Первой жертвой стал Катберт Мейн, в ноябре 1577 года повешенный и четвертованный на глазах толпы. В 1580 году в Англию приехали первые миссионеры-иезуиты. Один из них, Эдмунд Кампион, через несколько месяцев конспиративной деятельности был схвачен, подвергнут пыткам и казнен как государственный изменник. Суровые репрессии ожидали и тех, кто укрывал католических священников или оказывал им помощь.

В разбросанных по всей Англии замках и крепостях (например, в Висбиче, Йорке, Уигморе) только в 1583 году в заточении оказались 103 католика. В портах проводились тщательные обыски — корабли и товарные склады проверялись в поисках нелегальных приезжих и католических предметов культа (распятий, икон), распространение которых было строжайше запрещено. Студентов, получавших образование за пределами Англии, немедленно отозвали обратно, а тех, кто не подчинился, сочли изменниками. Антикатолические настроения достигли пика во время войны с Испанией, их проявлением стало принятие в 1585 году очередных суровых законов, направленных против «иезуитов, священников и прочих отступников». Законодательные акты спровоцировали очередную волну преследований. С 1586 года до конца правления Елизаветы I были казнены 146 католиков, якобы виновных в государственной измене. В 1570–1603 годах по этому обвинению было казнено около 250 человек. Суровые репрессии, отсутствие пастырской опеки и возможности открыто исповедовать католичество привели к снижению численности католиков: на рубеже XVI–XVII веков их число составляло 30–40 тысяч человек — менее одного процента населения. Несмотря на это, они по-прежнему оставались удобной мишенью для пропагандистских нападок, особенно в периоды политических кризисов.

Еще одной угрозой для религиозного единства страны были действия протестантских радикалов — пуритан, — призывавших к дальнейшим реформам и очищению Англиканской церкви от следов католицизма и папизма. При жизни Елизаветы I такие выступления имели единичный характер и еще не составляли реальной угрозы, однако королева относилась к ним настороженно и боролась с ними. Например, в тюрьме оказались Уильям Стрикленд, инициатор введения в 1571 году новой версии молитвенника, и Энтони Коуп, который решился на подобные действия в 1587 году. В Тауэр также был заточен вставший на защиту Коупа член парламента Питер Уэнтворт. Кроме того, любые разночтения с официальной церковной доктриной сурово искоренялись, а несоответствующие англиканским канонам религиозные произведения и их авторы жестоко карались. Безжалостно преследовались также лица, распространявшие «нелегальную» литературу. В 1583–1584 годах не менее пяти человек были приговорены к смерти за тиражирование раскольнических текстов. При этом, однако, следует подчеркнуть, что репрессии против протестантских раскольников никогда не приобрели таких масштабов, как преследования католиков. Несмотря на приложенные усилия, властям не удалось сдержать нарастающую критику и раскол внутри Англиканской церкви. Новые течения возникали в оппозиции к официальной Церкви и ее доктрине, особенно во время правления первых Стюартов.

Из страха перед преследованиями некоторые радикальные религиозные группы, например сепаратисты, искали спасения за границей, иногда в Голландии, а иногда (что было новым веянием) — в Новом Свете. В 1620 году на корабле «Мэйфлауэр» в Америку приплыла первая группа, насчитывавшая около сотни протестантских беженцев, именуемых пилигримами. Их примеру последовали и другие. В 1628 году на территории Новой Англии проживало уже почти 10 тысяч протестантов, в основном пуритан и сепаратистов. Годы гражданской войны в Англии (1640–1660) углубляли разделение по религиозному признаку. Раскол сопровождался также политическим соперничеством, так как спецификой событий, получивших название Английской революции, было глубокое взаимопроникновение конфликтов на почве вероисповедания и текущей политики.

Наличие разнообразных течений протестантизма в английской общественной жизни не означало религиозной толерантности. На ситуацию, в которой находились отдельные религиозные сообщества, непосредственное влияние оказывали политическая ситуация и отношение властей. Только в 1689 году во время Славной революции была провозглашена свобода вероисповедания, однако это положение касалось лишь протестантов. Католикам, как в годы правления первых Стюартов, так и во время гражданской войны, приходилось мириться с различными ограничениями, хотя кровавые преследования им уже не угрожали. Яков I Стюарт прекратил политику репрессий, создавая вместо этого административные препоны и трудности в получении различных должностей, в том числе запретив католикам царствовать на английском престоле.

С приходом к власти Тюдоров интерес англичан к морской торговле и развитию флота начал постепенно возрастать. Во время правления Генриха VII Тюдора, старавшегося избегать конфликтов с другими государствами, военный флот еще не играл важной роли и состоял всего лишь из шести небольших кораблей, оснащенных пушками и содержавшихся за счет казны (один шиллинг за тонну водоизмещения плюс жалованье для команды). Торговля, главным образом со странами Балтийского моря, развивалась более динамично и контролировалась обществом «Мерчант эдвенчес». Также высока была активность рыбацких судов, которые, пользуясь выгодным для них соглашением с Данией, заключенным в 1490 году, бороздили исландские воды. Благодаря заключению монархом новых торговых договоров морская торговля начала активно развиваться в других уголках Европы, а вскоре — и всего мира. Джон Кабот, генуэзский моряк, состоявший на английской службе, возглавил экспедицию для поисков пути в Китай, однако результатом его плавания стало открытие в 1497 году Новой Шотландии и континентальной части Северной Америки. Это позволило бристольским купцам спустя несколько лет создать компанию для исследования новых земель.

После 1509 года, когда к власти пришел Генрих VIII Тюдор, началось интенсивное развитие прежде немногочисленного военного флота. Это было связано с укреплением позиций на море шотландского короля Якова IV Стюарта, что угрожало безопасности Англии. В распоряжении Шотландии были такие суда, как «Майкл» — самая большая каракка в Европе, спущенная на воду в 1511 году. Ее длина составляла 73 метра, водоизмещение — свыше 1000 тонн, она была оснащена несколькими десятками орудий, в том числе тремя большими осадными пушками, а команда состояла из 1500 моряков и солдат. В 1514 году численность английского флота возросла до 30 кораблей, самыми известными из которых были две большие каракки. Первая, «Мэри Роуз», была спущена на воду в 1510 году и названа в честь сестры короля, а также символа династии Тюдоров — розы. Функции флагманского корабля каракка исполняла до 1514 года, когда эстафету перенял построенный в лондонском районе Вулидж на верфи его королевского величества корабль «Генри Грейс е’Дью», в народе называемый «Большим Генри» и почти сравнимый размерами с шотландским «Майклом».