С происхождением иконографического извода иконы «Троеручица» связано несколько церковных преданий. Одно из них восходит к житию преподобного Иоанна Дамаскина (VIII век), где повествуется о чудесном приращении отсеченной руки святого по его молитвам у иконы Божией Матери. В память этого благодатного события преподобный Иоанн сделал из серебра изображение руки и приложил его к иконе своей Заступницы.

Второе предание основано на Афонском сказании о том, как один живописец Хиландарского монастыря, желая написать икону Божией Матери «Одигитрия», очертил изображение мелом на доске. Он вышел из кельи, а вернувшись, увидел на рисунке очертание третьей руки. Думая, что это насмешки братии, иконописец стер рисунок, однако ночью он появился вновь. Трижды стирал инок изображение, пока не услышал глас: «Не дерзай стирать третьей руки, на то есть Моя воля». Повинуясь велению свыше, иконописец написал образ Божией Матери «Троеручица», который вскоре прославился чудесами. В России эта икона очень почитается и распространена во множестве списков.

Даниловская икона Божией Матери «Троеручица» — московского письма. Она упоминается впервые в монастырской описи в? 725.

На северо-западном столпе собора находится одна из главных святынь обители — икона преподобного Иоанна Кассиана Римлянина. Этот образ создан в середине XVIII века и пожертвован в монастырь его щедрым благотворителем статским советником Глебом Алексеевичем Владыкиным.

Икона написана маслом в академической манере середины XVIII столетия. Она особо почиталась в семье дарителя и была украшена золоченым серебряным окладом и венцом с разноцветными камнями над головой преподобного. В его левой руке — свиток с духовно-назидательным текстом из собственных сочинений: «Итак, решившись служить Богу, пребывай в страхе Божием и приготовь душу свою не к покою, бездействию и наслаждениям, ибо многими скорбями подобает войти в Царствие Божие…»

Монахиня Митрофания (в 1861–1874 — игуменья Серпуховского Владычнего монастыря) обратила внимание на редкую икону и пожелала поместить ее в иконостасе придела Святого князя Даниила. С этой целью она заказала для нее большую раму и сама расписала ее. На раме изображены икона Божией Матери «Утоли моя печали» и шесть клейм с житием преподобного Кассиана, все они имеют авторскую подпись. Выбор сюжетов говорит о глубоком проникновении в сущность аскетических подвигов святого.

Из современных вкладов в монастырь выделяется икона Живоначальной Троицы (вторая половина XVI века). Она была пожертвована в 1986 жителем Москвы.

О происхождении этой иконы, к сожалению, ничего неизвестно. Ее развернутая архаичная иконография включает изображения Авраама и Сарры, а также юноши-слуги, закалывающего тельца. Однако рисунок ангелов близок образу «Святой Троицы» письма преподобного Андрея Рублева. В колорите иконы преобладают плотные, насыщенные цвета с обилием яркой киновари. Все это позволяет предположить, что образ происходит из северных областей Средней Руси, где влияние московской живописи сочеталось с местными иконописными традициями.

Икона с изображением преподобного и благоверного князя Даниила находится на левом центральном столпе собора, над ковчегом со святыми мощами князя. Она была написана в 1985 протоиереем Вадимом Смирновым (ныне игумен Никон, настоятель Афонского подворья в Москве) специально для восстанавливаемого храма. На иконе князь с воздетыми руками отечески ходатайствует пред Господом за всякого приходящего и молящегося здесь.

На правом центральном столпе расположена парная икона — святого благоверного князя Александра Невского (1220–1261), под ней — ковчег с довольно большой частицей его мощей, переданной из Московского Кремля. Великий князь Александр Невский — отец основателя обители, святого князя Даниила Московского, защитник рубежей России, покровитель воинов, канонизирован в 1547.

В Даниловом монастыре всегда особо чтили преподобного Сергия, игумена Радонежского. В Троицком соборе обители (в северном приделе) находятся две иконы святого. Большую храмовую икону преподобного Сергия Радонежского (конец XIX века), написанную в Сергиевом Посаде, пожертвовал архимандрит Герман (Красильников), настоятель Казанского храма в селе Шеметове Московской епархии. Отец Герман долгие годы окормлял духовных чад последнего настоятеля Данилова монастыря архиепископа Феодора (Поздеевского) и после открытия Даниловой обители передал в нее много икон, книг и исторических ценностей. В малую аналойную икону (XIX столетия) вложена частица честных и многоцелебных мощей игумена Радонежского.

На южной стене правого придела расположена плащаница «Положение во гроб». По иконографии и технике выполнения она относится к первой половине XIX века. Ее композиция представляет собой изображение лежащего на ложе Спасителя в окружении святых и ангелов. В левом крае — лестница, в правом — столб с петухом на вершине. Верх и низ композиции оформлены декоративными ветвями. Кайма вокруг средника состоит из тропаря и растительного орнамента. Плащаница поступила в монастырь со значительными повреждениями, и даниловским реставраторам (Ирине Датиашвили и Марине Калининой) пришлось немало потрудиться, чтобы максимально приблизить ее к первоначальному виду. Для этого применялись методы не только реставрации, но и реконструкции, например, были заново отшиты утраченное крыло ангела слева, а также фрагменты орнамента и ложа. Реконструкция производилась с использованием старинных материалов.

В 1988 в подклете Троицкого собора был освящен храм в честь Рождества Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна с приделом Святителя Тихона, Патриарха Московского и всея России. Храм напоминает древние пещерные храмы: здесь почти нет дневного света (лишь небольшое оконце над лестницей), массивные столпы несут низкие своды. Основным украшением интерьера храма и придела являются белокаменные алтарные преграды с богатой резьбой по лицевой поверхности.

В честь 25-летия возрождения Данилова монастыря Посольство Франции подарило икону священномученик Рустика. Этот святой, живший в III веке, почитается как православными, так и католиками. Согласно преданию, обращенный апостолом Павлом святой Дионисий Ареопагит отправился с проповедью в западные страны, сопровождаемый пресвитером Рустиком и диаконом Елевферием. Многих они обратили ко Христу в Риме, а затем в Германии и Испании. В Галлии (нынешней Франции) во время преследования христиан языческими властями исповедники были схвачены и заключены в темницу. За распространение веры и нежелание отречься от Христа по приказанию правителя Галлии Сисиния они подверглись жестоким истязаниям, а затем их обезглавили в Париже на Монмартре («Монмартр» дословно переводится как «Гора мучеников»).