Из Уайтхейвена американцы направились к берегам Шотландии. Там Джонс с отрядом из 12 человек высадился на о. Сент-Мэри, где находилось поместье графа Селкирка. Целью этого набега был захват графа в качестве заложника, чтобы впоследствии можно было обменять его на американских пленных, но владелец поместья находился в отлучке, и налётчики довольствовались тем, что забрали из дома графа столовое серебро. Графиня позже описывала грабителей как «ужасных негодяев», больше похожих на пиратов, чем на военных моряков. Пытаясь оправдаться, Пол Джонс после войны выкупил всё похищенное серебро и вернул его Селкиркам.
Покинув о. Сент-Мэри, «Рейнджер» вернулся к берегам Ирландии и близ гавани Каррикфергус навязал бой корвету «Дрейк», посланному для поимки американцев. Бой продолжался чуть больше часа, после чего королевский корабль, потеряв 4 человек убитыми и 19 ранеными, спустил флаг. Его капитан скончался от ран, когда рейдеры поднялись на борт корвета, а старший офицер — через два дня. Вместе с захваченным трофеем «Рейнджер» обогнул Ирландию с севера и взял курс на Брест, куда и прибыл 8 мая.
В конце 1778 г. Джонсу предложили взять под своё командование бывший корабль Французской Ост-Индской компании «Дюк де Дюра». После некоторых сомнений он согласился, переименовав это 40-пушечное судно в «Боном Ришар». В следующем году «Боном Ришар» стал флагманом эскадры, в состав которой вошли фрегаты «Альянс» и «Палла», корвет «Венжанс», куттер «Серф» и два капера — «Месье» и «Гранвиль». Наилучшим среди них был американский фрегат «Альянс». Правда, командовал им француз Пьер Ланде, подозревавшийся в сумасшествии. Эскадра вышла с рейда Груа 14 августа 1779 г. и двинулась на север по большой дуге, стремясь обогнуть Ирландию и Шотландию. Оба капера, охотясь за призами, покинули её ещё в самом начале похода. У ирландских берегов от эскадры отбился куттер «Серф». «Альянс» и «Палла» тоже пропали из виду, однако в шотландских водах снова присоединились к «Боном Ришару». 31 августа в районе мыса Рат добычей Джонса стал английский капер «Юнион». Одновременно «Альянс» захватил английское торговое судно «Бегеи». Слухи о появлении в британских водах эскадры Джонса всполошили жителей прибрежных районов. 20 сентября газета «Лондон ивнинг пост» сообщала: «...не проходит и дня, чтобы мы не получили сообщений об опустошительных нападениях, которые совершает Пол Джонс и его эскадра на нашем побережье».
22 сентября американцы заметили паруса большого конвоя южнее города Скарборо — примерно в 20 милях от мыса Фламборо. В конвое было 44 торговых судна, находившихся под охраной 2 военных кораблей — 50-пушечного «Сераписа» и 20-пушечного «Каунтесс оф Скарборо». 23 сентября, заметив вражескую эскадру, капитан «Сераписа» Ричард Пирсон просигналил конвою сменить курс и идти под защиту замка Скарборо. Сам же вместе с капитаном Томасом Перси, командовавшим «Каунтесс оф Скарборо», изготовился к бою. «Боном Ришар» подошёл к «Серапису» на расстояние выстрела в семь часов вечера. Сражение между ними вошло в историю как первое значительное сражение на море между англичанами и американцами. Бой начался почти в полной темноте. Полчаса противники маневрировали на расстоянии пушечного выстрела, осыпая друг друга ядрами и картечью. «Скарборо» попытался приблизиться к ним в надежде помочь своему товарищу, но, не сумев разобраться, кто есть кто, ретировался. Когда из-за горизонта вынырнула луна, «Скарборо» был обнаружен «Альянсом» и обстрелян; затем, когда «Альянс» отступил, в игру вступила «Палла» — да так удачно, что через час «Скарборо» признал себя побеждённым и спустил флаг. Тем временем «Ришар» въехал бушпритом в ют «Сераписа» по правому борту. «Ваш корабль сдаётся?» — крикнул английский капитан. «Рано, — ответил Джонс. — Я ещё и не начал сражаться!» Корабли снова разошлись и продолжили маневрировать, обстреливая друг друга из всех видов огнестрельного оружия. Наконец Джонс ухитрился прижать «Ришара» к борту «Сераписа» и велел забросить на него абордажные крючья. В разгар боя начался пожар, который охватил оба корабля. Американские и английские моряки не знали, что им делать: продолжать бой, тушить пожар или спасаться с кораблей вплавь. Полагая, что «Ришар» обречён, капитан «Сераписа» вызвал на палубу абордажную партию, и вскоре морские пехотинцы начали прыгать на борт американского судна. Но у Пола Джонса было гораздо больше людей, и они встрелили англичан с такой отчаянной храбростью, что те вынуждены были отступить. Когда американцы начали теснить англичан, на сцене появился «Альянс». При виде его Джонс решил, что битва выиграна. Но, к его ужасу, полоумный Ланде, произведя залп по носу «Сераписа», угодил заодно и в корму «Ришара». Джонс окликнул француза, умоляя его не делать глупостей. В ответ, обойдя два сцепившихся в абордаже корабля, француз произвёл ещё один залп: он целил в корму английского фрегата, но поразил нос и шкафут своего флагмана. Решив, что он свой долг исполнил, Ланде вышел из боя и больше в нём не участвовал. «Ришар», получив множество пробоин ниже ватерлинии, начал погружаться в воду.
