Академик С. Б. Веселовский приходил к выводу, что опала на Евстафия Пушкина не отразилась на благополучии всего рода, который вопреки словам поэта не был ни «мятежным», ни враждебным Годунову. Однако историк В. И. Корецкий, проанализировав архивные материалы, которые не были учтены С. Б. Веселовским, пришел к иным заключениям. В 1600 г., вскоре после опалы на Романовых и ссылки этого рода, холопы Евстафия Пушкина донесли, что их господин говорит крамольные речи, направленные против царя. Пушкин якобы жаловался своим братьям на то, что царь Борис, обещав в начале правления никого не наказывать, стал «розсылати в заточение таких великородных и ближних людей», как Федор Никитич Романов и его родственники. За это и сам Евстафий, и его братья попали в опалу и были высланы из Москвы на дальние воеводства в Сибирь, в основном вторыми воеводами.

Более того, как полагает Корецкий, А. С. Пушкин знал подробности этого следственного дела и пользовался какими-то семейными источниками, не известными Н. М. Карамзину, автору «Истории государства Российского», которая считается основным источником трагедии «Борис Годунов». В своем монологе Афанасий Михайлович Пушкин в доме князя Василия Шуйского повторяет те же обвинения, которые (согласно доносу) выдвигал против царя Евстафий Михайлович Пушкин:

Таким образом, Корецкий пришел к выводу, что прототипом Афанасия Михайловича Пушкина из трагедии «Борис Годунов» был думный дворянин Евстафий Михайлович Пушкин. Перемена имени могла произойти как от ошибки переписчика (древнерусская форма Астафий сходна с именем Афанасий), так и от того, что поэт сам придал ему более поэтическое звучание.

Евстафий Пушкин и его брат Никита оказались в Тобольске. Там Евстафий и скончался в 1603 г., приняв перед смертью монашество с именем Евфимия. Сына Евстафия – Луку – сослали в Мангазею, в другие сибирские города – Гаврилу Григорьевича (троюродный брат Е. М. Пушкина), Василия Никитича, Савлука Третьякова и Федора Семеновича (сын опричника) Пушкиных. Еще двое Пушкиных (Леонтий и Иван Меньшой Михайловичи) вообще лишились своих вотчин и «животов» (имущества) за «раскручинившее» царя Бориса местничество с князьями Елецкими и также оказались в Сибири.

Лишь с появлением у южных границ России армии Лжедмитрия I Борис Годунов, ощущая нужду в ратных людях, возвратил из ссылки некоторых Пушкиных. Гаврилу Григорьевича направили вторым воеводой в Белгород, Леонтия Михайловича – в действующую армию, впоследствии он погиб в бою под Кромами в 1605 г. Еще двое Пушкиных попали на литовский рубеж, и один из них, Афанасий Иванович, сложил голову в том же Кромском бою, где и Леонтий Михайлович.

Гаврила Григорьевич Пушкин – личность яркая и замечательная. Им восхищался поэт: «Он был особенно талантлив – как воин, как придворный и в особенности как заговорщик». Согласно семейному преданию, после рождения младшего сына А. С. Пушкин предложил Наталье Николаевне на выбор два семейных имени для новорожденного: Гаврила и Григорий. Супруга поэта выбрала второе.

Гаврила Пушкин был не больше ни меньше как зятем самого Ивана Грозного. В 1579 г. он женился на Марии Мелентьевне Ивановой, дочери казненного в опричнине дьяка и Василисы Мелентьевой, шестой жены царя. Дьяческая вдова, пожалуй, самая загадочная из всех жен Ивана Грозного. Одно время ее существование даже подвергалось сомнению – считалось, что запись об этом браке подделана владельцем «Хронографа о браках царя Ивана Васильевича» известным мистификатором Сулакадзевым. Однако существующие помимо этого источника документы подтверждают факт женитьбы царя Ивана на Василисе Мелентьевой. Не вполне ясно, был ли Иван Грозный женат на Василисе церковным браком. В любом случае, она недолго была женой царя и вскоре умерла.

К сожалению, А. С. Пушкин не знал о столь высоком родстве своего предка Гаврилы, иначе, можно полагать, он бы обыграл это в «Борисе Годунове» и, возможно, в других произведениях.

