Получив долгожданную свободу от брака, Пётр продолжил роман с Анной Монс. Он даже собирался официально жениться на ней, если бы в 1702 году неожиданно не узнал из любовной переписки утонувшего под Шлиссельбургом саксонского дипломата Кенигсека, что Анна ему не верна. После этого Анну на долгие годы посадили под домашний арест. Затем она вышла замуж за прусского посланника и скончалась в 1714 году.

В это время, заточенная в Суздальско-Покровский монастырь, 29-летняя царица Евдокия не желала мириться со своей судьбой. Она сбросила монашеский куколь и начала жить как светская паломница. Монахи этому не препятствовали, понимая, что у них живет мать будущего царя Алексея.

В 1710 году у нее начался бурный роман с охранявшим её майором Степаном Глебовым. Евдокии тогда был 41 год, а Глебову 38. Однако в 1718 году по делу царевича Алексея к допросам был привлечен Глебов, у которого нашлись письма Евдокии.

На очной ставке бывшую царицу вынудили подписать покаянную расписку: «Я, бывшая царица, старица Елена… с Степаном Глебовым на очной ставке сказала, что с ним блудно жила, в то время как он был у рекрутского набору, и в том я виновата; писала своею рукою я, Елена». Она приняла на себя вину и подписала все документы, чтобы спасти Глебова и себя.

Пётр I не упустил возможность отомстить и оскорбить бывшую супругу и собственного сына-наследника. Глебов же вел себя достойно, о чем есть свидетельства адъютанта Петра Вельбоа: «Среди ужасных пыток, которыя Глебов терпел, по воле и в присутствии самого государя, шесть недель сряду, чтобы исторгнуть у оговореннаго признание, он твердо защищал честь и невинность Евдокии».

Зато прислужницы монастыря ничего не утаили: «… инокиня Елена пускала к себе днем и ночью, и Степан Глебов с нею обнимался и целовался, а нас или отсылали телогреи кроить к себе в кельи, или выхаживали вон…»

О блуде Евдокии и Глебова был издан манифест, который читали по всей России. Глебова живого посадили на кол посредине Красной площади. Почти сутки Глебов маялся на колу, а чтобы он преждевременно не умер от холода, заботливые палачи надели на него полушубок…

Царь Пётр еще раз попытался добиться признания от Глебова, на что тот холодно ответил: «Ты сколько жесток, столько и безрассуден; думаешь, что если я не признался среди неслыханных мучений, которыми ты меня истязывал, стану пятнать невинность и честь беспорочной женщины, в то время, когда не надеюсь более жить? Удались, дай умереть спокойно тем, которым ты не даешь спокойно жить».

В течение всего этого времени возле места казни находился священник и ждал покаяния. Но так и не дождался – Глебов умер молча… Для Петра I его гордое упорство, проявленное вопреки ужасу и боли, оказалось неожиданным. Он этого не забыл и велел ежегодно провозглашать во всех церквях анафему Глебову, как ранее Лжедмитрию, Мазепе и Разину…

Так в ряду страшных государственных преступников оказался любовник бывшей царицы. Саму Евдокию прилюдно выпороли кнутом и сослали. Её связь с заговорщиками и исполнителями Стрелецкого бунта в 1698 года петровские инквизиторы доказать не смогли, поэтому ей удалось избежать смертной казни.

В результате истории с расследованием семейного заговора появился манифест «О единонаследии», где в интересах Петра I лишались всяких надежд на престол царевич Алексей, его мать и их потомки. Старицу Елену отправили в монастырь-тюрьму в Новой Ладоге, где даже охранники не выдерживали холода и умоляли начальство их оттуда отозвать.

Когда после смерти Петра I в январе 1725 года на престол взошла Екатерина I, она не сняла c Евдокии клейма преступницы, но позаботилась о царственной пленнице, переведя её в Шлиссельбургскую крепость, где ей было предоставлено хорошее содержание и пропитание: «На пищу и содержание известной персоны покупать добрую крупичатую муку и держать наношники, пирожки и прочее кушанье ежедневно хорошее».