Переломный момент в сражении наступил тогда, когда матрос, сидевший на рее «Ришара», забросил гранату в люк на палубе «Сераписа» и взорвал порох на гандеке. Взрыв разворотил вражеский фрегат. Капитану Пирсону не оставалось ничего иного, как сдаться. Потери с обеих сторон были ужасными: у американцев из 322 человек более 150 были убиты или ранены; у англичан из 284 человек убитых или раненых насчитывалось более 130 человек. Пожар на корабле Джонса удалось потушить лишь к утру, однако вода в трюме продолжала прибывать. С восходом солнца моряки «Ришара» перебрались на «Серапис» и подошедшие корабли эскадры, и в 10 часов 30 минут флагман Джонса пошёл ко дну.
Пол Джонс отвёл свои призы в Голландию. 3 октября 1779 г. он стал на якорь у Тексела. Официальный мотив, выдвинутый Джонсом, — необходимость ремонта судов и лечение раненых. Здесь он обвинил Ланде в измене и взял на себя командование «Альянсом». Пока английский посол вручал местным властям протесты, требуя изгнания или выдачи «пирата» Джонса, сам пенитель морей посещал Гаагу и Амстердам, знакомясь с голландскими деятелями. Ему устраивали овации, о нём писали в газетах, в его честь слагали песни. Коммодор оставался в Нидерландах до 27 декабря, а затем до февраля 1780 г. крейсировал на «Альянсе» в Ла-Манше и Бискайском заливе. Вернувшись во Францию, он от имени США подарил Людовику XVI английские призы. Король принял Джонса в Версальском дворце и возвёл его в рыцари. На золотой шпаге, которую вручили капитану, было выгравировано по-латыни: «Победителю моря — Людовик XVI».
Пол Джонс вернулся в Америку в феврале 1781 г., где конгресс наградил его медалью Почёта.
Оказавшись не у дел, Джонс предложил свои услуги Франции. В декабре 1782 г. его зачислили волонтёром в эскадру маркиза де Водрейя, которая отплыла из Бостона в Вест-Индию, однако весной 1783 г. между Францией и Англией был подписан мир, и Джонс снова лишился возможности проявить себя на военном поприще. С ноября 1783 по 1786 г. он жил во Франции как агент по призам, в 1787 г. временно вернулся в США, чтобы получить золотую медаль от конгресса, а затем поехал в Данию, где решалась судьба двух призов. В это время Екатерина II как раз искала опытных моряков-иностранцев для службы в российском флоте, и Джонс получил соответствующее приглашение. Указом императрицы от 15 февраля 1788 г. Пол Джонс был зачислен на русскую службу «в чине флота капитана ранга генерал-майорского», а 4 апреля назначен контр-адмиралом.
Джонс приехал в Россию в апреле 1788 г. и был представлен Екатерине, которой он преподнёс в подарок экземпляр Конституции США. Из Петербурга «Павел Иванович Жонес» был отправлен на Украину в распоряжение генерал-фельдмаршала Потёмкина. В конце мая Джонс был уже в Екатеринославе, откуда отправился в Херсон. В Днепровско-Бугском лимане он возглавил парусную эскадру и поднял свой флаг на 24-пушечном корабле «Владимир». В результате успешных действий эскадры, которая взаимодействовала с гребной флотилией контр-адмирала Нассау-Зигена и украинскими казаками, турецкий флот потерпел поражение под Очаковом. За одержанную победу Джонсу был пожалован орден Св. Анны. Однако Нассау-Зиген главную заслугу в победе над турками приписал себе, а князь Потёмкин принял его сторону, хотя Джонс доказывал, что именно его действия «не только спасли Херсон и Крым, но и решили судьбу войны». Осенью Потёмкин счёл за лучшее избавиться от американца, отправив его под благовидным предлогом в Петербург.
