Приход Ломоносова в Академию наук открывает целый период в истории русской науки. Вокруг него объединились передовые патриотические и демократические элементы в борьбе о царившим в академии засильем иностранцев и бюрократии. Не имея сил противостоять Ломоносову в открытой научной полемике, враги наносили ему удары из-за угла. Молодому, по уже стоявшему по уровню выше многих академиков учёному только через семь месяцев после возвращения в Петербург предоставили должность адъюнкта (с января 1742 г.), а профессорское звание он получил 25 июля 1745 года, хотя давно уже признавался достойным его.
В качестве профессора химии Ломоносов приложил немало усилий, чтобы добиться создания Химической лаборатории. Указ о её основании был подписан в середине 1746 года, но понадобилось ещё два года беспрестанных хлопот, чтобы реализовать ломоносовский проект лаборатории, ставшей научной базой химических исследований в России. Происки врагов вынудили Ломоносова и 1757 году оставить Химическую лабораторию, но он перенёс исследования в свой дом, старался приложить результаты химических изысканий к практическим нуждам, организовав фабрику цветного стекла в Усть-Рудице.
За годы работы в Академии наук Ломоносов показал себя настоящим учёным-энциклопедистом. Он создал выдающиеся труды по различным разделам химии и физики, а также в областях минералогии, метеорологии, географии, астрономии и других. С огромным воодушевлением Ломоносов работал над русской историей. Он занимался русской грамматикой, стихосложением, стилистикой и прочими филологическими проблемами. Сам писал стихи и трагедии, прославившие его как литератора. В качестве поручений от академии выполнял переводы, редактировал газету «Санкт-Петербургские ведомости», подготавливал к печати периодические научные издания, составлял проекты праздничных иллюминаций и фейерверков.
«В чивовничье-дворянской монархии XVIII века», как назвал В. И. Ленин Российскую империю того времени, прочное положение в обществе могли обеспечить только принадлежность к правящему классу — дворянству и наличие определённого чина в военной или бюрократической иерархии. Само по себе учёное звание профессора не обеспечивало бывшему беглому крестьянину авторитета перед лицом власть имущих. Это было одной из причин, почему Ломоносов был вынужден прибегать к покровительству некоторых вельмож, более других расположенных к развитию наук и искусств в России. Это помогало в какой-то мере нейтрализовать интриги врагов и осуществить ряд важных проектов. Так, Ломоносов предоставил в распоряжение И. И. Шувалова свои планы создания Московского университета и убедил его добиться их осуществления. Но в отношениях с вельможами Ломоносов никогда не терял чувства собственного достоинства, не позволял помыкать собою. Эту черту ломоносовского характера отметил ещё А. С. Пушкин: «Послушайте, как пишет он этому самому Шувалову, представителю муз, высокому своему патрону, который вздумал было над ним шутить. «Я, ваше высокопревосходительство, но токмо у вельмож, но ниже у господа моего бога дураком быть не хочу».
В марте 1751 года Ломоносов за «отличное в науках искусство» получил чин коллежского советника. По петровской «Табели о рангах» 1722 года он соответствовал армейскому чину майора и наделял его обладателя правами и привилегиями потомственного российского дворянина. Российский абсолютизм прибегал к включению в состав господствующего дворянского класса талантливых и выдающихся представителей народа, чтобы привлечь их на свою сторону, заставить служить своим интересам. Ломоносов до конца дней не забывал о своём происхождении, не рассматривал свою карьеру как результат чьей-то «милости», все силы продолжал отдавать служению народу, его взрастившему. Он писал, что «низкою моею породою попрекают, видя меня, как бельмо на глазе, хотя я своей чести достиг не слепым счастием, но... талантом, трудолюбием и терпением крайней бедности добровольно для учения».
