Долгое время Алексей Михайлович находился под обаянием личности Никона. Энергичный и властный священнослужитель прочно обосновался в душе молодого царя, всячески замыкая на себе его внимание, тем самым вытесняя всё другое, отвлекая от необходимости вникать в неотложные государственные дела. Постепенно Никон оказался незаменимым наставником, стал советником царя не только в богослужебных, но и в светских делах. Одна из главных тем, к которой собеседники обращались, — превосходство церковной власти над светской. «Священство выше царства», — утверждал патриарх. При этом Алексей проявлял удивительную сговорчивость, едва ли не покорность. Так было до тех пор, пока властолюбие Никона стало чрезмерным даже для «тишайшего» царя, вынудив его отказаться от поддержки «собиного друга» и отправить последнего в ссылку. Но это не сопровождалось отказом от взлелеянной Никоном идеи — подчинения христианских церквей Востока Московскому патриархату. Несмотря на массовое неповиновение, царь продолжил церковную реформу, возводя ее продвижение на государственный уровень. Постепенно нарастала волна репрессий, продолжилось тотальное искоренение староверческих общин. «Церковная затейка» положила начало кровавой общенациональной распре, наложившей отпечаток на весь последующий ход российской истории.

По мере того как скапливались, нарастая лавиной, проблемы, в самодержце все реже пробуждалось желание заниматься их разрешением. Уже не было речи о его участии в военных походах: прежние подобные попытки привели и его самого, и окружение к мысли, «насколько мало было пользы от его присутствия там». Особенно убедительным оказался безуспешный поход русского войска против Швеции в 1656–1658 годах, который поначалу возглавил сам царь. Внимание Алексея Михайловича с тех пор все больше стали занимать обустройство церемониальных шествий, торжественные выходы на престольные праздники, паломничества, раздача милостыни, масштабы которой изумляли иностранцев. В то время, когда русское войско, истекая кровью, гибло на Украине, самодержец, поглощенный соколиной охотой, обобщал свой опыт в написании труда «Соколиный урядник». Осознание величия, исключительности своей роли пробудило в нем стремление к самовозвышению, укрепило в той мысли, что он, многогрешный царь Алексей, движим «повелением всесильным, и великого, и бессмертного, и милостливого Царя царям и Государя государем и всех всяких великих сил повелителя Господа нашего Иисуса».

Характер самодержца и усвоенные им традиции придворной жизни вели к бесконечному затягиванию самых насущных вопросов. Многолетней тяжбой обернулся вопрос о лишении Никона патриаршего сана. Как обустроить церковную процедуру, придав ей легитимный характер — эта проблема, которая неотступно преследовала царя. Как добиться консенсуса среди иерархов, как и какую поддержку следует получить извне от православных церквей Востока — на это уходило время, направлялись немалые средства и усилия царского окружения. Заочное противостояние царя и патриарха продлилось до 1666 года, когда на церковном соборе произошло низложение Никона, однако внутрицерковные противоречия сохраняли свою остроту, оставляя все меньше времени на решения государственных дел.

Удаление Никона из Москвы в 1658 году и уход из жизни в 1661 году боярина Морозова окончательно избавили Алексея Михайловича от прежних опекунов и наставников. К тому времени вокруг обретающего уверенность в себе самодержца собралась команда из высокородных управленцев, уверенно занимавших командные высоты. В основном это были выдвинутые Морозовым родственники или выходцы из дружественно настроенного к нему круга наследственной элиты. Именно этим людям предстояло и далее вести дела, выполнять государственную работу. Они делали ее так, как это у них получалось, насколько хватало унаследованных природных качеств, ума, таланта. Традиции сословно-представительной системы власти не позволяли никому другому находиться рядом с престолом.

