В июльской мирной демонстрации Раскольников руководил колонной кронштадтцев, насчитывавшей несколько тысяч человек, а затем с отрядом моряков подготавливал к обороне особняк Кшесинской, который контрреволюционеры всех мастей не без основания называли большевистским штабом. В наступившие дни реакции Временное правительство припомнило Раскольникову все его «грехи» — он был брошен вместе с другими активными работниками партии в петроградскую одиночную тюрьму «Кресты», из которой Федор Федорович был освобожден лишь 13 октября.
И сразу же командировка в Новгород и Лугу для подготовки местных гарнизонов к вооруженному восстанию. В дни Октября он входит в состав Петроградского военно-революционного комитета. С ним — молодым морским офицером — Ленин советовался, каким образом можно использовать корабли Балтийского флота для защиты подступов к революционной столице от наступавших мятежных войск казачьего генерала Краснова. Под Пулковом — первое боевое крещение Раскольникова. здесь он во главе матросского отряда отражает натиск мятежников. После разгрома красновских войск — новое назначение: вести сводный отряд моряков на помощь московским рабочим и солдатам, которые еще сражались с контрреволюционными силами.
По возвращении из Москвы его назначают комиссаром Морского генерального штаба, а затем членом коллегии морского комиссариата. В этой должности встретил он новый, 1918 год, который из всех лет его жизни стал самым бурным и драматичным…
Это был трудный период для молодой Советской республики, ибо силы внутренней и внешней контрреволюции со всей яростью обрушились на завоеванную в Октябре власть рабочих и крестьян. Трудным был он и для Раскольникова. Вскоре после разгона Учредительного собрания его назначили заместителем наркома по морским делам. Со свойственной ему энергией он включился в работу. Участвовал в подготовке декрета об организации нового Рабоче-Крестьянского Красного Флота, который был принят Совнаркомом под председательством Ленина 29 января. Но революционный флот республики вскоре оказался под угрозой захвата германскими войсками. Нужно было срочно уводить боевые корабли из Гельсингфорса и Ревеля в то время, когда Балтийское море еще было покрыто льдом. Балтийцы совершили невозможное, проведя сквозь ледовые поля линкоры, крейсеры, эсминцы и другие корабли. Среди руководителей вошедшего в историю «Ледового похода» был и Раскольников.
А в июне восемнадцатого нависла угроза над Черноморским флотом, основные силы которого были сосредоточены в Новороссийске. Немецкое командование ультимативно требовало возвращения кораблей в Севастополь, занятый его войсками. Советское правительство не могло согласиться на такой шаг. Но в случае отказа могло начаться германское наступление на Москву и Петроград.
Требование немцев Совнарком формально принял, о чем было сообщено официальной телеграммой в Новороссийск. В то же время было отдано тайное распоряжение: не допустить захвата флота германскими империалистами, затопить его. Однако приехавший в Новороссийск посланец Москвы встретил серьезное сопротивление контрреволюционно настроенных офицеров и распропагандированных ими матросов. И тогда в Новороссийск поехал Раскольников. Он сумел убедить моряков в необходимости выполнения приказа Совнаркома. Стоявшие в бухте корабли были потоплены. Они уходили на дно с поднятыми на мачтах сигналами: «Погибаю, но не сдаюсь».
С отрядом матросов-черноморцев Раскольников пробился сквозь занятые белоказаками районы в Царицын. Вскоре был назначен членом Реввоенсовета Восточного фронта, а с 22 августа стал командующим Волжской военной флотилией. Она участвовала во взятии Казани, а затем, перейдя на Каму, с боями оттеснила корабли белогвардейской флотилии под командой адмирала Старка в реку Белую и там их блокировала. Под командованием Раскольникова был совершен беспримерный поход трех миноносцев в тыл белым к селу Гольяны, где удалось захватить у противника и- отвести в Сарапул баржу с 432 арестованными коммунистами, красногвардейцами, советскими работниками, спасти их от неминуемой смерти.