В 1757 году Ломоносов стал членом академической канцелярии и попытался как-то преобразовать характер этого реакционного органа. При этом он до конца жизни занимал принципиальную позицию и требовал упразднить канцелярию как орган управления академией и предоставить высшему научному учреждению страны автономию от чиновного произвола. Энергичная деятельность Ломоносова по расширению фронта академических исследований в теоретических и практических дисциплинах, по улучшению подготовки молодых учёных, по избавлению академии от рутины была прервана в 1762 году. Приход к власти в результате дворцового переворота Екатерины II привёл к опале Шувалова и некоторых других придворных, оказывавших поддержку Ломоносову. Вынужденная зависимость от царских прихотей и фаворитов обернулась для учёного самой отрицательной стороной. Обласканные новой царицей, враги Ломоносова развернули против него кампанию травли и интриг. Ухудшилось состояние его здоровья. В июле 1762 года он писал: «Бороться больше не могу, будет с меня и одного неприятеля, то есть недужливой старости». Но не в характере Ломоносова было сдаваться без борьбы. Когда болезнь временно отступила, он вновь приступил к научной работе, возобновил занятия литературой и мозаичным искусством, составил проект организации «Государственной коллегии земского домоустройства» для научной помощи развитию земледелия в стране, продолжал отстаивать необходимость реорганизации Академии наук. Напряжённая работа и обстановка в академии подорвали силы учёного, который скончался на 54-м году жизни в 5 часов вечера 4(15) апреля 1765 года. Через четыре дня его похоронили на Лазаревском кладбище Александро-Невской лавры в Петербурге, как сообщалось, «при большом стечении народа». Уже тогда начали сбываться слова, написанные Ломоносовым перед смертью: «...знаю, что обо мне дети Отечества пожалеют».
В этом разделе собраны документы, характеризующие деятельность М. В. Ломоносова в Академии наук, его жизненный путь, общественные взгляды, работу в качестве популяризатора науки. Охватить всесторонне труды и личность великого русского учёного в этой небольшой подборке невозможно. Мы постарались как бы высветить отдельные важные стороны жизни и творчества M. В. Ломоносова, рассказать о них с его же слов. Для этого в подборку включены те его произведения и документы, которые сами по себе понятны и интересны современному читателю. В них М. В. Ломоносов предстаёт не только как учёный и общественный деятель, но и как выдающийся писатель, публицист, создатель русского литературного и научного языка нового времени.
Первым из представленных документов (они расположены в хронологическом порядке) идёт ответ на допросе в Ставленническом столе канцелярии Московского Синодального правления. Обстоятельства его появления следующие. В начале 1734 года известный русский географ, обер-секретарь Сената И. К. Кирилов предложил проект организации экспедиции в казахские («киргиз-кайсацкие») степи с целью закрепления этих земель за Россией. Проект был утверждён Анной Ивановной 1 мая 1734 года. Экспедиции был необходим образованный священник, и Кирилов согласился принять любого желающего поехать с ним ученика Славяно-греко-латинской академии. 2 сентября того же года в названную выше канцелярию явился выбранный ректором академии архимандритом Стефаном ученик: им оказался Ломоносов. Здесь же находился и Кирилов, который заявил после беседы с кандидатом, «что тем школьником... будет он доволен». Ломоносова при этом привлекал явно не священнический сан, а возможность участия в экспедиции в неизведанные доселе земли. Чтобы добиться своей цели, Ломоносов назвался поповичем.
Для проверки показаний М. В. Ломоносова указанная канцелярия сделала запрос в Камер-коллегию. Узнав об этом запросе, явившийся 4 сентября в Ставленнический стол Ломоносов дал новые, теперь уже правдивые сведения о себе и обстоятельствах, заставивших его скрывать своё происхождение. Жажда учения и любознательность вынудили его выдавать себя то за дворянского сына (при поступлении в академию), то за поповича. Вскрывшиеся обстоятельства лишали выходца из крестьян возможности перехода в духовное звание. Однако к этому времени Ломоносов зарекомендовал себя лучшим учеником академии, а потому не был из неё отчислен. Более того, через год он был направлен для дальнейшей учёбы в Петербург, в Академию наук.