Церковное окружение пыталось укрепить в Алексее Михайловиче стремление не столько править, сколько царствовать, напоминая о том, что он, «помазанник божий», в мирской жизни выступает «глашатаем божественной воли». Особенно усердствовал в этом его духовник Стефан Вонифатьев: «Если поискать в нынешнее время благоверного царя, — то нет во всех народах, кроме русского народа, право верующего царя. И если царь наш верою прав, то он должен неленностно изыскивать и рассматривать все, что относится к общему благополучию всех его подданных. Но не о благе одних вельмож пещись, но и всех до самого последнего. Ибо вельможи никогда не удовольствуются одними своими трудами». Главной целью Вонифатьева было внушить царю идею мирового величия Русского царства, а он, царь, «тем велик, что и верою прав». Вонифатьев был не одинок в этой своей уверенности. Теория Москвы — Третьего Рима — в изложении инока Филофея утверждала: «Во всей поднебесной — единый христианский царь и браздодержатель и божьих святых. Единая святая вселенская апостольская церковь вместо Римской и Константинопольской находится в богоспасенном граде Москве». Усилиями близких к царю церковных деятелей, а затем и представителей христианских церквей Востока эта грандиозная цель постепенно захватывала воображение Алексея Михайловича, подчиняя все его помыслы и деяния.

Одним из препятствий ее осуществлению, по мнению церковников, выступали представители светской власти, особенно те из них, кто уводил мысль царя в сторону земных, обыденных проблем. В данном случае обращает на себя внимание весьма определенное отношение царского духовника к вельможам, знати. Они, по его мнению, — «помешка» царю в свершении богоугодных дел. Вонифатьеву вторит его современник, монах Иван Пересветов. «Вельможи, — пишет он в своем «Сказании о царе Константине», — се яко змеи, много, но пользы мало. Таких подобает огнем жещь и иным лютые смерти давати, чтобы зло не множилось». Чем руководствовались эти двое, как, впрочем, и другие церковники? Что стояло за этими поношениями «вельмож», а по сути, представителей государственной власти? На поверхность выступает не что иное, как исторически уходящее в византийское прошлое стремление церковников если не подменить светскую власть, то оттеснить ее от престола, быть единственными и незаменимыми для самодержца во всех его помыслах и делах.

Алексей и по природе своей, и в силу «тепличного», далекого от реальной жизни воспитания был доверчив. Он принимал на веру, особенно в начале своего царственного пути, буквально все, что ему преподносили. Происходящее вокруг было разумно, правильно, делалось так, как надо. В этой атмосфере прошли первые годы его царствования. Порядок вещей, при котором начинающий самодержец был ограничен в возможностях выстраивать собственное мнение о людях и событиях, мог сохраняться еще долго. Привязанность царя к Морозову, безграничное доверие к своему воспитателю позволили тому по сути дела править делами государства. Манипулируя сознанием Алексея Михайловича, Морозов и его окружение имели возможность продвигать свои, нигде и никем не обсуждаемые и не согласуемые решения. Тех, кто мог посоперничать или составить оппозицию Морозову, старались отправить куда-нибудь в отдаленные регионы или опорочить в глазах царя. Вседозволенность развязала руки тем, кто ощутил себя реальной силой во власти. «Правеж», выколачивание недоимок у населения стал в их руках ходовым средством. На этот счет у новой власти имелись и объективные причины: плачевное состояние дел в экономике, в финансах. Таким был итог предшествующего царствования. Как и в иные времена, это ущербное состояние определялось словом «застой». Однако в стремлении наверстать упущенное, преодолеть застойные тенденции власть перешла все разумные пределы. Бесконтрольное увеличение налогов, жесткие меры взимания недоимок привели к гневным протестам, выросшим в Соляной бунт.