В декабре восемнадцатого Раскольников (к тому времени уже член Реввоенсовета Республики) получил поручение возглавить отряд кораблей особого назначения, направленный из Кронштадта на разведку в район Ревеля. В этом походе он находился на эсминце «Спартак», который был атакован пятью английскими крейсерами. Отступавший с боем корабль потерпел аварию и полностью потерял ход. Так Раскольников попал в плен. Его отвезли в Лондон в Брикстонскую тюрьму.
27 мая 1919 года на границе с Финляндией состоялся обмен Раскольникова на 17 английских офицеров, ранее захваченных в плен на советской территории. И снова назначение на Волгу командующим военной флотилией, корабли которой действуют отдельными отрядами на огромном расстоянии от Саратова до Каспия. Огневая поддержка сухопутных частей Красной Армии, бои с белогвардейскими судами, разгром вражеских батарей, отражение почти ежедневных атак самолетов противника, высадка десантов в тыл врага… Особенно упорны сражения под Царицыном, а затем и под Астраханью, которую корабли флотилии помогли отстоять от превосходящих сил противника. За эти операции Раскольников был награжден первым орденом Красного Знамени. В приказе Реввоенсовета Республики от 19 января 1920 года отмечалось его отличное боевое руководство флотилией.
В 1920 году флотилия уже действовала на Каспийском В историю гражданской войны вошли две проведенные Раскольниковым операции. Первой из них был захват форта Александровского, где были пленены остатки войск уральского казачества. Второй — высадка десанта в персидский порт Энзели, куда белогвардейцы увели суда, нагруженные вооружением, боеприпасами, продовольствием, ценным имуществом. Все это богатство было возвращено Республике Советов. Еще одним орденом Красного Знамени был награжден Раскольников за эту операцию.
В марте 1921 года судьба его круто переменилась — его послали полномочным представителем РСФСР в Афганистан — одно из первых государств, установивших дипломатические отношения с Советской республикой. На этом посту он сделал чрезвычайно много для налаживания добрососедских отношений между двумя странами. Здесь он пробыл до декабря 1923 года.
С середины 20-х годов Раскольников посвятил себя литературной деятельности, был ответственным редактором журналов «Молодая гвардия», «Красная новь», возглавлял издательство «Московский рабочий», Главрепертком, а затем — Главискусство. В это время одна за другой выходят его книги. Среди них в первую очередь следует отметить воспоминания «Кронштадт и Питер в 1917 году», где автор не просто рассказывает о событиях, в которых он участвовал, но описывает их образно, взволнованно, передавая неповторимый дух и настрой революционной эпохи. Столь же ярко написана и книга «Рассказы мичмана Ильина». Им созданы талантливые книги об Афганистане и Китае, написано много политических, исторических, литературных статей и памфлетов. Его пьеса «Робеспьер» была поставлена рядом театров.
С 1930 года Федор Федорович Раскольников вновь на дипломатической работе. Ему довелось быть полпредом СССР в Эстонии, Дании, Болгарии. Находясь на работе в Софии, он начинает получать из Советского Союза вести, которые воспринимает сначала с беспокойством, а потом и с глубокой тревогой. Один за другим объявляются врагами народа люди, которых он хорошо знал по событиям революции и гражданской войны, которые так много сделали для победы Советской власти. Он не верил в их вину. А тем временем стали сгущаться тучи и над ним — он заметил слежку, которую вели за ним подосланные Ежовым, а позже Берией aгeнты. В присланном из Москвы списке книг, подлежащих уничтожению, он нашел и название своих мемуаров «Кронштадт и Питер в 1917 году». Отозваны в Москву и арестованы его личный шофер и военный атташе посольства. Наступил день, когда и ему предложили верьнуться, и он ясно понял, какой конец его ждет. И тогда он решил ехать во Францию.
В июле 1939 года Раскольников узнал, что на Родине он объявлен врагом народа и поставлен вне закона. К тому времени относится появление в зарубежной, в том числе эмигрантской, прессе его заявления «Как меня сделали «врагом народа». В нем он высказал свою точку зрения о сталинских репрессиях и о самом Сталине.