Флиндерс был строгим и взыскательным командиром, не делавшим поблажек никому, в том числе и родному брату. Он заметил, что Сэмюэл относится к службе без должного рвения. «Второй лейтенант, — записал Флиндерс в судовом журнале, — не оказал мне той помощи в астрономических и картографических исследованиях, которую я от него ожидал, и ему было приказано самому производить наблюдения по ночам». В результате, как отмечал Флиндерс, «гордость заставила его работать и днем с той старательностью, с которой он помогал мне раньше».
В воскресенье 21 февраля случилось несчастье. Владелец «Исследователя» Джон Тистл, участвовавший в плавании, был послан с несколькими матросами на берег за пресной водой. В семь часов вечера с корабля заметили возвращавшуюся лодку с Тистлом и его спутниками. Но внезапно она исчезла. Немедленно была спущена другая лодка, поисковую группу возглавил лейтенант Фоулер. В половине десятого вторая лодка возвратилась. Фоулер сказал, что никаких следов лодки Тистла найти не удалось, да и его лодка едва не была перевернута сильным приливом.
Спустившаяся темнота не позволила Флиндерсу продолжать поиски. С рассветом они возобновились. Три дня искали исчезнувшую лодку. Все, что было обнаружено, — это отпечатки ног на берегу, парус и рея, плавающие недалеко от берега. В среду стало ясно, что никого из погибших найти не удастся, и Флиндерс вынужден был прекратить поисковые работы. Экспедиция понесла весьма ощутимую потерю: погибло восемь человек. Особенно тяжела для Флиндерса была смерть Джона Тистла, который являлся, как он писал, «действительно ценным человеком как моряк, офицер и добрый друг. Я знал его с 1794 г., и с того времени мы были почти всегда вместе». Место гибели Тистла и его спутников Флиндерс назвал мысом Катастроф. Он продолжал изучение этого района. 24 февраля члены экипажа, обследовавшие побережье, сообщили Флиндерсу, что к востоку от мыса видели залив. На следующий же день Флиндерс приказал плыть туда. Обогнув мыс Катастроф, «Исследователь» вошел в чудесную гавань, самую красивую на всем южном побережье. До 4 марта Флиндерс подробно изучал обнаруженный залив, который он назвал Порт-Линкольн. Двигаясь к северу от Порт-Линкольна, Флиндерс открыл широкий залив, названный им в честь первого лорда Адмиралтейства заливом Спенсера. Две недели исследовал Флиндерс его берега. Выйдя из залива с восточной стороны, Флиндерс обнаружил большой остров. Высадившись на нем, англичане увидели огромные стада кенгуру. Два дня они охотились, заготовляя мясо на дальнейший путь. Флиндерс назвал открытую им землю островом Кенгуру. Затем Флиндерс вернулся назад, к восточному берегу залива Спенсер, и, обогнув мыс Спенсер, через пролив, названный им проливом Инвестигейтор в честь своего судна («Исследователь» по-английски «Инвестигейтор»), вошел в новый залив, который был назван заливом Сент-Винсент. Шесть дней Флиндерс изучал его берега, а затем через пролив Бакстерс вышел в открытое море и направился дальше на восток.
Вечером 8 апреля вахтенный на «Исследователе» сообщил, что видит впереди белый пирамидальный риф. Очень скоро было установлено, что это французское судно «Географ» под командой Бодена. Флиндерс несколько раз посещал «Географ», Капитаны познакомили друг друга с результатами своих исследований южного побережья Новой Голландии. Флиндерс рассказал о плавании к востоку от мыса Луин, в частности о заливе Спенсер, заливе Сент-Винсент и острове Кенгуру, а Боден — о Бассовом проливе. Французского капитана весьма заинтересовало предположение Флиндерса о существовании пролива, разделяющего Новую Голландию на две части.
9 апреля в половине десятого утра корабли разошлись. «Географ» пошел на северо-запад, а «Исследователь» — на юго-восток. У Флиндерса сложилось впечатление, что его встреча с французами, хотя и не была ему особенно полезна, прошла в дружественной и сердечной атмосфере. Но оказалось, что она имела для Флиндерса трагические последствия.
