Открытый пролив Флиндерс назвал Бассовым, ибо, как он говорил Хантеру, «это дань уважения моему старому другу и спутнику за исключительные опасности и трудности, перенесенные им во время плавания на вельботе, и правильное суждение… относительно существования широкого открытого пространства между Землей Ван Димена и Новым Южным Уэльсом».

Дальнейшие события показали, что Хантер поступил правильно, начав на свой страх и риск проводить исследование побережья Нового Южного Уэльса. Лишь 1 февраля 1799 г. Бэнкс ответил на его письмо. В нем сообщалось, что «ситуация в Европе в настоящее время столь критическая и министры его величества настолько загружены делами чрезвычайной важности, что редко представляется возможность получить короткую аудиенцию, и только по тем делам, которые их более всего интересуют; рассмотрение же вопросов, связанных с колониями, могу вас уверить, отодвинуто теперь далеко назад».

В течение нескольких месяцев после возвращения из плавания на «Норфолке» Флиндерс находился в команде корабля «Уверенность», стоявшего в Порт-Джексоне. И Флиндерс, и Басс тяготились бездействием. Рутинная жизнь в столице колонии их угнетала. В конце концов Басс не выдержал и 29 мая 1799 г. покинул Новый Южный Уэльс, Он решил возвратиться в Англию на корабле «Наутилус», капитаном которого был его хороший знакомый Чарлз Бишоп. Флиндерс с большой грустью простился с Бассом и уезжавшим вместе с ним Мартином. Друзья никогда уже больше не встречались.

Вскоре после возвращения в Англию Басс женился на Елизавете Уотерхауз, сестре Генри Уотерхауза, капитана «Уверенности». Но страсть к далеким плавания у него не ослабевала. На паях с Бишопам Басс закупил товары для продажи в Новом Южном Уэльсе и отправился в плавание к пятому континенту на бриге «Венера».

«Венера» пришла в Сидней 29 августа 1801 г. Губернатором колонии был уже Ф. Кинг. Бассу не удалось реализовать весь привезенный груз, и Кинг предложил, ему оставить непроданные товары на правительственных складах, а самому отправиться на тихоокеанские острова за соленой свининой, которую там можно дешево купить. Басс согласился с этим предложением и ушел в двенадцатимесячное плавание по Тихому океану, закончившееся весьма удачно.

По возвращении у Басса возникли новые коммерческие планы: он решил организовать на юге Новой Зеландии рыболовную станцию. Но сначала он отправился в Чили, для того чтобы приобрести, необходимое оборудование. Покинув Сидней 5 февраля 1803 г., Басс бесследно исчез в просторах океана. Что с ним произошло во время плавания, осталось навсегда неизвестным.

После отъезда Басса в Англию в мае 1799 г. Флиндерс недолго оставался в колонии. Хантер послал его на «Норфолке» теперь уже на север для  исследования залива Мортон, где сейчас расположен город Брисбен, и залива Херви. Они были открыты Куком, но он не заходил в них. Хантер надеялся, что будут обнаружены впадающие в заливы судоходные реки. Команда судна была в основном та же, что и в предыдущем плавании. Дополнительно в нее были включены брат Флиндерса гардемарин Сэмюэл Флиндерс и абориген по имени Бонгари как переводчик при возможных встречах с коренными жителями континента.

«Норфолк» покинул Сидней 8 июля, а через шесть дней вошел в залив Мортон. Почти сразу после высадки на берег англичане встретили аборигенов, но контакта с ними, несмотря на все усилия Бонгари, установить не удалось. Результаты гидрографических изысканий Флиндерса были также весьма неутешительны. Никаких рек он не обнаружил. В отчете о плавании Флиндерс утверждал, что на восточном побережье континента между 24° и 39° южной широты нет ни одной реки. Несомненно, он был бы очень огорчен, если бы дожил до времени, когда была открыта река Кларенс протяженностью 240 миль, не говоря уж о реке Брисбен, впадающей непосредственно в залив Мортон.

