Третий период длился около 1200 лет, т.е. до самого XVII века по Р.Х.
В течение этого длинного периода вся философия была теологическая; все знания, все науки, искусства, литература и даже образование юношества были в руках духовенства и монастырей. Ни в один исторический период духовенство не имело столь сильной власти над культом, как в этот; оно входило в семейную жизнь и руководило социальной жизнью стран.
Выдающихся и гениальных светил науки из людей светских совсем не появлялось; это был период абсолютного научного застоя и вместе с тем был подготовительный для образования нового центра цивилизаций; это был период нравственного и духовного развития людей.
Древний мир, дойдя до высших степеней умственной напряжённости и высказав через Александрийскую школу своё последнее слово, стал кульминировать, а арена для проявления следующей усиленной научной и умственной деятельности ещё не была подготовлена. В этой именно подготовке новой арены действительности на новом месте и прошло 13 столетий.
После падения Римской империи вся западная Европа была населена варварскими, языческими, но крайне воинственными племенами самых разнообразных народностей и была разделена на тысячи мелких княжеств, герцогств, курфюрств, феодальных владений и т.д., состоящих в непримиримой вражде между собой.
Чтобы одним словом охарактеризовать первую четверть этого периода можно без большой ошибки сказать, что главным яблоком раздора между всеми властителями была жажда власти и господства; в народе было стремление доказать превосходство своей силы, ловкости и своего оружия; наивысшим идеалом добродетелей у всех считались храбрость и отвага, и все преклонялись перед силой, могуществом и властью, в какой бы форме они ни проявлялись. Поэтому можно себе представить, какую воинственную жизнь вели эти народы, в особенности если вспомнить, что вслед за падением Римской империи было нашествие на западную Европу гуннов, готов и великое переселение народов.
Сколько времени должно было пройти, чтобы тысячи разрозненных владений слились вместе для образования нескольких самостоятельных государств, могущих силою своего оружия сдерживать посягательства внешних врагов и через то дать возможность мирного их процветания! Сколько времени нужно было, чтобы эти государства выработали свой строй, установили порядки, упрочили свой культ, торговлю, образование и искусства! Сколько времени должно было пройти в заботах о самой трудной задаче при возрождении всякой страны, - это о самоусовершенствовании самих людей. От полудикого, языческого и воинственного состояния они должны были перейти к состоянию, способному понимать высшие истины, добро, милосердие, свои обязанности перед людьми, государством и цивилизацией. Для этого им надо было положительно переродиться и переобразоваться, отвыкнуть от буйной и бродячей жизни, от грубых и жестоких наклонностей и заставить себя привыкнуть к более мирной, оседлой жизни и вместе с тем изменить весь свой характер, все вкусы, все привычки и взгляды; храбрость и отвага должны были уступить место другим идеалам, указанным им христианской религией, заменившей прежнее язычество.
В течение всего этого времени о науке, конечно, никто и не имеет возможности думать; никакая философия не могла занимать умы людей; она решительно им не была нужна и окончательно забыта. Научных знаний, приобретённых предыдущим периодом, было более чем достаточно для удовлетворения потребностей и весьма ограниченной любознательности того времени.
Под благотворным влиянием быстро распространяющегося по всей западной Европе христианства и вследствие повсеместной постройкой церквей и монастырей, при которых учреждались массы школ и коллегий всякого рода, развитие народов и стран, под строгим надзором духовенства, шло необычайно быстро. В скором времени и самые войны стали принимать религиозный характер; страны стали воевать между собой, преследуя уже не одни личные, корыстные или тщеславные цели, но дрались из-за принципов и убеждений. Это уже был громадный шаг по пути прогресса. Возникли крестовые походы с их восторженным религиозным энтузиазмом и неудачами. Главные деятели крестовых походов раздували вопросы веры, делая их своими народными вопросами, что отразилось весьма благоприятно на взаимных отношениях стран и сплотило интересы светских и духовных властей. Чем больше было неудач, чем борьба с иноверцами была труднее, тем более народ привязывался к своей вере, старался её сильнее чтить и оградить, что способствовало ещё большему укреплению духовной власти над странами и народами.
После крестовых походов стали появляться отщепенцы католицизма и еретики, недовольные католицизмом вообще и его гнётом и чрезмерной строгостью в особенности; в числе их появились гуситы, которые с оружием в руках заявляли свой протест. Кровопролитнейшие войны возобновились, и чем энергичнее отстаивал народ свою религию, тем более он привязывался к ней, добровольно отдаваясь господствующей над ними власти духовенства.
Так продолжалось до эпохи возрождения, т.е. до 1500 года. К этому времени обозначились все великие державы, их будущее значение и характер; хотя до окончательного своего устройства они должны были пережить крайне трудное и смутное столетие.
До некоторой степени нравственно подготовленное и духовно развитое общество начинало уже мыслить. Во многих местах стали открываться школы и университеты под ведением светских властей. Изобретение книгопечатания сделало образование и литературу доступными каждому. Открытие Америки и многие другие причины возбуждали умы к научным познаниям. Во всей западной Европе явилась потребность в образовании. Вместо одной господствующей теологической философии стали появляться новые последователи Платоновской, Аристотелевской, Стоической и атомистических философий; явились схоластики с представителем своего учения Помпонацием.
Одновременно с этим является великий реформатор Лютер, произведший общественный переворот религиозных убеждений на огромном пространстве.
Успешное распространение реформации Лютера почти по всем германским владениям, постоянно усиливающаяся жажда знаний в обществе, учреждение по всей западной Европе огромного числа школ и даже университетов, подчинённых уже не духовенству, но светским властям, появление разных философских учений, передаваемых учителями и профессорами университетов без всякого контроля католических монахов, - подрывали авторитет католицизма, оспаривая у него его исключительную власть и господство над народом и странами. Католицизм, однако, не желал подчиниться подобному вредному, по его понятиям, требованию века. Он полагал возможным усиленной строгостью смирить отпадающих от его стада блудных овец, а потому стал принимать строжайшие меры наказания против всяких еретиков и отступников, как он называл всех, кто не был с ним единомышленником, и, как к последнему средству строгости, прибег к учреждению инквизиции.
Буллой папы Павла III, в 1540 году, 27 сентября, был назначен первым генералом Иезуитского ордена Игнатий Лойола. Этот орден уже в первые 10 лет существования насчитывал до 22 000 своих деятельных членов, в числе которых было много людей, стоящих во главе государств и правлений стран. Иезуиты открывали множество школ высших (университетов) и низших (гимназий); в низших школах главным образом изучался латинский язык и, не смотря на серьёзное образование, даваемое в этих заведениях, иезуиты старались в то же время подавлять в учениках всякое самостоятельное мышление и вырабатывать подчинение. Подготовленные таким образом ученики поступали в высшие школы, подвергаясь ещё большей дисциплине и неимоверной строгости; изучали педантично главным образом: Аристотелевскую философию, мораль, схоластику, богословие, казуистику и догматы веры.
Инквизиция была бичом того времени, и трудно себе представить, какими жестокими мерами, истязаниями и убийствами католицизм думал удержать своё прежнее влияние над миром. Все властелины стран трепетали под страхом ответственности перед приговором неумолимой инквизиции, а потому, находясь, в полной от неё зависимости, подчиняли ей и свои государства. Всякая научная истина, не отвечающая видам инквизиции, считалась ересью, и виновник её сжигался на костре. Инквизиция стремилась во что бы то ни стало владеть и господствовать над всем миром.