К этому времени война внутри страны приняла грандиозные размеры. В борьбе с Советской властью объединились как крайне правые силы, среди которых были и монархисты, так и левые, где наиболее активными были эсеры. В марте 1918 года на Лондонской конференции представители стран Антанты и США приняли решение перейти к открытой интервенции против Советской России. Вскоре был высажен англо-американский десант в Мурманске, летом оккупирован Архангельск. Во главе марионеточного правительства Северной области оказался старый друг Кропоткина Николай Чайковский.

Человек, с имеем которого связано название кружка первых народников, превратившегося в большое общество социалистической пропаганды, оставался на позиция умеренного демократического социализма. Но он не был ни контрреволюционером, ни «агентом империализма», как его представляли в официальных исторических изданиях в нашей стране.

Кропоткин хорошо знал Чайковского и особенно сблизился с ним в пору их совместной эмигрантской жизни в Англии. Чайковский вернулся в Россию еще в 1910 году. Какое теплое письмо прислал он Кропоткину к 70-летию! «Милый Петр!… Старость, как и юность, имеют свою зарю. И ничего я так не желаю тебе, как провести остаток твоей блестящей жизни вблизи к обновленной, глубоко изменившейся родине. Могу по собственному опыту сказать тебе, что она полна кипучей творческой жизни, к сожалению, все еще прикрытой топкой коркой паутины и искусственной спячки…»

Пожелание исполнилось. Оба они в России, но события в ней повернулись так, что разбросали старых друзей по разные стороны лини фронта гражданской войны. После разгона Учредительного собрания Чайковский входил то в одно, то в другое оппозиционное центральному правительство, пока не стал председателем архангельского Верховного управления Северной области, поддержанного англо-американскими интервентами. Потом на одном из политических процессов 20-х годов он был заочно приговорен к расстрелу, которого избежал, эмигрировав снова в Англию. Там он и умер через пять лет после смерти Петра Алексеевича.

Те, кто знал Кропоткина на Западе в годы его эмиграции, были уверены, что он не мог не оказаться в оппозиции к большевикам, а потому наверняка является «заложником Советов», подвернут репрессиям. Распространился слух о его аресте; в ряде городов Англии и скандинавских стран прошли митинги протеста. Когда Кропоткин узнал об этом он опубликовал открытое письмо, в котором просил не верить ложным измышлениям врагов революции: «они рады воспользоваться любым предлогом, как аргументом против большевистского правительства, с которым нельзя согласиться по многим вопросам, но которому тем не менее принадлежит честь заявить и частично применить на практике принципы социализма».

Некоторые анархисты считали подобную защиту Кропоткиным Советского правительства проявлением вполне объяснимого возрастом оппортунизма - отходом от своих принципов, «поправением» теоретика анархизма. Однако на самом деле Кропоткин, возможно благодаря огромному жизненному опыту, хорошо понимал реальную ситуацию, сложившуюся после Октября, и считал, что Октябрьская революция была неизбежна она сделала следующий шаг после Февральской. Но режим подчинения центральной власти ужесточался. И первый удар был нанесен по анархистским группам Москвы.

При подготовке переезда в Москву из Петрограда Советского правительства было обнаружено, что сеть анархистских организаций пронизывает весь город. В 25 особняках расположились клубы Московской федерации анархических групп, охранявшиеся вооруженными отрядами. Собственно, эти отряды и вызывали беспокойство. Соседство «безгосударственников» с учреждениями органов управления молодого Советского государства было нежелательно. Всероссийская чрезвычайная комиссия (ВЧК) приняла решение о разоружении московских анархистов. В ночь на 12 апреля была проведена эта достаточно сложная операция. Анархисты оказали отчаянное сопротивление. Лишь к 10 часам утра прекратилась перестрелка; в результате ее убито 30 анархистов, ранены 12 чекистов, около пятисот человек задержано…

Одновременно началось разоружение анархистов и в других городах - почти повсюду с боями. Но так называемых «идейных» анархистов тогда не трогали.