Трагические события, в ходе которых и самому Алексею Михайловичу довелось пережить немало, произвели поворот в его сознании. Главный урок, который был преподан начинающему самодержцу, состоял в том, что боярин Морозов, — человек, которому он бесконечно доверял, в правильность действий которого безоглядно верил, — едва не довел до гибели и себя, и царя, и все царство. Отрезвление, остужение страстей последовало за кровавыми, «бунташными» событиями. Атмосфера согласия, тяга к здравомыслию предопределили проведение Земского собора 1649 года и утверждение на нем Соборного уложения — свода законов, призванных умерить межсословные противоречия, укрепить роль самодержавной власти, утвердить «суд праведный равным для всех». Участие Алексея в соборных заседаниях свидетельствовало о его растущей включенности в государственные дела. Правда, роль его по-прежнему оставалась символической, от него требовалось всего лишь представительствовать. Тогда главенствующее положение во власти стал занимать ближний боярин Никита Одоевский, для которого присутствие царя при решении государственных дел было весьма важно.

Тем временем на Украине складывались обстоятельства, чреватые возникновением гражданской войны. Необходимость оказывать всемерную помощь новому союзнику довольно скоро потребовала военного вмешательства Московии в украинские дела. Усобицы между гетманами принимали все более острые формы, побуждая некоторых из них искать поддержки на стороне. В пространство Украины, разделяемое внутренними противоречиями, непримиримыми амбициями казацких вождей, все более втягивались Речь Посполитая, Крымское ханство, Швеция, Московия. Гетман Богдан Хмельницкий вышел из-под покровительства польской короны и решил принести присягу на верность русскому престолу. Это решение было подтверждено заседанием Переяславской рады, после чего русская армия выступила на помощь украинцам.

В мае 1654 года «любопытный и приятный, но более благородный, чем практически полезный правитель» Алексей Михайлович во главе войска отправился на войну. Для него эта пора стала по-своему этапной и в формировании личности, и в открытии новых представлений о реальностях другого, неведомого для него мира. Он узнал мир, «где больше знали и умели, привольней и веселее жили». Общение с военачальниками «развивающим образом» подействовало на самодержца, изменился его взгляд на самого себя. Он обрел новый опыт, и это побудило в нем потребность, тягу к самообразованию. С тех пор он стал внимательнее относиться к своему окружению, более пристально вглядываться в то, как ведутся дела в подвластном ему царстве. Алексей хоть и медленно, но прозревал, открывая пробелы в самом себе, как и в том, чем оборачиваются и к чему ведут «злохитренные московские обычаи». Царские распоряжения исполнялись плохо, постоянно давали о себе знать волокита, стремление уклониться, где только можно, от своих обязанностей, обман и лицемерие. Самодержца все больше одолевали размышления о смысле своего нахождения на вершине власти, о том, как добиваться добросовестности, ответственности за порученное дело.

Тогда и было положено начало идее создания приказа Тайных дел — структуры, наделенной функциями контроля за исполнением государственных функций и обязанностей. Первой из задач стало установление подлинной картины событий, последствий поступков и решений государевых людей, сведения о которых приходили в Москву в искаженном виде. Постепенно негласный надзор распространялся все шире, оказывая влияние не только на характер и ход государственных дел, но и на другие сферы, в том числе придворные, касающиеся царствующей особы. Таким образом, обычное ведомство превратилось в средство устрашения, возвысившись над всеми другими структурами исполнительной власти.

Однако к тому времени, когда приказ Тайных дел обрел влиятельность, а самодержец почувствовал вкус к управленческой деятельности, вектор движению царствования Алексея Михайловича был уже задан. Ничто не могло изменить смысл и характер того, что далее будет предопределять ход событий. Во многом судьбу царствования Алексея Михайловича определили две фигуры — Борис Иванович Морозов и патриарх Никон. Именно ими был заложен и стал осуществляться курс, по которому на протяжении второй половины XVII века следовала Русь. Завладев доверием неискушенного в жизни царя-подростка, и Морозов, и Никон, каждый по-своему, долгое время уводили его интересы в сторону от государственных дел. Один — потакая его обыденным житейским утехам, другой — оставляя его в религиозном оцепенении. И тот и другой, не располагая ни знаниями, ни государственным мышлением, навязывали царю свои представления, оказывали влияние на ход государственных дел. Последствия шагов, предпринятых или вдохновленных ими, с течением времени приняли необратимый характер.