В июне 1905 года Юденич назначается командиром 2-й бригады 5-й стрелковой дивизии. Генеральские погоны не заставили себя долго ждать — производство в генерал-майоры происходит быстро: на то она и война. В далёком от Дальнего Востока Санкт-Петербурге смогли по достоинству оценить заслуги полкового командира, уже девятый год ходившего в звании полковника.

Но как ни странно, боевыми наградами Николая Николаевича высшее армейское командование не очень-то баловало. И это при том, что обладатель золотого оружия не раз демонстрировал на поле брани искусство управления батальонами и полками. Но ордена всё же были, хотя Святого великомученика и Победоносца Георгия среди них так и не оказалось.

За Русско-японскую войну будущий главнокомандующий Кавказским фронтом Первой мировой войны имел всего два боевых ордена — Святого Владимира 3-й степени с мечами и Святого Станислава 1-й степени тоже с мечами. Такими наградами на войне мог гордиться любой офицер русской армии. Но Георгиевским кавалером Юденич в Маньчжурии всё же не стал, хотя это и было его заветной мечтой.

Однако участие в войне с Японией обернулось для Николая Николаевича ещё и боевыми ранениями. Особенно тяжёлым оказалось последнее из них, плохо залеченное...

Когда русские армии остановились на Сыпингайской позиции, началась глухая позиционная война: для Маньчжурии это было нечто новое. Полки и дивизии вгрызались в землю по всем правилам военно-инженерного искусства. Осторожный Линевич больших операций против японцев не предпринимал, бои велись только местного значения. Пополнения же из России по Транссибирской магистрали всё прибывали и прибывали в Маньчжурию.

Японский главнокомандующий маршал Ивао Ояма был достаточно хорошо осведомлен об этом. Он неоднократно сообщал в Токио императору-микадо о том, что русские войска усиливаются. Ояма предлагал: или вновь наступать, или заключать мир с Россией, которая войну уже проиграла, хотя только на море.

В русском штабе тоже понимали одну простую истину: японцы «выдохлись». Появились надежды изменить ход событий на войне.

Вскоре в русские войска, зарывшиеся в землю на Сыпинтайской позиции стали поступать газетные сообщения о том, что президент Соединённых Штатов Америки по своей инициативе (но не бескорыстной) начал переговоры с обеими враждующими державами. Мир был нужен и Японии, чья экономика была сильно подорвана большой войной, и Российской империи, в которой вспыхнула революция.

Военная газета «Вестник маньчжурских армий» по этому поводу напечатала краткое сообщение:

«Государь император соизволил принять предложение президента Соединённых Штатов Америки на ведение, при его посредстве, мирных переговоров с Японией».

Затем в Маньчжурию пришла весть о начале мирных переговоров. Несколько позднее — что Витте и Камимура подписали Портсмутский мирный договор[6].

Генерал-майор Юденич не мог сказать, что подчинённые ему стрелковые полки — нижние чины и офицеры — были особенно обрадованы заключённым миром. Нигде не слышалось возгласов «ура», ни музыки. За столами не поднимались тосты за Портсмут. Но все хотели вернуться в родное Отечество — «владеть» Маньчжурией никто не желал: она была чужой землёй для русского солдата.

Военным виделось одно: неудовлетворённость таким исходом Русско-японской войны. И дело было даже не в отданном Южном Сахалине. Едва ли не всех угнетала мысль о бесплодных трудах и жертвах, доставивших русскому оружию, вместо славы позор. Об этом вовсю кричали оппозиционные самодержавию газеты и политики разного толка.

Всё же для генерал-майора Николая Николаевича Юденича участие в войне на полях и сопках Маньчжурии стало делом чести, предметом гордости российского дворянина, избравшего себе в жизни военное поприще в рядах Российской Императорской армии.

Можно сказать, что он гордился своим участием в Русско-Японской войне 1904-1905 годов: пройдя все её испытания достойно, с честью русского офицера.

До самых последних лет жизни Юденича одной из любимых песен для него стала песня А. И. Шатрова «На сопках Маньчжурии», написанная на слова С. Г. Петрова (Скитальца):

Последнее из ранений, полученное в самом конце войны, оказалось тяжёлым и плохо лечимым. Генерала уложили в военный госпиталь на продолжительное время. Из госпиталя Николай Николаевич вышел только в 1907 году. К тому времени революционные события в России шли на спад. В «успокоении» империи династии Романовых участвовать ему не довелось.

В военном министерстве помнили, что генерал-майор Юденич заканчивает своё затянувшееся лечение. После окончания Русско-японской войны и в самом начале военной реформы многим генералам и старшим офицерам, не проявившим себя ничем, пришлось расстаться с армейскими рядами. Герою же Янсынтуня и Мукдена приготовили повышение по служебной лестнице.

Вышедшему из военного госпиталя с залеченными боевыми ранениями военачальнику не пришлось долго ждать нового места службы. 10 февраля 1907 года он получает назначение на должность генерал-квартирмейстера внутреннего российского военного округа — Казанского. Семья Юденичей переезжает на жительство на берега Волги, в город Казань. Можно утверждать, что армейская служба у Николая Николаевича Юденича складывалась удачно. Боевой генерал, имевший за плечами престижное московское 3-е Александровское военное училище и Николаевскую академию Генерального штаба и самое деятельное участие в русско-японской войне, на строевых должностях рос довольно быстро, особенно после Маньчжурии.

Своё пятидесятилетие генерал-майор Юденич отмечал уже в должности начальника штаба Казанского военного округа. Этот округ, к слову сказать, являлся одним из самых крупных на территории Российской империи и по территории, и по войскам, расквартированным в нём, и по мобилизационным возможностям. Последнее было немаловажно в преддверии мирового пожара, которому было суждено разгореться на границе Австро-Венгерской империи и Сербского королевства.

Назначение на должность начальника окружного штаба состоялось в начале декабря 1912 года. В день его назначения был подписан и другой высочайший императорский указ о производстве Николая Николаевича в генерал-лейтенанты. Юденич по такому случаю был вызван в Санкт-Петербург, где предстал перед императором Николаем II. Между венценосным Романовым и преданным российской монархии генералом состоялся следующий разговор:

   — Ваше императорское величество, имею честь представиться вам по поводу моего назначения на должность начальника штаба Казанского военного округа и присвоения очередного воинского звания генерал-лейтенанта.

   — Поздравляю вас, генерал. Наслышан о вас и ваших делах в Маньчжурии от Алексея Николаевича Куропаткина.

   — Весьма лестно такое слышать, ваше величество.

   — Скажите, Николай Николаевич, Россия могла выиграть войну на Дальнем Востоке или нет?