В мае 1918 гола в Москве появился 29-летний «независимый» анархист Нестор Махно, год назад вышедший из Бутырской тюрьмы, где провел восемь лет за участие в террористическом акте. Махно задумал организовать на Украине восстание против немецкой оккупации, а на освобожденных землях - анархистскую коммуну, в которой воплотить кропоткинские идеи. Он зашел к Кропоткину, который жил тогда на Новинском бульваре у известного философа и публициста Сергея Трубецкого, и уже собирался уезжать в Дмитров.

Кропоткина план практической реализации его теории не очень воодушевил. То ли он не верил в возможности этого смелого, но недостаточно образованного человека, то ли сомневался вообще в том, что остров анархистского общества может существовать внутри жесткой государственной системы.

От Кропоткина Махно пошел в Кремль, где добился, что его приняли Ленин и Свердлов.

Вернувшись в родное село Гуляй-Поле, Махно сумел сколотить отряд из двадцати человек, который очень быстро превратился в многотысячную крестьянскую армию, развернувшую партизанскую войну в тылу германских оккупационных сил.

И на освобожденной территории при помощи нескольких «идейных анархистов» Махно предпринял попытку организации «безвластной республики» на основе самоуправления. Из этого ничего не вышло, потому что практически все время приходилось воевать. Трижды махновские части вливались в состав Красной Армии, и, в частности, оказали ей немалую помощь при прорыве в Крым и разгроме войск генерала Врангеля. Но затем командование Красной Армии потребовало от Махно разоружиться; он отказался, желая сохранить свою армию, и после кровопролитных боек, в августе 1921 года, с остаткам своего «войска» ушел в Румынию. Умер Нестор Махно в Париже в 1934 году.

В конце августа 1918 года анархисты-синдикалисты провели конференцию в Москве. Собрались 16 делегаций от десяти городов. В принятой декларации конференция выступила «за восстановление вольных советов рабочих и крестьянских депутатов», против института народных комиссаров и руководства партии большевиков, которую назвали «партией застой и реакции». Кропоткина приглашали на эту конференцию, но он не приехал, так же как ни на одну из последующих, даже на Первый Всероссийский съезд анархистов-коммунистов, состоявшийся в конце 1918 года. Конечно, нездоровье было очевидной причиной, но ведь и в эмиграции он тоже не очень-то жаловал подобные «форумы».

Для советского правительства независимая позиция ветерана революционного движения была весьма благоприятна. И Кропоткин получил его поддержку. Ему предложили квартиру в Кремле, кремлевский паек, причем народный комиссар просвещения Анатолий Луначарский написал Софье Григорьевне письмо, где просил воздействовать на Петра Алексеевича, чтобы тот не отвергал помощи, исходящей от государственной власти. Но Кропоткин твердо отказался. И чтобы быть подальше от суеты московской и постоянных переездов - трижды ему пришлось менять квартиру, поскольку дома «бывших буржуев», в которых он поселялся, реквизировали - Кропоткин уезжает в Дмитров, в тихий, старинный городок недалеко от Москвы (на таком же примерно расстоянии, как Брайтон от Лондона). Друг Льва Толстого граф М. А. Олсуфьев (уездный предводитель дворянства) продал ему за символическую плату пустующий дом на бывшей Дворянской улице, переименнованной в Советскую (теперь это Кропоткинская улица).

В июле 1918 года Кропоткин поселился с женой в Дмитрове получив «охранное» удостоверение, подписанное Предсовнаркома В. И. Ульяновым-Лениным. В нем говорилось: «Дано сие удостоверение… известнейшему русскому революционеру в том, что советские власти в тех местах…, где будет проживать Петр Алексеевич Кропоткин, обязаны оказывать ему всяческое и всемерное содействие… представителям Советской власти в этом городе необходимо принять все меры к тому, чтобы жизнь Петра Алексеевича была бы облегчена возможно более…»