Впрочем, брак на падчерице грозного царя не повлиял на служебную карьеру Гаврилы Пушкина. В течение долгого времени Гаврила Пушкин прозябал в незначительной должности «татарского головы» (начальника отряда служилых татар). Опала на Пушкиных ухудшила его положение. Появление же самозванца решило судьбу Гаврилы Пушкина. Мы не знаем, на каком этапе продвижения Лжедмитрия I Гаврила Пушкин оказался в числе его сторонников, но после восстания в Кромском лагере (7 мая 1604) он встречается среди доверенных лиц самозванца.

Из Кромского лагеря Лжедмитрий I неоднократно посылал в Москву посланников с грамотами, но все они попадали в руки правительства. Наконец двоим, благодаря ловкости и удаче, удалось добиться успеха. Это были Гаврила Пушкин и Наум Михайлович Плещеев. Войдя в Красное село, они возмутили «прелестными грамотами» крестьян и в сопровождении большой толпы народа прорвались в Москву. В Москве на Красной площади Гаврила Пушкин с Лобного места прочитал грамоты Лжедмитрия I, призывавшие свергнуть царя Федора Годунова – дальнейшие события хорошо известны. Династия Годуновых пала, и на трон взошел Лжедмитрий I.

В награду за деятельное участие в воцарении самозванца Пушкин получил чин думного дворянина и должность сокольничего, которую сохранил и при следующем царе – Василии Шуйском. Во время борьбы Шуйского против Болотникова и Лжедмитрия II Гаврила Пушкин и его брат Григорий Сулемша неоднократно возглавляли войска в различных походах против мятежников. Участвовал Гаврила Пушкин и в злосчастной Клушинской битве, когда русские войска потерпели сокрушительное поражение от поляков. После разгрома Пушкину удалось через леса и болота бежать в Можайск, а оттуда в Москву.

Столица бурлила в преддверии нового мятежа. Свержение Василия Шуйского организовал Захарий Ляпунов. Гаврила Пушкин примкнул к заговорщикам и участвовал в насильственном пострижении царя Василия Шуйского в монахи (19 июля 1610).

Позднее Г. Г. Пушкин примкнул к Первому ополчению. В 1612 г. он находился в «таборах» князя Д. Т. Трубецкого, а после воцарения Михаила Федоровича защищал от поляков Устюжну, позднее был воеводой в Вязьме, а в 1619 г. возглавил Челобитный и Разбойный приказы. В том же году в составе торжественного посольства Гаврила Пушкин встречал государева отца Филарета Никитича Романова в Вязьме. Однако это не спасло его от немилости властного Филарета. Филарет, сам некогда насильственно постриженный в монахи и томившийся в польском плену, чтил память царя Василия Шуйского и преследовал его противников. Он отстранил Пушкина от управления приказами и в 1626 г. сослал его в имение, где Гаврила и умер, приняв перед смертью монашество с именем Герасима.

Сыновья Гаврилы Пушкина в начале правления царя Михаила находились в ссылке с отцом, потом возвратились ко двору и достигли значительных успехов. Григорий Гаврилович Косой в 1645 г. был пожалован в окольничьи, в 1646 г. входил в состав посольства в Швецию и тогда же получил боярство, а на следующий год должность оружничего, ведавшего не только царским вооружением, но также Оружейным и Ствольным приказами, Серебряной и Золотой палатами. Связь Г. Г. Пушкина с царскими мастерскими известна еще раньше. В 1643 г. он руководил работами по восстановлению фресок Успенского собора. Младший брат Гаврилы, Степан, достиг должности окольничего.

Из того же поколения, что и сыновья Гаврилы Григорьевича, вышел еще один значительный представитель рода – Борис Иванович, племянник Евстафия Михайловича, сын Ивана Большого. В 1611 г. он входил в состав русского посольства к Сигизмунду III, которое возглавляли Филарет Романов и князь Василий Голицын. Вместе с другими членами посольства Борис Пушкин был задержан поляками, протомился в плену восемь лет и возвратился вместе с Филаретом в 1619 г. При царе Михаиле он возглавлял различные приказы, воеводствовал в городах, а при Алексее Михайловиче получил чин окольничего.