Намеченное на 14 марта наступление на Кронштадт пришлось отложить — 79-я бригада 27-й дивизии не выполнила приказ о выходе на боевую позицию. Причиной отказа красноармейцев выполнить приказ послужила их боязнь выходить на лед залива, порожденная слухами о якобы погибших подо льдом десятках тысяч курсантов. В 23 часа 45 минут 15 марта Тухачевский подписал боевой приказ войскам 7-й армии на штурм крепости Кронштадт в ночь с 16 на 17 марта.

Артиллерийский огонь начался в 14 часов 16 марта и продолжался до вечера. Движение войск на Кронштадт началось в 3 часа утра 17 марта.

Каменев с нетерпением ждал от Тухачевского сообщений о результатах повторного штурма Кронштадта и в 13 часов 30 минут 17 марта пригласил его для разговора по прямому проводу. Тухачевский сообщил о результатах боев первой половины дня 17 марта. После упорных боев, потеряв большую часть состава, Северная группа войск заняла форты № 4, 5, 6 и 7, один батальон вступил в северо-западную часть Кронштадта. 32-я, 167-я и 187-я бригады Южной группы войск вели упорные уличные бои в центре Кронштадта; продвижению войска мешал заградительный огонь линкора «Петропавловск». 79-я бригада заняла форты № 1, 2, «Южный» и вела бой за форт «Милютин». Бои в центре города носили чрезвычайно ожесточенный характер, и Тухачевский послал «последний резервный курсантский полк на Лисий Нос и кавалерийский полк 27-й дивизии в Ораниенбаум». Действия авиации затруднялись из-за уличных боев, поэтому она вела огонь только по линкору «Петропавловск» и форту «Тотлебен». Тухачевский намеревался выехать в войска, ему было «важно уловить дух Южной группы войск»^{53}.

Всем добровольно сдавшимся морякам и другим лицам снова гарантировалось сохранение жизни, если они немедленно и добровольно сложат оружие. К 11 часам 18 марта Кронштадт был занят войсками Красной Армии.

К. Ворошилов, В. Затонский и А. Бубнов от имени делегатов X съезда направили в адрес ЦК РКП(б) телеграмму, в которой сообщалось: «Выдержка и спайка коммунистов еще раз победила. Кронштадт снова в наших руках. Операция представляла громадные, казалось непреодолимые трудности. Кронштадт был сильно укреплен. Его гарнизон, дравшийся с мужеством отчаяния, находился в руках опытного командования, в то время как в некоторой части советского аппарата имел место саботаж, в воинских частях наблюдалось неустойчивость, колебания». В телеграмме анализировались причины отказов красноармейцев выполнять приказы командования по штурму Кронштадта и описывались принятые меры: «Боязнь вступить на лед довела до открытых отказов от выполнения приказов со стороны ряда полков. Благодаря энергии коммунистов, как прибывших с X съезда, так и командированных разными организациями, а также благодаря стойкости коммунистического ядра воинских частей и в особенности коммунистов-командиров, все трудности были преодолены и части, накануне разоруженные, пошли на лед. Несмотря на колебания некоторых полков, в общем, части вели себя героически и, не обращая внимания на тяжелые потери от сосредоточенного пулеметного и артиллерийского огня, ворвались на рассвете 17 марта в Кронштадт». Далее в телеграмме сообщалось о том, что «втянувшиеся в город красноармейские части были засыпаны со всех сторон пулями. Усталые части растерялись и дрогнули». Отмечалось, что «в уличных боях мы понесли жертв больше, чем на подступах к крепости, причем выбывал преимущественно наиболее стойкий элемент — комсостав и коммунисты… У коммунистов нервы оказались крепкие. Потерпев неудачу в попытке выбить нас из Кронштадта, мятежники дрогнули. Началось разложение». Делегаты X съезда, подписавшие телеграмму, по-прежнему считали, что организаторами мятежа являлись бывшие белые офицеры: «Офицерские заправилы решили бежать в Финляндию, взорвав “Севастополь” и “Петропавловск”, что вызвало возмущение обманутой части команды, и в ночь с 17 на 18 марта старым матросам удалось захватить власть на кораблях и арестовать офицеров и некоторых вождей мятежа <…>. Мы победили и прежде всего победили морально. Провокация белогвардейцев разоблачена. Кронштадт станет твердыней революции»^{54}.

