Свои возражения П.Л. Капица высказал в письмах к И. В. Сталину в конце 1945 года. В одном из них он утверждал, что «товарищи Берия, Маленков, Вознесенский ведут себя в Особом Комитете как сверхчеловеки. В особенности тов. Берия… У тов. Берии основная слабость в том, что дирижер дол жен не только махать палочкой, но и понимать партитуру. С этим у Берии слабо». Критиковал Капица и некоторых членов спецкомитета, намеревавшихся испытывать разные методы для решения атомной проблемы: «Товарищ Ванников и другие из Техсовета мне напоминают того гражданина из анекдота, который, не веря врачам, пил в Ессентуках все минеральные воды подряд в надежде, что одна из них поможет». Возможно, для критических замечаний Капицы были основания, но в то же время хлесткие фразы прикрывали нежелание ученого допустить соревнования различных научных идей и его настойчивость в навязывании своего мнения как единственно правильного.
Видя вред в коллегиальном характере работы спецкомитета, Капица настаивал: «Единственный путь тут – единоличное решение, как у главнокомандующего, и более узкий военный совет». Капица не называл имени кандидата в главнокомандующего, но, судя по той роли, которую он играл в 1940-е годы в программе внедрения жидкого кислорода в промышленность, не исключено, что речь шла о нем самом. В случае непринятия его предложений Капица просил освободить его от обязанностей в спецкомитете.
Хотя в апреле 1946 года Сталин направил письмо Капице с благодарностью за его письма, заметив, что в них «много поучительного», и выразив пожелание встретиться с ним и побеседовать о содержании его писем, такая встреча не состоялась. Известно, что Сталин всегда поощрял конкуренцию различных направлений в исследованиях, а потому ему претило стремление Капицы установить свой диктат в этой новой области знаний. Вскоре Капица был освобожден от обязанностей члена спецкомитета. Хотя 30 апреля 1946 года Капица был удостоен звания Героя Социалистического Труда, в конце августа 1946 года он был снят с поста директора Института физических проблем. При этом указывалось, что Капица «занимался только экспериментальной работой со своими установками, игнорируя лучшие заграничные установки и предложения советских ученых».
Еще до всех этих событий, 25 января 1946 года, состоялась встреча Сталина с Курчатовым, которая была описана ученым в своих черновых заметках, «…беседа продолжалась приблизительно один час с 7.30 до 8.30 вечера. Присутствовали т. Сталин, т. Молотов, т. Берия… Большая любовь т. Сталина к России и В. И. Ленину, о котором он говорил в связи с его большой надеждой на развитие науки в нашей стране… Т. Сталин сказал, что не стоит заниматься мелкими работами, а необходимо вести их широко, с русским размахом…
Т. Сталин сказал, что не нужно искать более дешевых путей… что нужно вести работу быстро и в грубых основных формах… было ясно, что ему отчетливо представляются трудности, связанные с получением… первых агрегатов, хотя бы с малой производительностью… увеличения производительности можно достигнуть увеличением числа агрегатов. Труден лишь первый шаг, и он является основным достижением».
Сталин предложил Курчатову «написать о мероприятиях, которые были бы необходимы, чтобы ускорить работу, все, что нужно. Кого бы из ученых следовало еще привлечь к работе». Он расспрашивал его об Иоффе, Алиханове, Капице и Вавилове и «целесообразности работы Капицы». Курчатов отметил, что «по отношению к ученым т. Сталин был озабочен мыслью, как бы облегчить и помочь им в материально-бытовом положении. И в премиях за большие дела, например, за решение нашей проблемы. Он сказал, что наши ученые очень скромны, и они никогда не замечают, что живут плохо – это уже плохо, и хотя, он говорит, наше государство и сильно пострадало, но всегда можно обеспечить, чтобы несколько тысяч человек жило на славу, имели свои дачи, чтобы человек мог отдохнуть, чтобы была машина».
