В соответствии с одним из первых решений, принятых комиссией ГКО, должны были быть выселены лица, которые были сочтены неблагонадежными для обороны Ленинграда. 29 августа Молотов, Маленков, Косыгин и Жданов сообщали Сталину: "Сообщаем, что нами принято решение о немедленном переселении из пригородов Ленинграда немецкого и финского населения в количестве 96 000 человек. Предлагаем выселение произвести в Казахстан – 15 000 человек, в Красноярский край – 24 000 человек, в Новосибирскую область – 24 000 человек, Алтайский край – 12 000 человек и Омскую область – 21 000 человек. Организацию переселения возложить на НКВД. Просим утвердить это предложение. Молотов. Маленков. Косыгин. Жданов". За день до этого на основе сообщений о сотрудничестве немецкого коренного населения оккупированных и прифронтовых областей с германскими войсками было принято решение Президиума Верховного Совета СССР о ликвидации Автономной Республики Немцев Поволжья и выселении немецкого населения в Казахстан и ряд сибирских областей РСФСР. Так было положено начало переселению целых этнических групп, огульно признанных неблагонадежными или обвиненных в пособничестве врагу.

В тот же день члены Комиссии ГКО сообщили Сталину о своем решении ввести строгое нормирование продовольственных продуктов в Ленинграде, об эвакуации гражданского населения из Ленинграда. Предполагалось вывезти из города 250 000 женщин и детей к 8 сентября. Однако вряд ли это постановление было выполнено. Наступавшие немецкие части перерезали железные дороги, ведущие к городу, а 8 сентября окружение Ленинграда было завершено и началась ленинградская блокада.

9 сентября И.В. Сталин вместе с Л.П. Берия, а также с В.М. Молотовым и Г.М. Маленковым, которые уже вернулись из Ленинграда, направил туда телеграмму К.Е. Ворошилову и А.А. Жданову: "Нас возмущает ваше поведение, выражающееся в том, что вы сообщаете нам только лишь о потере нами той или иной местности, но обычно ни слова не сообщаете о том, какие же вами приняты меры для того, чтобы перестать, наконец, терять города и станции. Так же безобразно вы сообщили о потере Шлиссельбурга. Будет ли конец потерям? Может быть, вы уже предрешили сдать Ленинград? Куда девались танки КВ, где вы их расставили, и почему нет никакого улучшения на фронте, несмотря на такое обилие танков КВ у вас? Ведь ни один фронт не имеет и половинной доли того количества КВ, какое имеется у вас на фронте. Чем занята ваша авиация, почему она не поддерживает действия наших войск на поле? Подошла к вам помощь дивизий Кулика – как вы используете эту помощь? Можно ли надеется на какое-либо улучшение на фронте, или помощь Кулика тоже будет сведена к нулю, как сведена к нулю колоссальная помощь танками КВ? Мы требуем от вас, чтобы вы в день два-три раза информировали нас о положении на фронте и принимаемых вами мерах".

За день до этого Сталин вызвал в Кремль Жукова и сказал ему: "Езжайте под Ленинград. Ленинград в крайне тяжелом положении. Немцы, взяв Ленинград и соединившись с финнами, могут ударить в обход с северо-востока на Москву, и тогда обстановка осложнится еще больше". Как писал Жуков, "прощаясь перед моим отлетом в Ленинград, Верховный сказал: "Вот записка, передайте Ворошилову, а приказ о вашем назначении будет передан, когда прибудете в Ленинград". В записке

К.Е.Ворошилову значилось: "Передайте командование фронтом Жукову, а сами немедленно вылетайте в Москву".

Прибыв в Ленинград, Жуков обнаружил, что в руководстве обороны города уже рассматривались меры на случай "невозможности удержать Ленинград… Побеседовав с К.Е. Ворошиловым, А.А. Ждановым, А.А. Кузнецовым и другими членами Военного совета фронта, мы решили закрыть совещание и указать, что никаких мер на случай сдачи города пока проводить не следует. Будем защищать Ленинград до последнего человека".

