На Соборной площади, к северо-западу от Настоятельского корпуса, располагался так называемый Святой колодец, существовавший, по преданию, еще во времена святого благоверного князя Даниила.

В 1983 на Соборной площади начались работы по устройству нового Святого колодца. Вода в него поступает из артезианской скважины, находящейся на глубине более двухсот метров. В 1988 по проекту архитектора Ю. Г. Алонова над колодцем была возведена Надкладезная часовня (сень). Она выполнена в виде четырех сквозных арок, которые украшают надписи, посвященные празднованию тысячелетия Крещения Руси. Часовню венчает золотая главка с крестом. Ныне возобновлена традиция освящения воды у Надкладезной часовни.

Во время проведения реставрационных работ, при прокладке подземных коммуникаций, закладке новых строений, вместе с грунтом на поверхность вынимали останки тех, кто некогда был погребен на обширном монастырском кладбище. Они бережно собраны и перезахоронены в братских могилах в западной части обители.

В 1987 в память о всех погребенных в монастыре построили Поминальную часовню (архитектор Ю. Г. Алонов). Она расположена на небольшом возвышении у северного прясла ограды, неподалеку от Нагорной башни. Это место выбрано неслучайно. Именно отсюда начиналось регулярное монастырское кладбище, основанное во второй половине XIX века, занимавшее всю западную часть обители. Своими формами часовня напоминает храмы древнего Пскова, в ее юго-западный угол встроена небольшая звонница. Над захоронениями установлены поминальные кресты.

В 1773 с восточной стороны к старому объему Святых врат пристроили двухэтажный корпус монашеских келий. Однако его появление не внесло существенных изменений в общую композицию ансамбля. Следует иметь в виду, что среди существующих жилых зданий монастыря этот корпус — древнейший. Сделанная к нему с восточной стороны каменная двухэтажная пристройка с лестницей относится к 1872. В настоящее время это Административный корпус.

В августе 1892 в покоях настоятеля обители была открыта бесплатная церковно-приходская школа для бедных, монастырь снимал учителю квартиру и выплачивал жалованье. В 1902–1903 для школы возвели новое двухэтажное кирпичное строение за пределами обители. В начале Первой мировой войны в нем разместили лазарет, а учебное заведение было переведено в находившийся рядом одноэтажный флигель (снесен в 1979).

Здание школы сохранилось до наших дней (ул. Даниловский Вал, дом 13 а). Ныне в нем расположены монастырский офис, отдел распространения изданий и Патриарший центр духовного развития детей и молодежи.

Более двух столетий назад, в 1792, рядом с Серпуховской заставой была построена монастырская часовня во имя святого благоверного князя Даниила, уничтоженная в 1920-е. На площади Серпуховской заставы (почти на прежнем месте) 17 марта 1998 освящена новая Даниловская часовня. Благодаря изысканности пропорций она стала своеобразным архитектурным акцентом ансамбля площади.

Снаружи часовню украшают мозаики с изображением святых благоверных князей Александра Невского, Даниила Московского, Ивана Калиты и Димитрия Донского.

Накануне празднования 850-летия Москвы, 4 сентября 1997, на площади Серпуховской заставы, недалеко от Данилова монастыря, был освящен памятник первому Московскому князю — святому преподобному и благоверному князю Даниилу.