Николас Боден умер в 1803 г., а в 1807 г., когда Флиндерс находился в плену у французов на острове Маврикий, Франсуа Перон, ученый-натуралист, участвовавший в экспедиции Бодена, выпустил в свет первый том трехтомного издания «Путешествие, предпринятое для открытий Terra Australis». В этой книге Перон признавал приоритет открытий Питера Нейтса, Джорджа Ванкувера и Антуана Д’Антркасто, сделанных к востоку от мыса Луин до архипелага Нейтса (133°30′ восточной долготы), а также открытия Джорджа Басса в районах до Вестерн-Порт (145°02′ восточной долготы). Что касается остальной части побережья между архипелагом Нейтса и Вестерн-Портом, то Перон объявил, что она принадлежит Франции и называется Землей Наполеона. Все географические названия, которые Флиндерс дал открытым им островам и заливам, Перон изменил. Так, залив Спенсер стал заливом Бонапарт, залив Сент-Висент — заливом Жозефины, остров Кенгуру — островом Декре (в честь французского морского министра). О плавании Флиндерса в книге вообще не упоминалось.
Флиндерс узнал об этой «агрессии», как он назвал действия Перона, еще томясь в плену на Маврикии. Сознание своей беспомощности, невозможность защитить себя усугубляли его ярость. Ответить непосредственно Перону Флиндерс так и не смог. Он вернулся из плена в 1810 г., а Перон умер за три года до этого.
Расставшись с Боденом, Флиндерс продолжал плавание на восток. Неблагоприятные ветры помешали ему сделать очень важное открытие. Флиндерс не заметил устья крупнейшей реки пятого континента Муррея. Если бы он обнаружил ее, весьма возможно, что экономическое развитие британских колоний в Австралии в первой половине XIX в. пошло значительно быстрее. Но эта река была открыта почти тридцать лет спустя.
В 1826–1828 гг. Новый Южный Уэльс поразила сильнейшая засуха. Из-за отсутствия кормов начался падеж скота, урожай погибал. Колонисты метались в поисках новых пастбищ и воды.
Губернатором Нового Южного Уэльса был тогда Дарлинг. Формалист и педант, он в этой критической ситуации вынужден был действовать энергично. Он отправил своего приятеля капитана Чарлза Стерта на поиски новых рек, а может быть, и крупных внутренних морей. По распространенному тогда мнению, в глубине Австралийского материка должны были существовать такие моря.
Экспедиция Стерта началась в ноябре 1828 г. и продолжалась до апреля 1829 г. Исследуя реку Маккуори, Стерт, к неудовольствию своему, обнаружил, что она оканчивается большим болотом, заросшим тростником и камышом. Но в январе 1829 г. к западу от реки Маккуори он нашел ручей, текущий на север. Двигаясь по нему, Стерт увидел широкую, полноводную реку, названную им Дарлинг в честь губернатора. Вода в реке оказалась соленой. Берега ее были совершенно голыми, растительность встречалась только в болотистых местах, да и там она была весьма чахлой.
«Огромные, деревья умирали. Эму, вытянув шеи, жадно глотали воздух, страдая от жажды. Туземные собаки были так худы, что едва могли двигаться. Сами туземцы умирали от истощения. Они приносили своих детей к белым людям, прося дать какой-нибудь еды».
Результаты экспедиции не могли, конечно, удовлетворить губернатора колонии. В сентябре 1829 г. Стерт во главе небольшого отряда предпринял новую экспедицию. 25 сентября он достиг реки Маррамбиджи. Встретившиеся ему аборигены утверждали, что Маррамбиджи — приток другой большой реки. Обнаружив небольшую речку, впадавшую в Маррамбиджи, Стерт взял с собой шесть человек (остальным он приказал вернуться вверх по Маррамбиджи и ждать его возвращения) и начал ее исследование. Передвигались с большими трудностями, поскольку река была очень мелкая. 14 января 1830 г, путешественники достигли ее устья и вошли в неизвестную большую реку. Так была открыта одна из крупнейших рек Австралии, которую Стерт назвал Муррей в честь британского министра колоний Джорджа Муррея.
Не успели Стерт и его товарищи порадоваться своему открытию, как случилось событие, едва не стоившее им жизни. Неожиданно лодка села на мель, и вскоре путешественники были окружены толпой аборигенов, настроенных весьма воинственно. Столкновение казалось неизбежным, и англичане приготовились к бою. Но вдруг на берегу появился абориген гигантского роста, который бросился в реку и поплыл к отмели. Расшвыряв туземцев, он подошел к англичанам и приветствовал их как друзей. На протяжении дальнейшего пути англичане встречали со стороны аборигенов только дружеское отношение и стремление помочь им.
