Однако небывалое по тем временам поведение русского государя поражало всех приверженцев старых русских обычаев. Но молодого царя это не смущало, его неодолимо тянуло ко всему западноевропейскому. Естественно, что Лефорт в знак дружбы получал различные милости царя. В 1690 году по случаю рождения царевича Алексея Петровича ему был пожалован чин генерал-майора и должность командира Первого Московского выборного полка.

В связи с частыми собраниями и пирами появилась необходимость расширить его небольшой дом на берегу Яузы. Пётр дал деньги на пристройку к зданию большой залы, отделанной с небывалым великолепием. Здесь были изумительные обои, дорогие скульптуры, шикарная мебель, обилие серебряной посуды, оружия, картин, зеркал, ковров и других предметов роскоши.

Лефорт писал родным в Женеву, что в его резиденции есть сад с прудами и парк, где содержатся различные дикие звери. У него было большое количество прислуги, «рабы и рабыни», которые им были «все освобождены». Бывая у своего друга, Пётр чувствовал себя легко и свободно. Здесь он отдыхал от надоевшего ему старого московского уклада.

Соотечественник Лефорта капитан Сенебье писал: «При дворе только и говорят о его величестве и о Лефорте. Они неразлучны… Пока Москва остается Москвой, не было в ней иностранца, который пользовался бы таким могуществом. Он приобрёл бы большое состояние, если бы не был так великодушен. Верно, конечно, что благодаря этому качеству он достиг такой высокой ступени. Его величество делает ему значительные подарки».

Действительно, ни одно дело, задуманное Петром, не обходилось без участия Лефорта. Он сопровождал Петра во всех его многочисленных поездках по стране. Благодаря налаженным связям с Женевой Франц стал по просьбе царя активно приглашать в Московию инженеров, кораблестроителей, оружейников и других специалистов со всей Европы, в которых в России ощущался недостаток.

29 июня 1693 года Лефорт был произведен в полные генералы. Он сопровождал Петра в двух его путешествиях в Архангельск в 1693 и 1694 годах и был назначен капитаном прибывшего из Голландии корабля. Однако «потешные» Кожуховские манёвры под Москвой чуть не обернулись для него трагедией: в плечо ему попал огненный горшок, начинённый четырьмя фунтами пороха, который обжёг ему шею и лицо, но генералу всё же удалось водрузить своё знамя на равелине укрепления «противника».

«Потешные» учения Петра были подготовкой к настоящей войне с Турцией и Крымом – к Азовским походам 1695 и 1696 годов, в которых Лефорт принимал активное участие. Он командовал корпусом во время первого штурма Азова 5 августа 1695 года и лично захватил одно из турецких знамён. После первого похода Пётр назначил его адмиралом русского флота.

Многие современники удивлялись этому новому назначению уроженца «самой сухопутной страны во всей Европе». Лефорт мало понимал в морском деле, но царь Пётр рассчитывал на его активность в создании русского галерного флота, предназначенного перекрыть турецким кораблям доступ к Азову. И эта задача была выполнена в ходе второго похода и взятия крепости 19 июля 1696 года.

После взятия Азова Лефорт получил титул новгородского наместника, вотчины в Епифанском и Рязанском уездах, золотую медаль и соболью шубу. Стоило ему немного оправиться от болезни, и его дом снова наполнился гостями. С ноября 1696 года последовала череда празднеств с танцами, фейерверками и пушечной стрельбой. Здесь в доме Лефорта царь Пётр познакомился с Анной Монс.

В 1697–1698 годах Петром I была организована дипломатическая миссия России в Западную Европу – Великое посольство, которое официально возглавлял Лефорт. Русской делегации в Гааге предстояло выполнить важные задачи:

– заручиться поддержкой европейских стран в борьбе против Турции;

– в результате этой поддержки получить северное побережье Чёрного моря;

– поднять престиж России в Европе сообщениями о победе в Азовских походах;

– заручиться поддержкой европейских государств в предстоящей Северной войне со Швецией;

– пригласить на русскую службу иностранных специалистов и закупить военные материалы и вооружение;

– познакомить царя с жизнью и порядками европейских стран.