Только весной 1727 года, после прихода к власти Петра II, её родного внука, Евдокия Лопухина была освобождена из заточения и привезена в Москву. Она вновь стала для окружающих царицей, и всю свою нерастраченную любовь посвятила взрослым внукам. У нее был свой двор, и многие из бывших врагов искали возможности поцеловать ручку царице.

Но длилось это недолго. Вскоре скончались ее внучка Наталья и царь Пётр II. В 1730 году вновь встал вопрос: кто станет императором России? Однако Евдокия отказалась от прав на трон в пользу Анны Иоанновны, двоюродной сестры Петра.

Царица Евдокия Лопухина умерла в 1731 году. Новая императрица – Анна Иоанновна – пришла на ее похороны в соборной церкви Новодевичьего монастыря у южной стены собора Смоленской иконы Божьей Матери. Евдокию Лопухину похоронили рядом с гробницами царевен Софьи и ее сестры Екатерины Алексеевны.

Вернувшись из-за границы 25 августа 1698 года, царь первый день провел у любовницы Анны Монс. Затем, посетив ещё несколько домов, он только через неделю увиделся с законной женой, причём не дома, а в палатах Андрея Виниуса, главы Почтового ведомства. Его повторные уговоры не увенчались успехом – Евдокия отказалась постригаться в монахини и попросила о помощи патриарха Адриана. Однако его заступничество вызвало только ярость Петра. Через три недели её под конвоем вывезли в монастырь. Сначала царь вообще хотел её казнить, но его переубедил помиловать супругу Лефорт.

23 сентября 1698 года её отправили в Суздальско-Покровский монастырь – традиционное место ссылки цариц, где она была пострижена под именем Елена. Архимандрит обители не согласился постричь её, за что был взят под стражу.

В манифесте, позже изданном в связи с «делом царевича Алексея», Пётр I так сформулировал обвинения против бывшей царицы: «… за некоторые её противности и подозрения». Одновременно он сделал монахинями и двух своих сестёр Марфу и Феодосию за сочувствие к свергнутой царевне Софье.

Содержания от казны бывшей царице назначено не было. Поэтому Евдокию «кормили» родственники по её просьбе: «Здесь ведь ничего нет: всё гнилое. Хоть я вам и прискушна, да что же делать. Покамест жива, пожалуйста, поите, да кормите, да одевайте, нищую».

Из сочувствия к свергнутой царице епископ Ростовский Досифей пророчествовал, что Евдокия опять будет царицей, и поминал её в церквах «великой государыней», считая, что Пётр примирится с ней, оставит Петербург и свои непопулярные в народе реформы.

Всё это открылось в ходе следствия и суда по делу царевича Алексея. Так в 1718 году царь узнал про её жизнь и контакты с противниками его реформ. В Суздаль был прислан капитан-поручик Скорняков-Писарев, который арестовал бывшую царицу Евдокию вместе с её сторонниками.

Скорняков застал бывшую царицу в монастыре в мирском платье и обнаружил там записку, где её именовали не инокиней, а «благочестивейшей великой государыней нашей, царицей и Великой княгиней Евдокией Фёдоровной» и желали ей и царевичу Алексею «благоденственное пребывание и мирное житие, здравие же и спасение и во все благое поспешение ныне и впредь будущие многие и несчётные лета, во благополучном пребывания многая лета здравствовать».

На допросе её любовник Глебов показал: «И сошёлся я с нею в любовь через старицу Каптелину и жил с нею блудно». Старицы Мартемьяна и Каптелина показали, что своего любовника «инокиня Елена пускала к себе днём и ночью, и Степан Глебов с нею обнимался и целовался, а нас или отсылали телогреи кроить к себе в кельи, или выхаживали вон».

Проводивший обыск гвардии капитан Лев Измайлов нашёл также у Глебова девять писем царицы, в которых она просила уйти его с военной службы и добиться места воеводы в Суздале, рекомендовала, как добиться успеха в различных делах, но главным образом они были посвящены их любовной страсти.

Сама Евдокия показала: «Я с ним блудно жила в то время, как он был у рекрутского набора, в том и виновата». В своем письме к Петру она призналась во всём и просила прощения, чтобы ей «безгодною смертью не умереть».