В царствование Бориса Годунова его родственники заняли ключевые позиции в государстве: Дмитрий Иванович стал конюшим (первым) боярином, Степан Васильевич (троюродный брат Бориса) – дворецким и начальником тайной полиции. Позднее его сменил на этой должности другой Годунов – Семен Никитич, которого называли «ухом царя». Другие Годуновы получили боярские и окольнические чины.
Царь Борис, слабый здоровьем, испытывал опасения за судьбу своей династии. Стремясь укрепить трон, он решил разделаться с наиболее выдающимися боярскими родами. В 1600 г. обвиненные в мнимых преступлениях, арестованы и разосланы по тюрьмам бояре Романовы и их родственники. Опасался Борис и других бояр: наиболее знатным членам Боярской думы, князьям Федору Ивановичу Мстиславскому и Василию Ивановичу Шуйскому, он запрещал жениться с тем, чтобы род их прекратился и не представлял опасности для потомков самого Годунова. Расправа с видными боярскими родами ужаснула современников. Впоследствии многие видели в ней одну из причин несчастий, постигших Годунова и все государство при его правлении.
В 1601–1603 гг. на Россию обрушился и страшный голод. Смертность достигала огромных размеров. Современники пишут о 127 тысячах умерших от голода. Вероятно, эти данные сильно преувеличены, но несомненно, что счет умерших шел на десятки тысяч. Стало распространяться людоедство.
Царь Борис как мог боролся с бедствием. Он повелел раздавать деньги и хлеб нуждающимся, организовал масштабные строительные работы в Москве, с тем чтобы прокормить население. Энергичные меры царя по оказанию помощи страдающему от голода народу не давали своего результата – приток голодающих, устремившихся в столицу, привел к быстрому истощению казенных запасов. В то же время монастыри и бояре предпочитали придерживать свои запасы зерна, наживаясь на бедствии.
В результате голода многие бояре распустили своих боевых холопов, поскольку не могли их обеспечить. Бывшие боярские холопы, привычные к военному делу, стали собираться в разбойничьи шайки. Сражение между отрядом царского воеводы И. Ф. Басманова и целой армией разбойников под началом атамана Хлопка произошло под самой столицей. Басманов погиб, но разбойники потерпели поражение, а их атаман был взят в плен и повешен. Остатки армии Хлопка бежали в пограничные с Литвой земли. Воеводы Годунова ловили и вешали мятежников, но волнение улеглось лишь ненадолго. Надвигались грозные события…
В 1602 г. в Литве появился человек, который принял имя умершего царевича Дмитрия, и утверждал, что он чудом спасся от рук убийц с тем, чтобы покарать Годунова и возвратить себе отцовский престол. Правительство Годунова довольно быстро установило истинное имя самозванца – им оказался дворянин Юрий Богданович Отрепьев, в монашестве Григорий. До 1600 г. Отрепьев служил Михаилу Романову, а после опалы на своего господина, принял монашеский постриг, вероятно спасаясь от наказания. Как зародилась в его голове мысль принять имя умершего царевича, мы, вероятно, никогда не узнаем, однако смелости и решительности самозванцу, который вошел в историю под именем Лжедмитрия I, было не занимать.
При тайном покровительстве польского короля Сигизмунда III самозванец довольно скоро собрал армию в три тысячи человек из польской шляхты (дворянства), русских беглецов, донских и запорожских казаков. 13 октября 1604 г. небольшое войско самозванца перешло границу и вторглось в пределы России. Появление «царя Димитрия», обещавшего народу щедрое жалованье и благоденствие, вызвало на охваченных недовольством и брожением землях эффект искры, попавшей в пороховой погреб. Приграничные города сдавались один за другим: народ хватал воевод и передавал их Лжедмитрию. Часть воевод сами перешли на сторону самозванца, признавая в нем «царевича».
Боевые действия царской армии против войска Лжедмитрия I были не слишком успешны. 21 декабря 1604 г. самозванец разбил годуновских воевод под Новгородом-Северским, но уже через месяц (21 января 1605) сам потерпел жестокое поражение при селе Добрыничи. Этот успех царской армии оказался и последним. Продвижение ее остановилось под небольшим городком Кромы, оказавшим правительственным войскам неожиданно упорное сопротивление. А в это же самое время вокруг самозванца собирались все новые и новые сторонники.