Великими полномочными послами были: новгородский наместник генерал-адмирал Франц Лефорт, генерал и сибирский наместник Федор Головин, думный дьяк и белёвский наместник Прокофий Возницын. Кроме того, среди участников делегации было более 20 дворян и 35 волонтёров, среди которых находился урядник Преображенского полка Пётр Михайлов, роль которого исполнял царь Пётр I.

Мысль об организации Великого посольства, возможно, была подсказана царю именно Лефортом. Формально он возглавлял его, но фактически всё руководство находилось в руках опытного дипломата Федора Головина. Роль Лефорта была чисто представительной и сводилась главным образом к переводу речей царя. Однако пышностью свиты он превосходил других послов.

Его брат Яков Лефорт писал из Амстердама: «Всё подается на серебре… Обедает у генерала ежедневно от девяти до двенадцати человек. У него три французских повара». Во время поездки царя в Англию Лефорт часто, иногда по нескольку раз в день, писал Петру. Его письма, написанные по-русски, но латинскими буквами, не затрагивали серьёзных тем.

Формально Пётр приехал в Европу инкогнито, но заметная внешность не оставляла сомнений в его личности, тем более что царь сам нередко предпочитал возглавлять переговоры с иностранными правителями. Во время Стрелецкого восстания 1698 года Лефорт вместе с Петром возвратился в Россию.

Возможно, что любимец царя не принимал непосредственного участия в подавлении восстания и в казнях стрельцов, а занимался в основном оборудованием своего великолепного дворца, построенного в его отсутствие на деньги Петра. Как бы ни было, но 12 февраля 1699 года в этом дворце было отпраздновано новоселье с участием трёхсот гостей.

Вскоре Лефорт заболел горячкой, а 12 марта 1699 года скончался. Узнав о его смерти, Пётр воскликнул с горечью: «Я потерял самого лучшего друга моего в то время, когда он мне наиболее нужен… На кого мне теперь положиться? Он один был верен мне!»

Верному соратнику царя были устроены пышные похороны. На мраморном надгробии Франца Лефорта Пётр приказал сделать надпись: «На опасной высоте придворного счастья стоял непоколебимо». Похоронили Лефорта на Введенском кладбище.

В XIX веке останки Лефорта были перезахоронены на Введенском кладбище в Москве. В Москве его именем назван целый район – Лефортово, на том самом месте, где стоял знаменитый Лефортовский дворец.

Эта башня не сохранилась. Она была уединенным местом собрания сподвижников Петра I. Председательствовал в тайном «Нептуновом обществе» Франц Лефорт. Некоторые эксперты не без оснований считают, что именно это общество стояло за всеми Петровскими реформами.

В «Обществе Нептуна» состояло не менее девяти человек, и оно имело строгую иерархию. Первые масонские ложи возникли в России после возвращения Петра из Европы. С масонами встречался и сам царь Петр, и Б. П. Шереметев.

Иванов в книге «От Петра I до наших дней» пишет: «На Мальте Шереметеву была сделана самая торжественная встреча. Он участвовал на большом празднике Мальтийского ордена в память Иоанна Предтечи. Ему там давали торжественный банкет. Гранд-магистр возложил на него драгоценный золотой крест с алмазами.

По возвращении в Москву 10 февраля 1699 года Шереметев представился царю на банкете у Лефорта, убравшись в немецкое платье и имея на себе Мальтийский крест. От царя он получил „милость превысокую“. Царь поздравил его с мальтийской кавалерией, позволил ему всегда носить на себе этот крест, и затем состоялся указ, чтобы Шереметев писался в своих титулах „Мальтийским Свидетельствованным Кавалером“».

Т. Соколовская утверждает, что «в России свет масонства проник при Петре Великом: документальные же данные относятся к 1731 году».