В 1648 над Святыми вратами воздвигли колокольню со звонницей в третьем ярусе и главкой в виде царской короны. В 1730–1732 над Святыми вратами началось строительство надвратной церкви, которая была освящена во имя преподобных Симеона и Даниила Столпников. Она задумывалась как храм «иже под колоколы» (то есть совмещенный с колокольней), но колокольня оставалась недостроенной до 1736. Через двадцать лет церковь переосвятили во имя преподобного Симеона Столпника и использовали как больничную для насельников обители.

В XVIII веке над небольшим по размеру храмом возвышалась 45-метровая колокольня, состоящая из восьмигранного яруса звона и двух уменьшающихся кверху восьмериков, увенчанных главкой с крестом.

К началу XX столетия подбор колоколов Данилова монастыря был одним из лучших в Москве. В 1984 начались работы по восстановлению колокольни.

После реставрационных работ 27 февраля 1988 был освящен храм Преподобного Симеона Столпника. Его внутреннее пространство невелико и имеет скромное убранство. Главное украшение — трехъярусный иконостас с расписными тяблами состоит из местного, праздничного и деисусных чинов. Основной комплект икон для иконостаса поступил в обитель как пожертвование из Псково-Печерского монастыря. Его история очень интересна. Рассказывают, что сам наместник монастыря архимандрит Алипий (Воронов) подобрал стилистически близкие иконы XVII–XX веков. После его смерти более десяти лет иконостас простоял в Никольской башне в Печорах и затем был передан в Данилов монастырь. Здесь московский художник-иконописец С. Н. Добрынин дополнил иконостас, написав еще двенадцать икон, в том числе и храмовый образ святого Симеона Столпника. Тябла иконостаса и вертикальные колонки между иконами украшены растительным орнаментом по мотивам росписи иконостаса в церкви Преподобного Иоанна Лествичника Кирилло-Белозерского монастыря.

Икона преподобного Симеона Столпника находится в местном ряду иконостаса, справа от Царских врат. Православная церковь почитает святого Симеона как первого из христианских подвижников, прославившегося подвигом молитвенного стояния на столпе. В церковных песнопениях преподобный Симеон назван небесным человеком, земным ангелом, светильником неусыпным Вселенной. Эти определения отражены и в композиции иконы, где венчающая столп полуфигура святого, облаченного в яркую мантию, подобна пламени свечи.

Троицкий собор был построен по проекту архитектора Осипа Ивановича Бове в 1838. В этом же году освятили главный престол собора в честь Троицы Живоначальной и два придела: во имя преподобного Алексия, человека Божия (южный) и в честь Зачатия святою праведною Анною Пресвятой Богородицы (северный).

Троицкий храм выдержан в стиле позднего классицизма (ампира). Композиция сооружения отличается величественной монументальностью. Мощный приземистый четверик, близкий в плане к квадрату, увенчан сферическим куполом на широком цилиндрическом световом барабане. Восемь окон барабана декорированы наличниками в виде двухколонных портиков. Глухой барабан над куполом служит основанием для шлемовидной главки. Купол храма был покрыт красной листовой медью, а медная главка с восьмиконечным крестом вызолочены через огонь.

В основе плана сооружения лежит крестово-купольная композиция, известная по многим образцам христианской архитектуры: четыре массивных столпа сложной конфигурации с перекинутыми между ними арками несут на себе световой барабан и купол. Внутри храма доминирует грандиозное подкупольное пространство, но приставленные к столбам пилоны придают некоторую обособленность приделам.

При строгой классической ясности объемного решения и лаконичности декоративного убранства фасада собор отличался великолепием и роскошью интерьеров, богатством внутренней отделки и церковной утвари.

Главный иконостас решен в виде триумфальной арки, северный и южный приделы — в виде ротонд с полусферическими куполами. В оформлении интерьера были использованы многие элементы архитектурной декорации, которые употреблялись в то время. Колонны ионического ордера с облицовкой из искусственного мрамора придавали собору торжественный вид. Капители колонн и карнизы украшены пышной лепниной с иониками. Иконостасы и киоты, в которых сочетались белый фон и резные позолоченные накладки, а также напрестольные сени в виде ротонд дополняли великолепное убранство храма. Вся богослужебная утварь — высокой художественной работы, серебряная, позолоченная, украшенная эмалью, престол и жертвенники покрыты парчой. Пол выложен желтым мрамором, каждый придел — своим узором.

Главная святыня собора — частица мощей святого благоверного князя Даниила Московского. Предстоятель Автокефальной православной церкви в Америке блаженнейший Феодосий, архиепископ Вашингтонский и Нью-Йоркский, Митрополит всей Америки и Канады, 30 мая 1986 передал в Данилов монастырь частицы мощей святого благоверного князя Даниила, считавшихся после 1930 утраченными.

Эти частицы, принадлежавшие ранее архиепископу Феодору (Поздеевскому), были сохранены его духовными чадами и впоследствии оказались в Америке.

Святые мощи хранятся в специально изготовленном ковчеге, помещенном под иконой святого благоверного князя около левого центрального столпа собора.

«Неоскудевающим сокровищем благодати» называют в православии мощи святых угодников Божиих. С момента возрождения Данилова обитель стала огромным драгоценным «ковчегом», в котором почивают эти бесценные святыни. Первым жертвователем мощей в восстановленный монастырь был Святейший Патриарх Пимен, передавший панагию с частицами мощей особо чтимых святых, в том числе преподобного Пимена Великого.

Мощевики, предназначенные для надежного хранения частиц святых мощей и удобного перенесения их из ризницы в храм для всеобщего поклонения, изготавливались, как правило, из вызолоченного серебра и нередко представляли собой замечательные образцы ювелирного искусства. Поступившие в Данилов монастырь после его возобновления мощевики имеют разное происхождение и оформление. По православной традиции они заключают в себе не только мощи угодников Божиих, но и частицы Палестинских святынь, связанных с Иисусом Христом и Пресвятой Богородицей.