У мощей святого князя служились молебны, приносились в дар ценные иконы, серебряные позолоченные лампады, драгоценные бархатные покровы (с золотым позументом, золотыми лавровыми ветвями) на мощи и сени над ними. Такое почитание, несомненно, основывалось на реальной помощи, которую святой Даниил Московский подавал просящим его заступничества.

В 1917 мощи были перенесены в Троицкий собор и установлены под сенью у северо-восточного столпа. В 1929 в связи с закрытием собора раку с мощами возвратили на прежнее место, в храм Святых Отцов Семи Вселенских Соборов. После закрытия монастыря в 1932 мощи святого князя передали в соседний храм Воскресения Словущего в Даниловой слободе. После его закрытия мощи бесследно исчезли, и дальнейшая их судьба неизвестна. Промыслом Божиим в монастырь вернулись частицы мощей, и ныне они почивают в главных храмах обители — Святых Отцов Семи Вселенских Соборов и Троицком.

Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II 17 марта 1995 передал Даниловой обители частицы мощей ее основателя, долгое время находившиеся у академика Дмитрия Сергеевича Лихачева. Они были помещены в большую раку, установленную на своем историческом месте в храме Святых Отцов Семи Вселенских Соборов — под северной аркой, открытой в придел Святого князя Даниила. Над металлической ракой создана резная сень, изготовленная в архитектурно-художественных мастерских Данилова монастыря.

Владимирская икона Божией Матери с акафистом — самая древняя из сохранившихся икон Данилова монастыря. Она находится в местном ряду иконостаса храма Святых Отцов Семи Вселенских Соборов слева от Царских врат.

В среднике иконы — Владимирский образ Божией Матери в иконографическом изводе, называемом Волоколамским. Его особенность — живописный венец над Богородичным нимбом, воспроизводящий драгоценное убранство чудотворной Владимирской иконы византийского письма XI–XII веков из Успенского собора Московского Кремля. Клейма иллюстрируют семь кондаков и четыре икоса акафиста (хвалебной песни в честь Пресвятой Богородицы). В первом клейме изображена святая София — Премудрость Божия, что обусловлено, вероятно, посвящением храма Святым Отцам Семи Вселенских Соборов. Истолкование Семи Вселенских Соборов как семи столпов «Дома Святой Софии» было распространено в иконописи и богословской литературе данного времени. Владимирский образ Божией Матери являлся наиболее почитаемой иконой дореволюционного времени в Даниловом монастыре.

Из других икон местного ряда в историческом и художественном отношении замечательна Казанская икона Божией Матери, которая поступила в Данилов монастырь из Поволжья. Она состоит из средника и клейм, иллюстрирующих «Сказание о явлении чудотворной иконы Пресвятой Богородицы в городе Казани». Автор сказания — священномученик Ермоген, Патриарх Московский и всея России, чудотворец (умер в 1612).

Икона «Семь Вселенских Соборов» (предположительно, вторая половина XVII века) с конца 1720-х находилась в местном ряду иконостаса церкви Святых Отцов Семи Вселенских Соборов, справа от Царских врат. Она была утрачена после закрытия обители. Благодаря публикации архимандрита Амфилохия современные иконописцы смогли восстановить ее иконографию. Новая икона «Господь Вседержитель и Семь Вселенских Соборов» была написана в 1989 и находится на своем историческом месте, справа от Царских врат. В среднике иконы изображен Иисус Христос — Глава Церкви. В клеймах на ее полях представлены участники Семи Вселенских Соборов, состоявшихся в IV–VIII столетиях. В центре каждого клейма на фоне храма изображен Византийский император, при котором созывался Собор. По сторонам от него — участники Собора, разделенные на группы православных и еретиков (последние — без нимбов). Каждое клеймо включает в себя надпись, содержащую сведения о Соборе.

Для иконостаса в приделе во имя благоверного князя Даниила была использована древняя, почти забытая техника оловянного литого узорочья XVII столетия. Позолоченные металлические пластинки с тонким узором уложены на слюдяную прокладку, под которой — цветной фон. При попадании солнечных лучей на слюду создается «игра света».

Из придела для прихожан открыт доступ к мощам святого благоверного и преподобного князя Даниила. В этом же приделе находится ковчег с частицей мощей святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских. Эта святыня была подарена монастырю в 1991. Святых, столь любимых, как святитель Николай, немного, его почитают не только все христиане, но и люди других вероисповеданий. Причина такой любви — в бесчисленных чудесах, которые совершались по его молитвам. Святитель Николай — покровитель всех путешествующих на суше и на море. Угодник Божий сегодня, как и прежде, помогает всем, с верою обращающимся к нему.

К началу XVIII века монастырь полностью оформился в своих границах: территория имела в плане вид трапеции и со всех сторон защищалась каменными крепостными стенами с зубцами (мерлонами). Углы усилили десятигранными башнями, выступающими из стен. У каждой из них были своеобразное шатровое завершение со смотровой площадкой и флюгер на нем. Функциональное назначение башен различалось — проездные, глухие, угловые.

К середине XIX века территория монастыря была настолько заполнена захоронениями, что встал вопрос о ее увеличении именно ради кладбища. В? 869 утвердили проект расширения в западном направлении. Новую стену с двумя угловыми башнями и парой ворот спланировал архитектор В. Н. Корнеев (Карнеев). В результате реконструкции общая площадь обители возросла почти вдвое, еще более вытянувшись в западном направлении вдоль Камер-Коллежского вала (ныне улица Даниловский Вал).

Первым отреставрированным объектом в монастыре стала Новоданиловская башня. Работы провели в кратчайшие сроки — за два месяца. Башня была готова к 15 декабря 1983 и сразу привлекла внимание москвичей своей белизной и медной кровлей, выделившимися на фоне почерневших стен.

К 1990 отреставрировали все стены и башни монастыря. Они получили следующие названия (считая от крайней северо-восточной по часовой стрелке): Новоданиловская, Кузнечная, Алексеевская, Настоятельская, Георгиевская (Никифоровская), Нагорная, Патриаршая, Синодальная.

Главный вход в монастырь — Святые врата — располагался в центре северной стены. Нижний объем Святых врат — самый древний из всего сооружения. Он относится, по всей видимости, к тому времени, когда строились стены и башни монастыря. Это прямоугольное в плане здание с трехчастным делением южного и северного фасадов. В центре — арка для проезда, которая была значительно шире и выше, чем боковые, предназначенные для пешего прохода. Северный и южный фасады имели богатый архитектурно-пластический декор: изразцы, обработка пилястр ярусами тройных накладных балясин-кубышек. Широкий многообломный (имеющий в сечении множество уступов и изгибов) карниз дополняла ажурная белокаменная резьба.