Жесткость Сталина, проявленная им в отношении тех, кто до тех пор руководил обороной Ленинграда, и назначение им Жукова командующим фронтом оказались оправданными. Хотя Ленинград оказался в блокаде, расчет Сталина на то, что северную столицу немцам не удастся взять, оправдался. В дальнейшем героическая и самоотверженная защита Ленинграда в течение 900 дней тяжелой блокады спасла город от захвата его немецко-фашистскими войсками.

В документах первых месяцев войны, подписанных Сталиным, чувствуется его возмущение не прекращавшимся отступлением советских войск. Он требовал держать оборону на занятых рубежах, часто сбиваясь при этом на угрозы и не всегда обоснованные обвинения. В телеграмме от 11 июля 1941 года Хрущеву Сталин писал: "Получены достоверные сведения, что вы все, от командующего Юго-Западного фронтом до членов Военного Совета, настроены панически и намерены произвести отвод войск на левый берег Днепра. Предупреждаю вас, что если вы сделаете хоть один шаг в сторону отвода войск на левый берег Днепра, не будете до последний возможности защищать районы УРов на правом берегу Днепра, вас всех постигнет жестокая кара как трусов и дезертиров". (В своем ответе на следующий день Хрущев и командующий Юго-Западным фронтом М.П.Кирпонос отрицали обвинения Сталина).

Сталин знал, что к исходу 10 июля немецкие войска вышли на реку Ирпень в 15 километров от Киева. 11 июля 13-я немецкая танковая дивизия пыталась с ходу форсировать Ирпень и ворваться в Киев, но советские войска отразили эту попытку. Началась битва за Киев, продолжавшаяся более двух месяцев.

В это же время продолжали отступать и войска Южного фронта. Тюленев вспоминал: "С 22 июня по 25 июля наши войска отступали от Прута к Днестру, к середине августа немцы нас оттеснили к Южному Бугу… В районе боевых действий Южного фронта было построено немало оборонительных сооружений и заграждений – траншеи, противотанковые рвы, надолбы, ежи, огневые позиции. Однако все они, за исключением одесского рубежа, из-за отсутствия у командования фронта резервов живой силы не сыграли сколько-нибудь значительной роли в обороне. С болью, гневом и горечью вынуждены были мы оставлять их врагу".

Тюленев замечал: "Дивизии отступали, но каждый клочок советской земли доставался врагу дорогой ценой. Так, например, 8 июля в районе Фельчиу противник форсировал Прут и стал, наращивая усилия, распространяться в восточном направлении. 150-я стрелковая дивизия контратаковала наступающих и, основательно обескровив их, восстановила положение, отбросила немцев на западный берег. А на следующий день 95-я стрелковая дивизия, перейдя в контратаку с другого рубежа, разбила 67-й немецкий пехотный полк и два дивизиона 63-го артиллерийского полка, захватив немалые для первого месяца войны трофеи: 82 пленных, 20 орудий, 68 автомашин, 400 повозок и 600 лошадей".

И все же наступление немцев на юге продолжалось. 6-я немецкая армия и 1-я немецкая танковая группа развернули наступление на Умань. 27 июля возникла угроза окружения советских войск в районе Умани. В этих условиях положение советских войск, оборонявших Киев, становилось уязвимым.

Поскольку удержание Киева как одного из трех важнейших точек оборонительного рубежа стало для Сталина одной из главных задач первых месяцев войны, он резко возражал против любых предложений оставить столицу Украины. По этой причине Сталин был возмущен до глубины души, когда 29 июля предложение сдать Киев высказал начальник Генштаба Жуков. Последний считал необходимым сосредоточить все силы для контрудара по ельнинскому плацдарму противника, угрожающему Москве. "Какие там еще контрудары, что за чепуха? – вспылил И.В. Сталин. – Как вы могли додуматься сдать врагу Киев?" Жуков вспоминал: "Я не мог сдержаться и ответил: "Если вы считаете, что начальник Генерального штаба способен только чепуху молоть, тогда ему здесь делать нечего. Я прошу освободить меня от обязанностей начальника Генерального штаба и послать на фронт. Там я, видимо, принесу больше пользы Родине". "Вы не горячитесь, – сказал И.В. Сталин. – А впрочем, если так ставите вопрос, мы без вас можем обойтись…"