20 августа «Норфолк» вернулся в Сидней, где Флиндерс прожил полгода. Об этом периоде его жизни ничего не известно. Сохранилось лишь распоряжение Хантера от 1 января 1800 г. о передаче в собственность «Мэтью Флиндерса, лейтенанта с «Уверенности», земельного участка размером 300 акров в районе Бэнкстауна».

В начале 1800 г. Хантер решил отправить «Уверенность» в Англию. Судно было в плачевном состоянии: дерево гнило, во многих местах зияли щели. Использовать его в колонии уже было невозможно. 3 марта 1800 г. «Уверенность» покинула Порт-Джексон, а 26 августа 1800 г. подошла к Портсмуту. Шесть с половиной лет Флиндерс не был в Англии. Он многое испытал, многое увидел, сделал важные открытия. Но главное дело всей его жизни было впереди. И начал его Мэтью Флиндерс менее чем через год после возвращения на родину.

В 1800 г. Флиндерсу было 26 лет, и он прослужил в британском флоте уже десять лет. Внешне казалось, что работа целиком поглощала его, что все помыслы молодого человека были сосредоточены на успешном продвижении по службе. Не удовлетворенный скромным званием младшего лейтенанта, Флиндерс по дороге на родину сдал в Кейптауне экзамены на более высокий чин, который по приезде его в Англию был утвержден Адмиралтейством.

Но частная переписка Флиндерса свидетельствует о том, что молодого человека терзали сомнения. В письме к Аннетт Чеппелл, датированном мартом 1799 г., Флиндерс с горечью признавался, что не удовлетворен своей профессией.

В феврале 1800 г. в письме к своему лондонскому знакомому Смиту Флиндерс просил помочь ему устроиться на приличную службу в Англии. «Дорогой друг, — писал Флиндерс, — я устал служить за жалкие гроши… в то время как другие наживают сотни и тысячи. Мне необходимо позаботиться о собственных интересах. Кроме того, хочется быть самому себе хозяином, а не зависеть от капризов лордов Адмиралтейства… Я надеюсь собрать в Англии две-три тысячи фунтов для осуществления кое-каких коммерческих планов; если им будет сопутствовать хотя бы умеренный успех, мне, вероятно, удастся добиться полной независимости. Мне достаточно иметь репутацию честного человека и джентльмена».

Это письмо, написанное незадолго до отъезда из Нового Южного Уэльса, свидетельствует о внутренней борьбе, происходившей тогда в душе Флиндерса, За годы разлуки с Аннетт его чувство не только не остыло, но стало еще сильней. Молодой человек все время думал о ней, надеялся, что она выйдет за него замуж. Флиндерс приходил в отчаяние от сознания, что его мизерного жалованья недостаточно, чтобы содержать семью. Он искал выхода, и поэтому в голову ему приходили всяческие коммерческие комбинации.

Но как ни был Флиндерс увлечен Аннетт, он не мог изменить своему призванию. И у него, человека целеустремленного и твердого, были тягостные душевные бури, мучительные колебания, желание все бросить, но в конце концов страсть к исследованию новых земель всегда побеждала. Но теперь она была не абстрактна: его неудержимо тянула к себе Австралия.

Во время долгого плавания в Англию Флиндерс составил карты Земли Ван Димена и побережья Нового Южного Уэльса, исследованных им, написал отчет, озаглавленный «Наблюдение берегов Земли Ван Димена и части побережья Нового Южного Уэльса».

Теперь Флиндерс был одержим идеей изучить всю береговую линию Австралии, многие районы которой оставались совсем не исследованными. Но как увлечь «сильных мира сего» своей идеей, как добиться, чтобы его, молодого офицера, поставили во главе экспедиции?

У Флиндерса было три официальных пути. Самым логичным было бы обратиться в Адмиралтейство, так сказать, по инстанции: ведь он был морским офицером. Правда, в то время Адмиралтейство не вело научно-исследовательских работ. Можно было подать ходатайство в Гидрографическое управление. Но оно лишь недавно было создано, и там Флиндерсу вряд ли удалось бы чего-нибудь добиться. Наконец, можно было обратиться в министерство внутренних дел, которое тогда занималось колониями (управление последними было передано в 1801 г. созданному тогда же министерству по делам войны и колоний). Но бесплодность такого шага была совершенно очевидна.