Судьбам тех, кто доминировал в летописях того времени, кто оказывался на острие важнейших событий, трудно позавидовать. Их усилий и способностей едва хватало на борьбу за сбережение, за выживание государства. Каскад событий, исход которых решался в жестком, кровопролитном противостоянии с врагом внешним и внутренним, не оставлял им ни времени, ни сил для мирной созидательной работы. Круг тех, кто был вовлечен Алексеем Михайловичем в реальное государственное управление, оказался не столь велик, как этого требовали обстоятельства. Среди них не хватало даровитых людей, обладавших исключительными достоинствами, которые могли бы возвыситься над всеми остальными. Те же, кто находился «под рукой», не всегда умели решать проблемы так, как это от них требовалось, не всегда оказывались на должной высоте. Элита, отмеченная заслугами предков, за редкими исключениями, не в состоянии была выдвинуть из своей среды годных к делу людей, способных предложить единственно правильное решение — «в нужный момент в нужном месте». Выходцам из других сословий, таким как Ордин-Нащокин, не будь он вовремя замечен и поддержан самим царем, выбиться наверх удавалось лишь в исключительных случаях.

В эту пору Русь вступила в самый тяжелый, небывалый по своему драматизму период. Военный поход против Швеции был остановлен под Ригой. В ходе трудных переговоров в Валиесари Ордину-Нащокину в 1658 году удалось завершить неудачную войну трехлетним перемирием. Тем временем Речь Посполитая и союзные ей силы с еще большим ожесточением возобновили военные действия на Украине. Одно поражение за другим с угрозой вести войну на два фронта вынудили Алексея Михайловича уступить все прежние завоевания на прилегающих к Балтике пространствах и вернуться к признанию условий Столбовского договора 1617 года. В Москве нарастал народный протест против церковных нововведений; ответом на денежную реформу, целью которой было пополнение скудеющей казны путем замены полновесных серебряных монет на медные, стал Медный бунт; далее последовало мощное народное восстание под предводительством Степана Разина, которое удалось подавить с большим трудом.

В 1649 году по настоянию Алексея Михайловича произошло выдворение из Московии английских купцов. Причина, объявленная народу, состояла в том, что «русские купцы обедняли», а «английские немцы обогатели». Но главным поводом для их изгнания послужило известие о казни британского короля Карла I, вызвавшее болезненную реакцию у русского монарха. Особое впечатление на самодержца произвела не сама казнь, а стойкое поведение английского монарха, который взошел на эшафот мужественно, с достоинством. Перед тем как положить голову на плаху, король не позволил палачу остричь длинные, спадающие на шею волосы и сам заправил их под головной убор. От пережитого Алексей Михайлович даже слег в постель. Тот факт, что англичане «короля Карлуса убили до смерти», не только вызвал у царя бурю эмоций, но и заставил убрать из Москвы купцов-англичан, что в итоге обернулось против своих же экономических интересов. Устранение англичан-конкурентов позволило голландцам далее господствовать на русском рынке, произвольно устанавливая цены на заморские товары.

Как ни пытался впоследствии Ордин-Нащокин доказывать, что английские купцы для Московии не менее важны, чем голландские, что их присутствие на внутреннем рынке влияет и на уровень цен, и на качество поставляемых товаров, царь остался глух к подобным доводам. Подпевалы-шептуны в лице влиятельного боярина Хитрово, для которого интересы голландских купцов составляли одну из статей его личного дохода, сделали свое дело — Алексей Михайлович оставался непреклонен. Эта мера, как и другие подобные ей, подтачивала экономику государства, сокращая и без того скудную доходную базу бюджета.

Постичь внутренний мир, природу жизненных проявлений человека родом из XVII века — задача не из легких. Тем более когда это касается царя Алексея Михайловича, чьи решения часто зависели от подсказки близких к престолу лиц, объяснялись далекими от политики мотивами и соображениями. Российский престол достался юному царю прежде времени, когда еще не пришла пора его превращения в полноценную личность. Это сказывалось на самочувствии, на мировосприятии, в конечном счете на характере его общения с окружающими. Взросление царя было прервано прежде времени, оттого в его жизни возникло немало такого, что ставило его в тупик. Познание своей роли самодержца, государственного деятеля оказалось для Алексея Михайловича долгим и трудным еще и потому, что он искренне считал, что любые события происходят «не человечьим хотением, но Божьим соизволением». В этой истовой набожности его укрепляли и старательно поддерживали церковники, окружавшие царя. Науку властвовать он осваивал как придется, оттого и поступки, и поведение при взгляде на них со стороны приобретали порой шаржированные формы. Осваивать механизм власти он был вынужден по ходу жизненных обстоятельств, внимая советам не самых умных и далеко не бескорыстных царедворцев.