К 1929 в Москве уже были закрыты все церкви монастырей, кроме собора Николо-Греческого монастыря, защищаемого греческим консульством. И только у общины Даниловской обители оставалось два действующих храма: Троицкий и Святых Отцов. Троицкий собор 19 октября 1929 был закрыт и передан конторе «Союзхлеб», там устроили склад муки. Из собора вывезли три иконостаса площадью 250 м², 31 подсвечник (25 тонн «лома цветного металла»), 8 хоругвей и 14 ящиков с облачениями, а через год, 6 октября 1930, отобрали и последний храм. По сохранившимся документам, в последние месяцы существования обители здесь проживала самая многочисленная в Москве группа православного духовенства. Из храма Святых Отцов 7 октября в приходскую церковь Воскресения Словущего, находящуюся у самых стен монастыря, крестным ходом были перенесены мощи преподобного князя Даниила. После этого в течение двух лет, пока еще не арестованная братия продолжала служить в храме, не оскудевал людской поток к раке с чудотворными мощами. В 1932 мощи князя Даниила были увезены, ночью, неизвестно кем и неизвестно куда…

После окончательного закрытия Данилова монастыря братия, несмотря на все трудности, аресты и ссылки, старалась держаться вместе.

В 1937 большинство братии было расстреляно. Но духовная жизнь обители не умерла, она продолжилась в сердцах людей, сохранивших даниловский дух, и, должно быть, по вере этих людей совершилось чудо. Первый монастырь Москвы — Данилов — после многих лет запустения стал первым монастырем, возвращенным Церкви.

Говоря об истории Данилова, нельзя не сказать об уникальном Даниловском некрополе, одном из древнейших кладбищ на территории Москвы. Он ведет свою историю от братского кладбища конца XIII века. Самое известное раннее захоронение — могила основателя обители, святого благоверного князя Даниила.

На кладбище Данилова монастыря были похоронены князья Волконские, Вяземские, Голицыны, Горчаковы, Мещерские, Щербатовы, Черкасские; дворяне Бахметевы, Воейковы, Дашковы, Ермоловы, Загоскины, Огаревы, Языковы и множество других, столь же знатных представителей древних русских родов. Отдельно нужно упомянуть о целой галерее славянофилов — Венелин, Валуев, Языков, Хомяковы, Самарин, Кошелев, Черкасский… Вечный покой обрел в Даниловском некрополе Николай Васильевич Гоголь.

Октябрьская революция кардинально поменяла судьбу старейшего московского монастыря. В 1930 он был закрыт, на его территории устроили приемник для несовершеннолетних правонарушителей, в связи с чем некрополь подлежал ликвидации. Лишь несколько самых дорогих русскому сердцу захоронений было решено перенести на новое место. (На кладбище Новодевичьего монастыря перезахоронены Н. В. Гоголь, Д. А. Валуев, Н. Г. Рубинштейн, А. С. Хомяков и Е. С. Хомякова; на кладбище Донского монастыря — В. Г. Перов.)

Некрополь в его изначальном виде не сохранился. В память обо всех, некогда похороненных в Даниловом, был поставлен крест и в мае 1988 освящена часовня.

В преддверии тысячелетия Крещения Руси (1988) церковная власть осенью 1982 обратилась к светской власти с просьбой передать Церкви один из московских монастырей для создания духовно-административного центра.

В мае 1983 разрешение было получено. Патриарху Пимену предоставили список из четырех монастырей, в котором Данилов стоял на последнем месте, но он являлся единственным, передававшимся безвозмездно, и арендаторы были готовы достаточно быстро освободить помещение. Правда, арендаторы весьма специфические — детский спецприемник-распределитель.

Итак, «первый на Москве монастырь» стал и первой обителью, возвращенной Церкви после семи десятилетий гонений. Наместником возрождаемого монастыря был назначен архимандрит Евлогий (Смирнов; ныне — митрополит Владимирский и Суздальский).

В конце сентября 1983 монастырь перешел в полное ведение Церкви. С чего пришлось начинать восстановительные работы? С самого банального — с разгребания полувековых залежей мусора по всей территории, а затем — трудоемкое восстановление башен и стен, ведь именно они являются священными границами монашеской обители.

С самого начала восстановление обители стало общецерковным, а может быть, и общенациональным делом. Ответственная комиссия по реставрации и строительству монастыря, возглавляемая митрополитом Эстонским и Таллинским Алексием (будущим Патриархом Московским и всея Руси), работала в тесной связи с государственными структурами, надзорными архитектурными органами, Обществом охраны памятников истории и культуры. Были заняты лучшие светские реставраторы и строители. Десятки, а то и сотни добровольцев каждый день трудились над восстановлением Данилова. «Работа кипела на каждом метре монастыря, — вспоминает владыка Евлогий. — В нее с необычайным энтузиазмом и энергией включились люди самых разных профессий и возрастов. Государственные ведомства считали большой честью для себя трудиться в старинных стенах московского монастыря. О верующих, прихожанах московских храмов не приходится даже и говорить: это было что-то удивительное. Словно бурный поток весенней воды обрушился на монастырь, смывая многолетнюю черноту и высветляя его первозданный лик…»

В Даниловом работали такие замечательные иконописцы, как архимандрит Зинон (Теодор), священник Вячеслав Савиных, заслуженный реставратор РСФСР И. В. Ватагина. Здесь получали профессиональные навыки мастера самого разного профиля из мирян и иноков. Эти знания помогли восстановлению других монастырей и храмов: Данилов стал своеобразной «кузницей кадров» для будущего церковного возрождения, до начала которого оставалось всего лишь десять лет.

Главным событием первого десятилетия жизни возрожденной обители стало тысячелетие Крещения Руси. Подготовка к нему велась сразу по многим направлениям: строилась Патриаршая резиденция, возводились Надкладезная и Поминальная часовни. Надкладезная часовня стала еще и первым памятником тысячелетию Крещения Руси.

Торжественное богослужение в память Крещения Руси и Всех Святых, в земле российской просиявших, состоялось 12 июня 1988 на монастырской площади. Собралось более 10 000 человек. Святой престол был установлен перед храмом Святых Отцов, божественную литургию совершали патриархи шести главных православных церквей мира в сослужении митрополитов, архиепископов, епископов и многочисленного духовенства. Присутствовало много официальных делегаций от инославных церквей и христианских объединений, общественных организаций СССР и зарубежья. Молитвы, кроме русского, произносились на греческом, арабском, церковнославянском, грузинском, румынском и болгарском языках.

О внешнем виде и расположении первой монастырской звонницы, построенной при Данииле Московском, не сохранилось документальных сведений, но согласно существовавшей тогда традиции можно предположить, что она была деревянной, как и первый храм Святого Даниила Столпника.

Царь Иоанн Грозный, возрождая обитель, в 1561 вместе с церковью Святых Отцов построил здесь и звонницу. Сам большой знаток колокольных звонов и умелый звонарь, как говорит о нем монастырское предание, заказал для нее и именной колокол. Еще два колокола весом 40 и 65 пудов (около 600 кг и 1 т соответственно) были отлиты в 1682 на Пушечном дворе в Москве Федором Моториным, родоначальником знаменитой династии Моториных, и пожалованы монастырю царем Федором Алексеевичем. Меньший из них сохранился до наших дней и является пятым по весу в историческом ансамбле Данилова.