Лишь после войны немецкие генералы признали, что даже в ходе успешных для них приграничных сражений не все задачи, поставленные перед тремя группами войск, были решены. Генерал Бутлар признавал: "Хотя группа армий "Центр" в результате двух сражений за Белосток и Минск добились решающей победы, приведшей к уничтожению основной массы противника, однако две другие группы армий попросту гнали противника перед собой, не имея возможности навязать ему решающее сражение. Ведя тяжелые кровопролитные бои, войска группы армий "Юг" могли наносить противнику лишь фронтальные удары и теснить его на восток. Моторизованным немецким соединениям ни разу не удалось выйти на оперативный простор или обойти противника, не говоря уже об окружении сколько-нибудь значительных сил русских… Группе "Север" нигде не удалось окружить и уничтожить какие-либо крупные силы противника".
Успехи немцев были достигнуты ими немалой ценой. Бутлар писал: "В результате упорного сопротивления русских уже в первые дни боев немецкие войска понесли такие потери в людях и технике, которые были значительно выше потерь, известных им по опыту кампаний в Польше и на Западе". За это время вермахт потерял 92 тысяч убитыми и ранеными, до половины своих танков и около 1300 самолетов. Бутлар констатировал: "Стало совершенно очевидно, что способ ведения боевых действий и боевой дух противника, равно как и географические условия данной страны, были совсем непохожими на те, с которыми немцы встретились в предыдущих "молниеносных войнах", приведших к успехам, изумившим мир.
Однако, исходя из ошибочного представления о том, что большая часть советских войск уже разбита в приграничных сражениях и немцы обеспечили себе трехкратное преимущество на всем протяжении фронта, Гитлер в своем выступлении на совещании в ставке 8 июля объявил, что в ближайшее время война из фазы борьбы с Красной Армией перейдет в фазу экономического подавления СССР. На совещании было принято решение развернуть наступление на трех направлениях: смоленском, киевском и ленинградском. Планируя наступление на смоленском направлении, немецкое командование рассчитывало на быстрый успех. Генерал Гальдер записал 3 июля в своем дневнике: "Не будет преувеличением, если я скажу, что кампания против России выиграна в течение 14 дней… Как только война на Востоке перейдет из фазы разгрома вооруженных сил противника в фазу экономического подавления противника, на первый план снова выступят дальнейшие задачи войны против Англии, к осуществлению которых тогда следует немедленно перейти. Таковыми задачами являются: подготовка наступления через территорию между реками Нил и Евфрат как из Киренаики, так и через Анатолию, а возможно, и с Кавказа через Иран". 11 июля Гальдер пишет: "Фронт противника, в тылу которого уже нет никаких резервов, не может больше держаться"
Исходя из того, что война на советско-германском фронте уже практически выиграна, германское руководство с середины июля приказало сделать главный упор в производстве вооружений на подготовке подводных лодок. При планировании будущих военных операций Гитлер приказал исходить из того, что в ближайшие четырнадцать дней ожидается возвращение немецких дивизий из России. Гитлер говорил, что "не думает, что сопротивление в европейской части России продлится более шести недель. Куда потом отправятся русские, он не знает. Может быть, к Уралу или за Урал. Но мы будем их преследовать, и он, фюрер, не остановится перед тем, чтобы прорваться через Урал… Он будет преследовать Сталина, куда бы тот ни бежал… Он не думает, что ему придется продолжать бои до середины сентября: за шесть недель он как-нибудь справится".
Готовилось к напряженным боям и советское руководство. Явно не удовлетворенный деятельностью руководства Наркомата обороны Сталин в течение июля и начала августа 1941 года занял все руководящие посты в Вооруженных силах страны. В ходе преобразования 10 июля Ставки Главного Командования в Ставку Верховного Командования (в том же составе за исключением Н.Г. Кузнецова) С.К. Тимошенко не был упомянут в качестве председателя Ставки, как это было прежде, а Сталин был поименован первым. 19 июля И.В. Сталин заменил С.К.Тимошенко на посту наркома обороны. 8 августа 1941 года Ставку Верховного Командования преобразовали в Ставку Верховного Главнокомандования, и Сталин стал Верховным Главнокомандующим.
Для таких действий Сталина были веские причины. Василевский признавал, что "первоначальные неудачи Красной Армии показали некоторых командиров в невыгодном свете. Они оказались неспособными в той сложнейшей обстановке руководить войсками по-новому, быстро овладеть искусством ведения современной войны, оставались в плену старых представлений. Не все сумели быстро перестроиться… И.В. Сталин справедливо требовал, чтобы военные кадры решительно отказались от тех взглядов на ведение войны, которые устарели, и настойчиво овладевали опытом развернувшейся войны".
Вольно или невольно Сталин демонстрировал, что он, штатский человек, вынужден наводить порядок в Красной Армии, которая до сих пор под руководством некоторых военачальников порой беспорядочно отступала. Однако справедливая критика Сталиным профессиональных военных переходила в неверие в их компетентность, а потому Сталин зачастую противопоставлял их выводам свои суждения, не опиравшиеся на профессиональные знания военной науки. Вследствие этого "в первое время", – как писал Василевский, – Сталин "чаще сразу решал сам, отдавал распоряжения без единого лишнего слова." Разумеется, к 1941 году Сталин обрел знакомство с военной наукой, которая в немалой степени повлияло на его стиль политического мышления, но его самый большой опыт решения военных операций относился к Гражданской войне, который, по его же собственному признанию, уже перестал быть актуальным даже к началу советско-финляндской войны.
Поэтому неудивительно, что он делал ошибки, которые отмечал Василевский: "Были в деятельности Сталина того времени и просчеты, причем иногда серьезные. Тогда он был неоправданно самоуверен, самонадеян, переоценивал свои силы и знания в руководстве войной… Он… был более склонен вести боевые действия до некоторой степени прямолинейно… Он мало опирался на Генеральный штаб, далеко недостаточно использовал знания и опыт его работников. Нередко без всяких причин поспешно менял кадры военачальников. Сталин… исходил из того, что, если боевые действия развиваются не так, как нужно, значит необходимо срочно произвести замену руководителя".
Помимо перемен в Верховном Главнокомандовании в первые дни войны было совершено немало и других изменений в руководстве вооруженных сил на разных уровнях, что является обычным для истории явлением в тех случаях, когда армия терпит сильные поражения. В начале июля с поста командующего Северо-Западного фронта был снят Ф.И. Кузнецов, а на его место назначен генерал-майор П.П. Собенников. Однако в августе последний был также снят с этого поста. Снято было все руководство Западного фронта, который возглавил с 19 июля генерал-лейтенант А.И. Еременко. В отношении же бывших руководителей Западного фронта были приняты жестокие меры. Вместе с командующим 4-й армии А.А. Коробковым были арестованы командующий Западным фронтом Д.Г. Павлов, начальник штаба В.Е. Климовских, начальник связи Западного фронта А.Т. Григорьев. Их огульно обвинили в трусости, бездействии, нераспорядительности, в сознательном развале управления войсками и сдаче оружия противника без боя и 22 июля все они были расстреляны.
10 июля было принято решение поставить над командующими фронтами три Главные командования: Северо-Западное во главе с К.Е. Ворошиловым (член Военного совета А.А. Жданов), Западное во главе с С.К. Тимошенко (член Военного совета Н.А. Булганин), Юго-Западное во главе с С.М. Буденным (член Военного совета Н.С. Хрущев). После первых поражений в приграничных сражениях Советское руководство во главе со Сталиным планировало дать отпор гитлеровским войскам и остановить их продвижение к востоку от Ленинграда, Москвы и Киева.