Действия царской армии способствовали пополнению армии самозванца. Воеводы жестоко казнили и мучили население тех земель, которые поддержали Лжедмитрия I. Местные жители бежали из своих сел и поднимались против Годунова.
Армия Бориса Годунова под Кромами таяла из-за дезертирства. В воинском стане начались болезни. Между тем оправившийся от поражения Лжедмитрий вел из Путивля активную и весьма успешную агитацию, обращаясь к населению Северщины и южных крепостей, да и к царским воеводам. Исход этого противостояния решила внезапная смерть царя.
13 апреля 1605 г. неожиданно для всех скоропостижно скончался Борис Годунов. Умирающего царя успели постричь в монахи с именем Боголеп, а на следующий день Москва принесла присягу царевичу Федору Борисовичу Годунову, единственному сыну покойного царя. Внезапная смерть вызвала множество слухов. Царь будто бы в ужасе и порыве раскаяния принял яд. Однако более верным представляется известие, что причиной смерти Бориса Годунова стал апоплексический удар – паралич. Годунова похоронили в древней царской и великокняжеской усыпальнице – Архангельском соборе Московского Кремля.
Судьба царя Бориса связана с удивительным парадоксом. Он стремился оказать реальную помощь народу, повысить его благосостояние, укрепить военную мощь и внешнеполитическое положение державы. Однако не только не был популярен, но и, наоборот, зачастую ненавидим. Причина подобного отношения к царю крылась, вероятно, в том, что общество не могло простить ему восхождения на царский трон из толпы подданных. В русских исторических повестях начала XVII в. Годунов часто называется «рабо-царем», т. е. царем из рабов. Восхождение его на престол разрушало идею священной и недосягаемой царской власти, имеющей не земное, а небесное происхождение. «Первый, – писал о Годунове и Лжедмитрии I современник событий дьяк Иван Тимофеев, – был учителем для второго… а второй для третьего и для всех тех безымянных скотов, а не царей, которые были после них».
Правление Федора Годунова – самое непродолжительное царствование в истории России – было лишь слабой попыткой остановить крушение династии Годуновых перед лицом торжества Лжедмитрия I.
Вскоре после смерти Бориса Годунова несколько воевод царской армии, стоявшей под Кромами, организовали заговор с целью перейти на сторону самозванца. Утром 7 мая мятежники бросились на воевод, верных Годуновым, и схватили их. Воеводы – князь М. П. Катырев-Ростовский, князь А. А. Телятевский и некоторые другие – попытались оказать сопротивление и сдержать мятеж, но были вынуждены бежать. Вместе с ними восставший лагерь покинули еще несколько сотен, верных царю Федору Борисовичу воинов. Мятежное войско соединилось с кромским гарнизоном и отправило посольство в Путивль с изъявлением покорности самозванцу. Участь царя Федора была решена.
Шествие Лжедмитрия I от Путивля до Тулы можно назвать триумфальным. Массы народа стекались приветствовать «истинного царевича». Из-под Тулы в Москву самозванец отправил гонцов – Г. Г. Пушкина и Н. М. Плещеева – с призывом к москвичам свергнуть царя Федора и его мать царицу Марию Григорьевну и признать его права на престол. Казаки атамана Корелы доставили посланцев Лжедмитрия I в Красное село, где Пушкин и Плещеев привлекли на свою сторону «мужиков красносельцов». В сопровождении большой толпы «мужиков» посланцы проникли в Москву и на Красной площади при большом скоплении народа прочли грамоту самозванца. Здесь вступил в дело Богдан Бельский. Он заявил, что самозванец – это истинный царевич, а Годуновы – узурпаторы престола. Стремясь отомстить Борису за унижения, Бельский не пожалел ни своей двоюродной сестры, царицы Марии Григорьевны, ни ее детей.
Это послужило началом к восстанию: народ бросился в Кремль, схватил Годуновых и начал грабить их дворы, а также дворы их однородцев – Вельяминовых и Сабуровых. Царя Федора, царицу Марию Григорьевну и царевну Ксению заточили на старом дворе Бориса Годунова. Погребение царя Бориса в Архангельском соборе было вскрыто, а его прах перенесен на кладбище Варсонофьевского монастыря, где хоронили бездомных и убогих. Москвичи принесли присягу новому царю.