Теперь, когда опубликовано столько материалов о деятельности советской разведки по добыче атомных секретов США, создается впечатление, что советским ученым оставалось лишь смонтировать бомбу по готовым чертежам. Не преуменьшая заслуг самоотверженных бойцов тайного фронта и зарубежных друзей нашей страны, надо учесть, что создание атомного оружия в СССР было не только связано с раскрытием секрета конструкции атомной бомбы, но потребовало также создания новых материалов и новых технологических процессов, новых приборов и новых станков, принципиально новых отраслей науки и техники, целых отраслей производства. Даже если бы советские ученые имели исчерпывающую информацию об атомном оружии в США (а это было далеко не так), им бы все равно пришлось решать многое заново, так как они создавали атомную промышленность в стране, которая, в отличие от США, не являлась самой развитой в мире в промышленном отношении и была к тому же разорена войной.
Исходя из имевшихся у них сведений о советском научном, техническом и промышленном потенциале, американские исследователи Джон Ф. Хогерон и Эллсуорт Рэймонд опубликовали в 1948 году в журнале «Лук» статью «Когда Россия будет иметь атомную бомбу». Статья венчалась выводом: «1954 год, видимо, является самым ранним сроком, к которому Россия сможет… произвести достаточно плутония для того, чтобы она могла создать атомное оружие». Однако усилия советских ученых, инженеров, техников и рабочих опровергли этот прогноз: первое успешное испытание советского атомного оружия состоялось в августе 1949 года. Еще до испытания группа ученых во главе с Ю.Б. Харитоном привезла в Кремль урановый заряд, который был продемонстрирован Сталину. По своей привычке" Сталин лично осмотрел самое совершенное оружие страны, потрогал его руками.
Хотя при создании первой атомной бомбы были во многом использованы сведения, полученные нашими разведчиками и идейными друзьями СССР из американских научных центров, в последующих конструкциях этого оружия использовались оригинальные решения советских ученых. Именно это обстоятельство позволило СССР опередить США в создании водородной бомбы. Хотя первое испытание термоядерного взрывного устройства состоялось в США в 1952 году, американским ученым долго не удавалось создать оружие, которое можно было бы погрузить на самолет. Советским ученым удалось опередить в этом отношении американских и создать транспортабельную «водородную бомбу» в августе 1953 года.
Одновременно с производством ядерного оружия в стране началось создание реактивной авиации, позволявшей отразить нападение врага и доставить на его территорию атомные бомбы. А.С. Яковлев вспоминал:, «2 апреля 1946 г. нас вместе с министром авиационной промышленности Михаилом Васильевичем Хруничевым вызвали к Сталину на совещание посвященное перспективам развития нашей авиации». На этом совещании «была рассмотрена и утверждена динамика развития реактивного двигателестроения в нашей стране… В общих чертах намечена была и перспектива развития реактивных самолетов отечественной конструкции, которая реализовалась впоследствии на протяжении пяти-шести лет».
По инициативе Сталина было создано несколько конструкторских бюро, каждое из которых разрабатывало свою модель самолета. В то же время и в этой области, как и в сфере ядерных исследований, руководители научно-технических работ неизбежно вступали в конкуренцию друг с другом, нередко сопряженную с закулисными интригами. В своих мемуарах А.И. Микоян жаловался на авиаконструктора А.С. Яковлева: «Каким-то образом Яковлев добрался до Кузнецова (секретаря ЦК партии. – Прим. авт.) с наветами на моего брата Артема Микояна – вроде он использовал мою помощь для «проталкивания» своих истребителей». Однако Сталин старался быть выше этой закулисной борьбы. Вызвав Артема Микояна и Александра Яковлева, одновременно разрабатывавших первые советские реактивные самолеты Миг-9 и Як-15, Сталин сказал: «Если не подведете, сделаете машины в срок – пустим их на тушинский парад». В августе 1946 года в День Военно-воздушных сил опытные образцы этих самолетов пролетели над Тушинским аэродромом. Вскоре было налажено серийное производство реактивных самолетов, и 1 мая 1947 года, как писал А.С. Яковлев, «москвичи увидели впервые над Красной площадью реактивных первенцев своей Родины».