Новгороде первым лицом. Он был по сути возглавителем Новгородской боярской республики: по его благословению Новгород заключал мир или объявлял войну, решал внутренние дела города и всей Новгородской земли.
В самом епархиальном устроении Русской Церкви в «Монгольский» период произошли большие перемены. Так, ввиду страшного разорения ряда земель были упразднены епископии: Черниговская, Переяславская (вероятно, кафедра эта в 1269 г. была объединена с новосозданной Сарайской), Белгородская и Юрьевская (в домонгольский период обе были викаритствами при Киевской митрополии). Также в 1250 г. была перенесена кафедра из Угровска в Холм, ставший новой столицей князя Даниила Галицкого. Другие же кафедры, хотя и сохранились, однако, как можно полагать, довольно долго бывали вакантными: о некоторых их них новые упоминания появляются лишь к исходу XIII — началу XIV вв. Как уже упоминалось, епархия Владимирская, восстановленная в 1274 г., с 1299 г. стала основной частью митрополичьего округа после того, как резиденция Предстоятеля Русской Церкви была перенесена во Владимир.
Однако изменения на политической карте Руси, последовавшие за Батыевым нашествием, привели также и к созданию нескольких новых епархий. Помимо уже упоминавшейся Сарайской, созданной в 1261 г., в 1271 г. открывается епископия в Твери. В 1347 г. появляется Суздальская епархия. В 1353 г. Коломна на Оке также получает своего архиерея. Около 1360 г. открыта епархия в Брянске, куда перемещается древняя кафедра Черниговских епископов. В 1383 г. усилиями великого миссионера св. Стефана открывается Пермская епархия. Некоторые исследователи полагают, что впервые упоминаемая в 1288 г. Луцкая кафедра на Волыни также была учреждена в монгольский период, но более вероятно, что она существовала уже в I-й половине XIII в. На короткое время в 1389 г. была также открыта епархия Звенигородская, но просуществовала она совсем недолго. Неудачей закончились и попытки псковичей открыть епископию в своем городе в 1331 г.
