В 1688–1689 на вклады князя Ивана Борятинского была построена новая каменная шатровая колокольня. Князь подарил обители и довольно большой колокол, литье которого производили прямо на монастырском дворе. На новую колокольню, по-видимому, переместили и первые монастырские колокола, снятые с упраздненной в эти же годы приходской церкви Даниила Столпника. Общий вес колоколов к началу XVIII века составил 292 пуда (4800 кг). Однако в 1701 и 1710 указом императора Петра I с Даниловской колокольни, как и со многих других, были сняты колокола для литья пушек, и обитель лишилась почти половины своих колоколов.

В 1763 по монастырской описи значилось 7 колоколов на ярусе звона и 5 колокольчиков, составлявших куранты. В 1795, при настоятеле Никифоре (Феотокисе), звонница пополнилась новым колоколом весом 115 пудов (около 2 т) работы московских мастеров завода Струговщиковых. В середине XIX века этот колокол получил название «Полиелейный». Позднее, в 1803, на этом же заводе отлили колокол «Большой» весом 314 пудов (5 т). В монастыре недоставало средств на такой крупный колокол, был организован сбор пожертвований, который продолжался восемь месяцев.

В конце XIX века набор включал уже 14 колоколов. Однако 314-пудовый колокол оказался безнадежно поврежден. В 1890 на заводе П. Финляндского Ксенофонтом Веревкиным был перелит самый крупный праздничный благовестник Даниловой обители «Большой» весом 722 пуда (12 т). Теперь монастырь имел великолепный колокол-тяжеловес.

В начале XX века на звоннице появились еще несколько колоколов. Самый крупный из них весом 365 пудов (6 т) был отлит в 1904 также на заводе П. Финляндского. Второй по весу, этот колокол стал называться «Полиелейный».

В 1902–1903 вопрос о подъеме 722-пудового благовестника и ветхости колокольни зазвучал с новой силой. Настоятель монастыря архимандрит Тихон с братией приняли решение о постройке второй, высокой колокольни у западной стены обители. Был составлен и утвержден проект. Наконец в 1906 для подвеса самых крупных колоколов решили усилить конструкцию колокольни без перемены внешнего облика здания. Проект утвердили 6 сентября, и сразу начались работы. Впервые за всю историю реставрации на Руси была использована сложная металлическая конструкция, которая, пронизывая стены восьмерика колокольни, опиралась на углы четверика храма Симеона Столпника. На ней были подвешены два колокола — 722 и 365 пудов. Уникальную операцию разработал и провел инженер-механик Н. В. Подчиненов. Все работы закончились летом 1907.

К моменту установки железной конструкции на колокольне монастырем заводу П. Финляндского была заказана партия колоколов весом от 137 пудов до 24 фунтов (от 2250 кг до 10 кг соответственно), и уже в июле было отлито 10 колоколов. Самый крупный (137 пудов) оказался третьим в ансамбле, но не смог конкурировать с близким ему по весу и основному тону 115-пудовым «Будничным». Он был назван «Постовый» и использовался вне ансамбля, только для благовеста в дни Великого поста.

Таким образом, общее число колоколов на ярусе звонов достигло 18 при общем весе 1500 пудов (25 т). Водружением 722-пудового и ряда новых колоколов на ярус звона колокольни завершилось формирование знаменитого даниловского ансамбля.

После революции 1917 обитель была закрыта, хотя братия еще некоторое время существовала как «группа верующих бывшего Данилова монастыря». Власти сократили время богослужебных звонов и ограничили использование больших колоколов.

Участь даниловского ансамбля колоколов была решена в июле 1930. Сразу после закрытия монастыря представитель «Антиквариата» Наркомторга заключил сделку с членом Американской благотворительной миссии в Москве Томасом Виттемором. Дорогую покупку с его помощью сделал Чарльз Крейн.

Осенью 1930 все 18 даниловских колоколов были демонтированы с колокольни и перевезены поездом в Ленинград, откуда через Атлантику отправлены в Гарвардский университет. Даниловские колокола находились в Гарварде почти 80 лет.

Впервые сообщил монастырю о местонахождении колоколов выпускник Гарварда, посол США в Советском Союзе Артур Хартман в 1985. Через три года президент США Рональд Рейган, посетивший в ходе официального визита Данилов монастырь, одобрил идею возвращения исторического ансамбля на родину. Однако должно было пройти еще почти четверть века, прежде чем ей оказалось суждено воплотиться в жизнь.

В декабре 2003 состоялась поездка российской делегации в Гарвард, во время которой даниловцы впервые увидели свои колокола. Слушая русских звонарей, профессор сравнительного религиоведения Диана Экк и преподаватель религии Дороти Остин, кураторы общежития Лоуэлл Хаус, на башне которого находились колокола, стали, наверное, первыми гарвардцами, воспринявшими идею о возвращении колоколов на родину. При их участии были приняты самые важные решения.

После поездки в Гарвард российской делегации, в феврале 2004, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II обратился к общественности с просьбой оказать материальную помощь для возвращения даниловских колоколов, и был услышан. Основные расходы взял на себя культурно-исторический фонд «Связь времен» во главе с председателем попечительского совета Виктором Вексельбергом. Одним из обязательных условий возвращения колоколов стало изготовление российской стороной копий для Гарвардского университета. Американская делегация посетила Россию в августе 2006 с целью выбора колокололитейного предприятия.

Новые колокола были отлиты на воронежском заводе «Вера». Высокое качество копии ансамбля оценила и американская сторона. В торжественной обстановке 20 марта 2007 состоялось подписание долгожданного соглашения о взаимном обмене колоколами, а 24 июля 2007 Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II было совершено освящение колоколов-копий, которое также превратилось в радостное событие, собравшее многочисленных гостей.

Торжественная встреча первого из 18 исторических колоколов произошла в обители 12 сентября 2007, в День памяти основателя Данилова монастыря святого благоверного князя Даниила Московского. Благовестник с именем «Будничный» самолетом доставили в Москву из Нью-Йорка, но главные события, связанные с возвращением исторического ансамбля даниловских колоколов, произошли в 2008.

После почти 80-летней эмиграции бесценный колокольный ансамбль прошел долгий путь возвращения на родину. Петербург стал первым городом, встретившим его. В порту колокола водрузили на автоплатформу, они продолжили свое путешествие по российской земле.

Даниловские колокола встречали в Первопрестольной 10 сентября 2008. Москвичи вышли на площадь Серпуховской заставы, чтобы крестным ходом проследовать в обитель, сопровождая возвращенную святыню. После благодарственного молебна на монастырской площади развернулся настоящий праздник.

Торжественная церемония передачи исторических колоколов обители прошла в Данилове 12 сентября. В ней приняли участие Патриарх Московский и всея Руси Алексий II, президент Российской Федерации Дмитрий Медведев, председатель попечительского совета культурно-исторического фонда «Связь времен» Виктор Вексельберг, председатель правления фонда Владимир Воронченко, полномочный представитель Президента РФ в ЦФО Георгий Полтавченко и многие другие.

В год 25-летия возрождения Даниловой обители Москва услышала звон своих родных колоколов.