В 14 часов 50 минут 18 марта Тухачевский проинформировал Каменева о занятии Кронштадта, линкоров «Петропавловск» и «Севастополь», а также ряда фортов. Тухачевский считал, что «наша гастроль здесь окончилась», и просил разрешения «возвратиться восвояси». Каменев ответил: «Ваша гастроль блестяще закончена, в чем я и не сомневался, когда привлекал Вас к сотрудничеству в этой истории, я бы просил Вас задержаться до выяснения с фортом Риф, что, вероятно, сегодня будет». Главком интересовался, сможет ли «комвойсками Авров расхлебать уже остаток каши, главным образом, в вопросе развозки частей?». Тухачевский обещал разработать и предоставить Главкому план разгрузки «этого района от войск еще до отъезда».^{55}

Еще не закончились бои по овладению Кронштадтом, как началась фильтрация задержанных. 18 марта К. Ворошилов дал указание: «Немедленно усилить Особый отдел людьми, вполне годными для особоотдельской работы. Всех прибывающих арестованных' из Кронштадта фильтровать самым тщательным образом, имея в виду, что сейчас уже наступил резкий перелом и подлые элементы не прочь укрыться под маской и коммунистов и сочувствующих».

О том, как проходила фильтрация участников Кронштадтского восстания, рассказал Ю. Шпатель: «В хвосте штурмовавшей Кронштадт армии Тухачевского следовали вершители человеческих судеб: прокуроры и судьи ревтрибунала. Едва ступив на берег Котлина, они немедленно принялись за “работу”. Местом открытых судебных процессов трибунал выбрал лучший зал в городе — сцену Морского офицерского собрания. Первыми были присуждены к “вышке” не успевшие бежать в Финляндию члены Ревкома: Вальк, Павлов и Парушев, а за ними редактор “Известий Кронштадтского революционного комитета” А.Н. Ломанов — первый председатель Кронштадтского совета рабочих депутатов». Шпатель стал свидетелем приема и оформления арестованных матросов с линкора «Петропавловск»: «Перед входом в приемную тюрьмы, прямо на улице, стояла шеренга арестованных матросов, по двое в ряд, окруженная плотным кольцом курсантов. Арестованных было около полутора сотен. Огромного роста чекист в длинной до колен гимнастерке, галифе, отличных сапогах и кубанке на голове, пользуясь увесистой ременной нагайкой, с бранью запускал для допроса группы матросой человек по пятнадцать. Фамилия верзилы была Куликов, я хорошо ее запомнил. Браня матросов, Куликов говорил им: “Хорошо стреляли, сукины дети!” Один из матросов заметил ему: “Те, что стреляли, давно в Финляндии!..” “Кто это сказал?!” — заорал Куликов. “Я”, — отозвался один из матросов. “Ты артиллерист?” — спросил Куликов. “Нет, кочегар”, — был ответ. “Выходит, не успел подняться наверх и бежать. Будешь и за себя, и за них расплачиваться!..” К смертной казни без обжалования была приговорена большая группа командиров с военно-морских кораблей, а за ними множество простых мастеров, рабочих, служащих, хоть в малейшей степени в далеком прошлом причастных к деятельности левых партий (меньшевики, эсеры, анархисты)»^{56}.

Советское руководство, оценив Кронштадтское восстание как серьезную угрозу «диктатуре пролетариата», приняло жесткие меры. После подавления восстания в Кронштадте начались аресты как активистов восстания, так и тех, кто не брал в руки оружие. Репрессии, которые продолжались в разных формах вплоть до 1922 г., осуществляли Президиум Петроградской ГубЧК, Коллегия Особого отдела охраны финляндской границы Республики, Чрезвычайная тройка Кронштадтского особого отделения и частично Революционный военный трибунал Петроградского военного округа. Они расследовали «преступления» как участников восстания, так и тех, кто должен был его подавлять, но проявил нерешительность или сочувствие к кронштадтцам.